Variant
Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr5 | 114552628 | . | T | A | CCDS4116.1:NM_005023.3:c.886Aat>Tat_NP_005014.2:p.296N>Y | Homo sapiens protein geranylgeranyltransferase type I subunit beta (PGGT1B), mRNA. |
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
|
|
PDB
Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
1n4p | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2003-11-18 | ASN | B:296 | B:296 | 92.0 | 0.575 | H | -59.6 | -41.2 | 92.0 | 0.575 | 0.0 |
HOH |
2.891 |
OD1 |
O |
||
ASN | D:296 | D:296 | 88.0 | 0.55 | H | -57.2 | -44.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASN | F:296 | F:296 | 86.0 | 0.537 | H | -60.5 | -41.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASN | H:296 | H:296 | 93.0 | 0.581 | H | -58.5 | -45.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASN | J:296 | J:296 | 89.0 | 0.556 | H | -57.3 | -46.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASN | L:296 | L:296 | 70.0 | 0.438 | H | -58.1 | -43.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1n4q | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2003-11-18 | ASN | B:296 | B:296 | 90.0 | 0.562 | H | -61.6 | -40.7 | 90.0 | 0.562 | 0.0 |
HOH |
8.603 |
C |
O |
||
ASN | D:296 | D:296 | 90.0 | 0.562 | H | -57.1 | -42.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASN | F:296 | F:296 | 89.0 | 0.556 | H | -61.0 | -40.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASN | H:296 | H:296 | 95.0 | 0.594 | H | -58.5 | -44.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASN | J:296 | J:296 | 89.0 | 0.556 | H | -59.6 | -42.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASN | L:296 | L:296 | 82.0 | 0.512 | H | -58.9 | -42.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1n4r | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2003-11-18 | ASN | B:296 | B:296 | 92.0 | 0.575 | H | -61.8 | -43.5 | 92.0 | 0.575 | 0.0 |
HOH |
8.533 |
C |
O |
||
ASN | D:296 | D:296 | 81.0 | 0.506 | H | -57.6 | -45.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASN | F:296 | F:296 | 90.0 | 0.562 | H | -61.5 | -42.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASN | H:296 | H:296 | 93.0 | 0.581 | H | -59.1 | -46.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASN | J:296 | J:296 | 98.0 | 0.613 | H | -58.2 | -47.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASN | L:296 | L:296 | 85.0 | 0.531 | H | -59.2 | -44.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1n4s | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2003-11-18 | ASN | B:296 | B:296 | 92.0 | 0.575 | H | -62.4 | -38.5 | 92.0 | 0.575 | 0.0 |
HOH |
3.105 |
OD1 |
O |
||
ASN | D:296 | D:296 | 90.0 | 0.562 | H | -59.1 | -41.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASN | F:296 | F:296 | 88.0 | 0.55 | H | -62.5 | -39.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASN | H:296 | H:296 | 93.0 | 0.581 | H | -59.6 | -43.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASN | J:296 | J:296 | 82.0 | 0.512 | H | -60.4 | -41.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASN | L:296 | L:296 | 75.0 | 0.469 | H | -60.1 | -39.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1s64 | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2004-07-27 | ASN | B:296 | B:296 | 89.0 | 0.556 | H | -60.5 | -41.4 | 89.0 | 0.556 | 0.0 |
HOH |
3.114 |
ND2 |
O |
||
ASN | D:296 | D:296 | 89.0 | 0.556 | H | -58.2 | -43.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASN | F:296 | F:296 | 86.0 | 0.537 | H | -61.2 | -41.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASN | H:296 | H:296 | 95.0 | 0.594 | H | -58.6 | -44.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASN | J:296 | J:296 | 78.0 | 0.487 | H | -58.7 | -43.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASN | L:296 | L:296 | 80.0 | 0.5 | H | -59.7 | -42.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1tnb | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2004-11-02 | ASN | B:296 | B:296 | 96.0 | 0.6 | H | -59.6 | -45.4 | 96.0 | 0.6 | 0.0 |
HOH |
8.504 |
N |
O |
||
ASN | D:296 | D:296 | 89.0 | 0.556 | H | -59.3 | -43.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASN | F:296 | F:296 | 88.0 | 0.55 | H | -60.9 | -42.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASN | H:296 | H:296 | 93.0 | 0.581 | H | -58.0 | -46.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASN | J:296 | J:296 | 82.0 | 0.512 | H | -59.0 | -45.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASN | L:296 | L:296 | 77.0 | 0.481 | H | -59.5 | -43.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1tno | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2004-11-02 | ASN | B:296 | B:296 | 88.0 | 0.55 | H | -61.0 | -41.5 | 88.0 | 0.55 | 0.0 |
HOH |
2.969 |
OD1 |
O |
||
ASN | D:296 | D:296 | 91.0 | 0.569 | H | -59.5 | -42.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASN | F:296 | F:296 | 89.0 | 0.556 | H | -61.6 | -39.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASN | H:296 | H:296 | 95.0 | 0.594 | H | -59.6 | -43.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASN | J:296 | J:296 | 75.0 | 0.469 | H | -60.5 | -42.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASN | L:296 | L:296 | 80.0 | 0.5 | H | -59.8 | -42.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1tnu | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2004-11-02 | ASN | B:296 | B:296 | 92.0 | 0.575 | H | -59.4 | -43.0 | 92.0 | 0.575 | 0.0 |
HOH |
2.837 |
OD1 |
O |
||
ASN | D:296 | D:296 | 87.0 | 0.544 | H | -57.9 | -44.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASN | F:296 | F:296 | 88.0 | 0.55 | H | -61.4 | -40.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASN | H:296 | H:296 | 90.0 | 0.562 | H | -58.2 | -45.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASN | J:296 | J:296 | 82.0 | 0.512 | H | -57.9 | -46.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASN | L:296 | L:296 | 71.0 | 0.444 | H | -59.1 | -44.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1tny | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2004-11-02 | ASN | B:296 | B:296 | 95.0 | 0.594 | H | -59.6 | -45.3 | 95.0 | 0.594 | 0.0 |
HOH |
2.751 |
OD1 |
O |
||
ASN | D:296 | D:296 | 89.0 | 0.556 | H | -58.4 | -45.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASN | F:296 | F:296 | 86.0 | 0.537 | H | -59.5 | -43.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASN | H:296 | H:296 | 88.0 | 0.55 | H | -58.6 | -46.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASN | J:296 | J:296 | 72.0 | 0.45 | H | -59.6 | -45.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASN | L:296 | L:296 | 75.0 | 0.469 | H | -59.3 | -44.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1tnz | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2004-11-02 | ASN | B:296 | B:296 | 94.0 | 0.588 | H | -58.9 | -42.6 | 94.0 | 0.588 | 0.0 |
HOH |
8.932 |
N |
O |
||
ASN | D:296 | D:296 | 88.0 | 0.55 | H | -55.6 | -44.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASN | F:296 | F:296 | 87.0 | 0.544 | H | -58.4 | -43.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASN | H:296 | H:296 | 94.0 | 0.588 | H | -57.8 | -44.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASN | J:296 | J:296 | 83.0 | 0.519 | H | -57.6 | -43.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ASN | L:296 | L:296 | 74.0 | 0.463 | H | -58.0 | -43.2 | NA | NA | NA |
AlphaFold DB
Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
af-p53609-f1 | 1 | P53609 | 100.0 | 0.0 | ASN | A:296 | A:296 | 73.0 | 0.456 | H | -61.9 | -41.0 |