Variant

Genome Chromosome Position VCF ID Ref Alt mRNA Change mRNA Info
GRCh37 chr5 236649 . C A CCDS3853.1:NM_004168.2:c.1367tCg>tAg_NP_004159.2:p.456S>* Homo sapiens succinate dehydrogenase complex, subunit A, flavoprotein (Fp) (SDHA), mRNA.
pdb_id: 
label_asym_id: 
label_seq_id: 
label_comp_id: 
auth_asym_id: 
auth_seq_id: 
alphafold_id: 
label_asym_id: 
label_seq_id: 
label_comp_id: 
auth_asym_id: 
auth_seq_id: 

PDB

Entity Residue Monomer BioUnit Ligand View
PDB Entity Uniprot Identity Evalue ExpMethod Date Name Label Auth ASA rASA SS φ ψ ASA rASA ΔASA Interaction Name Distance Atom(p) Atom(l)
6vax 1 P31040 100.0 0.0 X-RAY
 2020-08-26 SER A:424 A:456 17.0 0.148 H -72.6 -50.6 17.0 0.148 0.0 FAD
OAA
K
HOH
 3.419
6.272
7.748
5.571
 N
OG
OG
OG
 O2
O4
K
O
SER C:424 C:456 17.0 0.148 H -72.9 -51.5 NA NA NA
4ytp 1 Q0QF01 94.58 0.0 X-RAY
 2015-08-05 SER A:456 A:414 11.0 0.096 H -71.9 -36.5 11.0 0.096 0.0 FAD
 2.679
 OG
 O3'
4yxd 1 Q0QF01 94.58 0.0 X-RAY
 2016-03-02 SER A:456 A:414 11.0 0.096 H -73.7 -35.1 11.0 0.096 0.0 FAD
 2.953
 OG
 O3'
1zoy 1 Q0QF01 96.3 0.0 X-RAY
 2005-07-12 SER A:414 A:414 14.0 0.122 H -77.9 -42.2 14.0 0.122 0.0 FAD
HOH
 2.891
2.628
 OG
OG
 O3'
O
1zp0 1 ? 96.3 0.0 X-RAY
 2005-07-12 SER A:414 A:414 15.0 0.13 H -77.1 -49.4 15.0 0.13 0.0 FAD
3NP
 2.725
6.721
 OG
CB
 O3'
O2
3abv 1 Q0QF01 96.3 0.0 X-RAY
 2011-02-09 SER A:414 A:414 12.0 0.104 H -82.2 -36.6 12.0 0.104 0.0 FAD
MLI
 2.785
5.820
 OG
N
 O3'
O8
3ae1 1 Q0QF01 96.3 0.0 X-RAY
 2011-02-09 SER A:414 A:414 12.0 0.104 H -74.8 -41.4 12.0 0.104 0.0 FAD
MLI
 3.089
6.519
 N
CB
 O2
O6
3ae2 1 Q0QF01 96.3 0.0 X-RAY
 2011-02-09 SER A:414 A:414 13.0 0.113 H -73.4 -40.3 13.0 0.113 0.0 FAD
MLI
 2.979
5.924
 OG
CB
 O3'
O9
3ae3 1 Q0QF01 96.3 0.0 X-RAY
 2011-02-09 SER A:414 A:414 13.0 0.113 H -75.2 -45.5 13.0 0.113 0.0 FAD
 2.891
 OG
 O3'
3ae4 1 Q0QF01 96.3 0.0 X-RAY
 2011-02-09 SER A:414 A:414 11.0 0.096 H -69.8 -38.2 11.0 0.096 0.0 FAD
MLI
 2.572
6.044
 OG
N
 O3'
O9
3ae5 1 Q0QF01 96.3 0.0 X-RAY
 2011-02-09 SER A:414 A:414 13.0 0.113 H -76.1 -46.4 13.0 0.113 0.0 FAD
MLI
 2.878
6.007
 OG
N
 O3'
O9
3ae6 1 Q0QF01 96.3 0.0 X-RAY
 2011-02-09 SER A:414 A:414 11.0 0.096 H -67.2 -39.1 11.0 0.096 0.0 FAD
 2.783
 OG
 O3'
3ae7 1 Q0QF01 96.3 0.0 X-RAY
 2011-02-09 SER A:414 A:414 16.0 0.139 H -73.4 -38.5 16.0 0.139 0.0 FAD
 3.000
 OG
 O3'
3ae8 1 Q0QF01 96.3 0.0 X-RAY
 2011-02-09 SER A:414 A:414 12.0 0.104 H -72.3 -41.0 12.0 0.104 0.0 FAD
 3.173
 OG
 O3'
3ae9 1 Q0QF01 96.3 0.0 X-RAY
 2011-02-09 SER A:414 A:414 15.0 0.13 H -75.1 -34.6 15.0 0.13 0.0 FAD
MLI
 2.921
7.794
 OG
CB
 O3'
C1
3aea 1 Q0QF01 96.3 0.0 X-RAY
 2011-02-09 SER A:414 A:414 13.0 0.113 H -66.5 -45.9 13.0 0.113 0.0 FAD
MLI
 3.238
6.135
 OG
N
 O3'
O7
3aeb 1 Q0QF01 96.3 0.0 X-RAY
 2011-02-09 SER A:414 A:414 12.0 0.104 H -75.5 -41.7 12.0 0.104 0.0 FAD
MLI
 3.067
5.907
 N
CB
 O2
O9
3aec 1 Q0QF01 96.3 0.0 X-RAY
 2011-02-09 SER A:414 A:414 12.0 0.104 H -68.8 -32.4 12.0 0.104 0.0 FAD
 3.556
 N
 O2
3aed 1 Q0QF01 96.3 0.0 X-RAY
 2011-02-09 SER A:414 A:414 12.0 0.104 H -68.6 -37.4 12.0 0.104 0.0 FAD
MLI
 2.699
6.081
 OG
CB
 O3'
O8
3aee 1 Q0QF01 96.3 0.0 X-RAY
 2011-02-09 SER A:414 A:414 10.0 0.087 H -71.3 -31.7 10.0 0.087 0.0 FAD
 2.787
 OG
 O3'
3aef 1 Q0QF01 96.3 0.0 X-RAY
 2011-02-09 SER A:414 A:414 13.0 0.113 H -72.2 -42.4 13.0 0.113 0.0 FAD
HOH
 2.605
5.826
 OG
N
 O3'
O
3aeg 1 Q0QF01 96.3 0.0 X-RAY
 2011-02-09 SER A:414 A:414 12.0 0.104 H -74.3 -39.0 12.0 0.104 0.0 FAD
 3.258
 N
 O2
3sfd 1 Q0QF01 96.3 0.0 X-RAY
 2011-09-07 SER A:414 A:414 14.0 0.122 H -71.3 -44.8 14.0 0.122 0.0 FAD
OAA
HOH
 2.987
5.263
6.084
 N
CB
N
 O2
O2
O
3sfe 1 Q0QF01 96.3 0.0 X-RAY
 2011-09-07 SER A:414 A:414 14.0 0.122 H -76.9 -41.0 14.0 0.122 0.0 FAD
OAA
 2.906
5.500
 N
CB
 O2
O2
1yq3 1 Q9YHT1 91.79 0.0 X-RAY
 2005-12-20 SER A:413 A:413 14.0 0.122 H -75.3 -46.9 14.0 0.122 0.0 FAD
TEO
HOH
 2.726
4.694
2.731
 OG
N
OG
 O3'
O4B
O
1yq4 1 50736125 91.79 0.0 X-RAY
 2005-12-20 SER A:413 A:413 14.0 0.122 H -79.2 -52.4 14.0 0.122 0.0 FAD
3NP
HOH
 2.623
6.771
2.856
 OG
CB
OG
 O3'
N1
O
2fbw 1 F1NPJ4 91.79 0.0 X-RAY
 2005-12-20 SER A:413 A:413 16.0 0.139 H -82.2 -45.2 16.0 0.139 0.0 FAD
Y3P
K
HOH
 2.908
4.692
7.444
3.046
 OG
N
OG
OG
 O3'
O5
K
O
SER E:413 N:413 14.0 0.122 H -81.9 -47.1 NA NA NA
2h88 1 Q9YHT1 91.79 0.0 X-RAY
 2006-06-20 SER A:413 A:413 15.0 0.13 H -78.2 -47.3 15.0 0.13 0.0 K
FAD
TEO
HOH
 7.468
2.695
4.857
2.723
 OG
OG
N
OG
 K
O3'
O4A
O
SER E:413 N:413 15.0 0.13 H -76.1 -47.4 NA NA NA
2h89 1 Q9YHT1 91.79 0.0 X-RAY
 2006-06-20 SER A:413 A:413 17.0 0.148 H -78.9 -52.0 17.0 0.148 0.0 K
FAD
MLI
HOH
 7.427
2.782
6.305
2.492
 OG
OG
CB
OG
 K
O3'
O8
O
2wqy 1 Q9YHT1 91.79 0.0 X-RAY
 2010-08-25 SER A:413 A:413 16.0 0.139 H -78.9 -45.0 16.0 0.139 0.0 K
FAD
OAA
HOH
 7.532
2.787
4.682
3.102
 OG
OG
N
OG
 K
O3'
O2
O
SER E:413 N:413 16.0 0.139 H -79.8 -45.8 NA NA NA
6myo 1 F1NPJ4 91.79 0.0 X-RAY
 2019-11-06 SER A:413 A:413 14.0 0.122 H -76.8 -47.9 14.0 0.122 0.0 FAD
OAA
K
HOH
 2.785
4.515
7.208
2.676
 OG
N
OG
OG
 O3'
O2
K
O
6myp 1 F1NPJ4 91.79 0.0 X-RAY
 2019-11-06 SER A:413 A:413 14.0 0.122 H -76.2 -47.6 14.0 0.122 0.0 FAD
OAA
K
UNL
HOH
 2.834
4.791
7.321
8.372
2.933
 OG
N
OG
CA
OG
 O3'
O2
K
N1
O
6myq 1 F1NPJ4 91.79 0.0 X-RAY
 2019-11-06 SER A:413 A:413 13.0 0.113 H -71.0 -46.2 13.0 0.113 0.0 FAD
Y3P
K
UNL
HOH
 2.968
4.641
7.623
8.175
2.864
 OG
N
OG
CA
OG
 O3'
O5
K
N1
O
6myr 1 F1NPJ4 91.79 0.0 X-RAY
 2019-10-16 SER A:413 A:413 15.0 0.13 H -74.4 -53.5 15.0 0.13 0.0 FAD
OAA
K
UNL
UNL
UNL
HOH
 2.936
4.709
7.417
8.448
8.030
8.674
5.994
 N
N
OG
CA
OG
OG
N
 O2
O2
K
N1
O
O
O
6mys 1 F1NPJ4 91.79 0.0 X-RAY
 2019-11-06 SER A:413 A:413 14.0 0.122 H -72.2 -51.6 14.0 0.122 0.0 FAD
K
OAA
HOH
 2.937
7.111
4.748
9.736
 N
OG
N
O
 O2
K
O2
O
6myt 1 F1NPJ4 91.79 0.0 X-RAY
 2019-11-06 SER A:413 A:413 17.0 0.148 H -73.2 -46.9 17.0 0.148 0.0 FAD
OAA
K
UNL
UNL
UNL
UNL
HOH
 2.876
4.754
7.382
8.230
9.652
8.035
9.541
2.929
 OG
N
OG
CA
OG
N
O
OG
 O3'
O2
K
N1
O
O
O
O
6myu 1 F1NPJ4 91.79 0.0 X-RAY
 2019-11-06 SER A:413 A:413 13.0 0.113 H -75.2 -51.8 13.0 0.113 0.0 FAD
OAA
K
UNL
HOH
 2.879
4.651
7.378
8.326
2.779
 OG
N
OG
CA
OG
 O3'
O2
K
N1
O

AlphaFold DB

Entity Residue Monomer View
ID Entity Uniprot Identity Evalue Name Label Auth ASA rASA SS φ ψ
af-p31040-f1 1 P31040 100.0 0.0 SER A:456 A:456 18.0 0.157 H -68.6 -48.2