Variant
| Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr5 | 88119558 | . | G | A | CCDS47244.1:NM_001131005.2:c.48aaC>aaT_NP_001124477.1:p.16N>N | Homo sapiens myocyte enhancer factor 2C (MEF2C), transcript variant 1, mRNA. |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
|
|
|
PDB
| Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
| 5f28 | 1 | Q8CFN5 | 97.8 | 5e-59 |
X-RAY |
2016-07-13 | ASN | A:16 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| ASN | B:16 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | C:16 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | D:16 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 3kov | 1 | Q02078 | 96.67 | 1e-57 |
X-RAY |
2010-02-16 | ASN | A:15 | A:16 | 85.0 | 0.531 | H | -61.1 | -30.9 | 85.0 | 0.531 | 0.0 |
DT DA DA DG DT DC DT DT DA DG DT |
6.238 3.724 3.731 6.952 7.463 8.773 9.868 8.522 5.985 4.508 6.756 |
OD1 ND2 ND2 ND2 ND2 OD1 OD1 OD1 OD1 ND2 ND2 |
O3' C2' C8 N7 O4 N4 O4 O3' C2' OP2 C7 |
||
| ASN | B:15 | B:16 | 84.0 | 0.525 | H | -63.1 | -31.1 | 84.0 | 0.525 | 0.0 |
DT DA DA DG DT DC DT DA DG DT |
6.951 4.922 4.200 6.392 7.457 8.763 8.989 6.379 4.815 6.933 |
OD1 OD1 ND2 ND2 CA OD1 OD1 OD1 ND2 ND2 |
O3' OP2 OP2 O6 C7 N4 O3' C2' OP2 C7 |
|||||||||
| ASN | C:15 | I:16 | 85.0 | 0.531 | H | -60.5 | -31.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | D:15 | J:16 | 84.0 | 0.525 | H | -59.2 | -31.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 3p57 | 1 | Q02078 | 96.67 | 1e-57 |
X-RAY |
2011-08-10 | ASN | A:15 | A:16 | 76.0 | 0.475 | H | -59.1 | -41.5 | 76.0 | 0.475 | 0.0 |
DT DA DA DG DA DT DT DC HOH |
8.281 5.834 4.052 7.833 9.590 7.721 9.221 9.664 3.177 |
OD1 OD1 ND2 ND2 OD1 N O OD1 ND2 |
O3' C2' OP2 OP2 N6 C7 C7 N4 O |
||
| ASN | B:15 | B:16 | 84.0 | 0.525 | H | -60.6 | -44.8 | 84.0 | 0.525 | 0.0 |
DA DA DT DA DG DT HOH |
9.551 9.695 8.103 5.744 4.065 7.015 3.364 |
CA OD1 OD1 OD1 ND2 ND2 ND2 |
N6 N6 O3' C2' OP2 C7 O |
|||||||||
| ASN | C:15 | C:16 | 81.0 | 0.506 | H | -62.4 | -51.0 | 81.0 | 0.506 | 0.0 |
DA DT DA DG DT HOH |
9.975 8.315 5.825 3.971 6.540 3.631 |
OD1 OD1 OD1 ND2 OD1 OD1 |
N6 O3' C2' OP2 C7 O |
|||||||||
| ASN | D:15 | D:16 | 78.0 | 0.487 | H | -66.5 | -36.5 | 78.0 | 0.487 | 0.0 |
DT DA DA DG DA DT HOH |
8.834 6.298 4.750 7.116 9.233 9.039 2.874 |
OD1 ND2 OD1 ND2 ND2 ND2 ND2 |
O3' C2' OP2 N7 N6 O4 O |
|||||||||
| ASN | E:15 | I:16 | 80.0 | 0.5 | H | -64.1 | -38.5 | 80.0 | 0.5 | 0.0 |
DT DA DG DT DT HOH |
8.726 6.588 4.574 6.616 9.520 3.542 |
OD1 OD1 ND2 ND2 ND2 OD1 |
O3' C3' OP2 C7 C7 O |
|||||||||
| ASN | F:15 | J:16 | 86.0 | 0.537 | H | -57.9 | -38.1 | 86.0 | 0.537 | 0.0 |
DT DA DA DG DT HOH |
8.342 5.890 4.654 8.798 9.396 4.558 |
OD1 OD1 ND2 ND2 N OD1 |
O3' C2' OP2 OP2 C7 O |
|||||||||
| 6byy | 1 | Q02078,Q02080 | 89.47 | 3e-57 |
X-RAY |
2018-01-31 | ASN | A:16 | A:16 | 95.0 | 0.594 | H | -64.3 | -43.0 | 95.0 | 0.594 | 0.0 |
DA DA DT DA DG DT DT HOH |
9.166 9.869 9.130 6.950 5.345 6.698 9.172 3.025 |
OD1 OD1 O O ND2 OD1 OD1 ND2 |
N6 N6 O3' OP2 OP2 C7 O4 O |
||
| ASN | B:16 | B:16 | 91.0 | 0.569 | H | -67.4 | -35.3 | 91.0 | 0.569 | 0.0 |
DT DA DA DG DA DT HOH |
8.754 6.516 5.657 8.048 9.776 9.434 3.034 |
O O ND2 OD1 OD1 OD1 ND2 |
O3' OP2 OP2 O6 N6 O4 O |
|||||||||
| ASN | C:16 | C:16 | 67.0 | 0.419 | H | -64.3 | -18.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | D:16 | D:16 | 55.0 | 0.344 | H | -79.4 | -30.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 6wc2 | 1 | Q02078,Q02080 | 89.47 | 3e-57 |
X-RAY |
2020-07-22 | ASN | A:16 | A:16 | 81.0 | 0.506 | H | -64.2 | -39.7 | 81.0 | 0.506 | 0.0 |
DT DA DG DT HOH |
8.149 5.677 4.146 6.631 4.075 |
OD1 OD1 ND2 OD1 OD1 |
O3' C2' OP2 C7 O |
||
| ASN | B:16 | B:16 | 98.0 | 0.613 | H | -65.4 | -38.6 | 70.0 | 0.438 | 0.175 |
O:P52952:0.175 |
DC DT DT DA DA DG DA HOH |
7.830 7.330 9.487 8.515 6.045 6.706 9.375 3.538 |
N OD1 OD1 O O CG OD1 OD1 |
C5' C7 O4 O3' OP2 OP2 N7 O |
||||||||
| ASN | C:16 | C:16 | 98.0 | 0.613 | H | -64.6 | -39.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | D:16 | D:16 | 68.0 | 0.425 | H | -64.7 | -40.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | I:16 | I:16 | 81.0 | 0.506 | H | -64.4 | -41.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | J:16 | J:16 | 98.0 | 0.613 | H | -64.9 | -39.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 1tqe | 3 | Q02080 | 86.02 | 8e-56 |
X-RAY |
2004-12-21 | ASN | E:16 | P:16 | 77.0 | 0.481 | H | -65.1 | -31.9 | 77.0 | 0.481 | 0.0 |
DT DA DA DG DC DT DT DG |
8.119 5.225 5.454 8.386 9.784 5.512 8.973 9.790 |
ND2 ND2 ND2 ND2 ND2 N N ND2 |
O3' C2' OP2 N7 N4 C7 C7 O6 |
||
| ASN | F:16 | Q:16 | 75.0 | 0.469 | H | -65.3 | -30.6 | 75.0 | 0.469 | 0.0 |
DA DA DT DA DG DC |
7.872 9.637 8.251 5.136 3.987 7.390 |
N CA ND2 ND2 ND2 ND2 |
C8 N1 O3' C2' OP2 OP2 |
|||||||||
| ASN | H:16 | R:16 | 76.0 | 0.475 | H | -64.6 | -31.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | I:16 | S:16 | 76.0 | 0.475 | H | -65.0 | -30.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 6c9l | 1 | Q02080 | 86.02 | 8e-56 |
X-RAY |
2018-02-07 | ASN | A:16 | A:16 | 84.0 | 0.525 | H | -75.2 | -27.5 | 84.0 | 0.525 | 0.0 |
HOH |
4.844 |
N |
O |
||
| ASN | B:16 | B:16 | 88.0 | 0.55 | G | -98.4 | 25.8 | 88.0 | 0.55 | 0.0 |
HOH |
5.770 |
ND2 |
O |
|||||||||
| ASN | C:16 | C:16 | 90.0 | 0.562 | G | -99.0 | 27.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | D:16 | D:16 | 84.0 | 0.525 | H | -75.0 | -27.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | E:16 | E:16 | 84.0 | 0.525 | H | -75.0 | -27.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | F:16 | F:16 | 82.0 | 0.512 | H | -75.3 | -27.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 6bz1 | 1 | Q02078,Q02080 | 88.42 | 9e-56 |
X-RAY |
2018-02-07 | ASN | A:16 | C:16 | 78.0 | 0.487 | H | -59.5 | -45.8 | 78.0 | 0.487 | 0.0 |
DT DA DA DG DA DT DC |
8.485 6.013 4.345 9.106 9.834 8.656 9.631 |
OD1 OD1 ND2 OD1 CA CA OD1 |
O3' C2' OP2 N7 N6 C7 N4 |
||
| ASN | B:16 | D:16 | 77.0 | 0.481 | H | -59.9 | -45.4 | 77.0 | 0.481 | 0.0 |
DT DA DG DT |
8.338 5.916 4.234 7.089 |
OD1 OD1 ND2 OD1 |
O3' C2' OP2 C7 |
|||||||||
| ASN | E:16 | A:16 | 79.0 | 0.494 | H | -59.7 | -45.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | F:16 | B:16 | 78.0 | 0.487 | H | -59.2 | -45.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 1n6j | 3 | Q02080 | 85.87 | 6e-55 |
X-RAY |
2003-11-11 | ASN | C:15 | A:16 | 96.0 | 0.6 | H | -69.3 | -33.3 | 96.0 | 0.6 | 0.0 |
DA DG DT DA DG DC DT HOH |
7.823 9.721 8.764 6.461 5.669 6.680 6.939 3.500 |
OD1 OD1 O O ND2 OD1 OD1 ND2 |
N6 O6 O3' OP2 OP2 C5 O4 O |
||
| ASN | D:15 | B:16 | 95.0 | 0.594 | H | -69.6 | -33.2 | 95.0 | 0.594 | 0.0 |
DT DA DA DG DC DG DC HOH |
9.263 6.782 5.860 6.384 7.600 8.428 9.773 4.175 |
O O ND2 OD1 OD1 OD1 OD1 ND2 |
O3' OP2 OP2 N7 N4 O6 N4 O |
|||||||||
| 6wc5 | 1 | Q02080 | 86.67 | 8e-54 |
X-RAY |
2020-07-22 | ASN | A:15 | A:16 | 75.0 | 0.469 | H | -54.3 | -46.0 | 75.0 | 0.469 | 0.0 |
DT DA DG DT |
8.370 5.713 3.951 6.074 |
OD1 OD1 ND2 OD1 |
O3' C2' OP2 C7 |
||
| ASN | B:15 | B:16 | 92.0 | 0.575 | H | -54.5 | -46.2 | 41.0 | 0.256 | 0.319 |
I:P52952:0.319 |
DC DT DT DA DA DG DA |
8.277 7.991 9.656 8.471 6.016 6.494 9.609 |
N OD1 OD1 O O CG OD1 |
C5' C7 O4 O3' OP2 OP2 N7 |
||||||||
| ASN | C:15 | C:16 | 76.0 | 0.475 | H | -62.2 | -41.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | D:15 | D:16 | 91.0 | 0.569 | H | -54.0 | -46.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 1egw | 3 | Q02078 | 98.7 | 9e-50 |
X-RAY |
2000-03-20 | ASN | E:15 | A:16 | 80.0 | 0.5 | H | -67.5 | -35.1 | 80.0 | 0.5 | 0.0 |
DA DA DG DT DA DG DC DG DT DA DG DC HOH |
9.292 9.599 9.300 8.147 5.902 4.574 7.275 8.361 8.150 5.827 4.032 8.059 2.742 |
N ND2 ND2 ND2 ND2 OD1 ND2 ND2 ND2 ND2 OD1 ND2 OD1 |
OP2 N6 O6 O3' C2' OP2 N4 O6 O3' C2' OP2 N4 O |
||
| ASN | F:15 | B:16 | 81.0 | 0.506 | H | -67.3 | -33.4 | 81.0 | 0.506 | 0.0 |
DG DT DA DG DC DA DA DG DT DA DG DC HOH |
8.407 8.112 5.729 4.198 8.119 9.317 9.617 9.509 7.960 5.795 4.709 7.317 2.711 |
OD1 OD1 OD1 ND2 OD1 N OD1 OD1 OD1 OD1 ND2 OD1 OD1 |
O6 O3' C2' OP2 N4 OP2 N6 O6 O3' C2' OP2 N4 O |
|||||||||
| ASN | G:15 | C:16 | 81.0 | 0.506 | H | -65.4 | -34.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | H:15 | D:16 | 80.0 | 0.5 | H | -67.6 | -35.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 3mu6 | 1 | Q02078 | 97.18 | 2e-43 |
X-RAY |
2011-11-02 | ASN | A:15 | A:16 | 74.0 | 0.463 | H | -63.0 | -22.2 | 74.0 | 0.463 | 0.0 |
DT DA DG DC DA DA DG |
8.149 5.804 4.682 7.026 9.702 9.850 8.650 |
OD1 OD1 ND2 OD1 N OD1 OD1 |
O3' C2' OP2 N4 OP2 N6 O6 |
||
| ASN | B:15 | B:16 | 75.0 | 0.469 | H | -61.5 | -22.0 | 75.0 | 0.469 | 0.0 |
DA DA DG DT DA DG DC |
9.964 9.796 8.728 7.977 5.767 4.648 7.158 |
N OD1 OD1 OD1 OD1 ND2 OD1 |
OP2 N6 O6 O3' C2' OP2 N4 |
|||||||||
| ASN | E:15 | C:16 | 75.0 | 0.469 | H | -61.7 | -22.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | F:15 | D:16 | 76.0 | 0.475 | H | -62.5 | -21.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
AlphaFold DB
| Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
| af-q06413-f1 | 1 | Q06413 | 100.0 | 0.0 | ASN | A:16 | A:16 | 97.0 | 0.606 | H | -66.9 | -34.9 | |