Variant
| Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr5 | 114566708 | . | T | A | CCDS4116.1:NM_005023.3:c.623aAt>aTt_NP_005014.2:p.208N>I | Homo sapiens protein geranylgeranyltransferase type I subunit beta (PGGT1B), mRNA. |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
|
|
|
PDB
| Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
| 1n4p | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2003-11-18 | ASN | B:208 | B:208 | 40.0 | 0.25 | S | 81.2 | 0.9 | 17.0 | 0.106 | 0.144 |
A:Q04631:0.144 |
HOH |
2.983 |
ND2 |
O |
|
| ASN | D:208 | D:208 | 45.0 | 0.281 | S | 79.7 | 0.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | F:208 | F:208 | 42.0 | 0.263 | S | 81.0 | -1.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | H:208 | H:208 | 42.0 | 0.263 | S | 80.4 | 0.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | J:208 | J:208 | 45.0 | 0.281 | S | 80.4 | -2.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | L:208 | L:208 | 43.0 | 0.269 | S | 81.2 | 0.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 1n4q | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2003-11-18 | ASN | B:208 | B:208 | 43.0 | 0.269 | S | 80.2 | -2.8 | 16.0 | 0.1 | 0.169 |
A:Q04631:0.169 |
HOH |
2.968 |
ND2 |
O |
|
| ASN | D:208 | D:208 | 44.0 | 0.275 | S | 79.5 | -3.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | F:208 | F:208 | 42.0 | 0.263 | S | 80.4 | -2.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | H:208 | H:208 | 40.0 | 0.25 | S | 79.4 | -1.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | J:208 | J:208 | 44.0 | 0.275 | S | 82.8 | -5.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | L:208 | L:208 | 41.0 | 0.256 | S | 79.9 | -0.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 1n4r | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2003-11-18 | ASN | B:208 | B:208 | 39.0 | 0.244 | S | 81.1 | 0.4 | 15.0 | 0.094 | 0.15 |
A:Q04631:0.15 |
HOH |
2.954 |
ND2 |
O |
|
| ASN | D:208 | D:208 | 42.0 | 0.263 | S | 79.9 | -0.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | F:208 | F:208 | 39.0 | 0.244 | S | 81.3 | -1.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | H:208 | H:208 | 42.0 | 0.263 | S | 80.6 | -0.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | J:208 | J:208 | 43.0 | 0.269 | S | 82.4 | -3.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | L:208 | L:208 | 42.0 | 0.263 | S | 80.8 | -0.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 1n4s | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2003-11-18 | ASN | B:208 | B:208 | 41.0 | 0.256 | S | 80.2 | 0.4 | 17.0 | 0.106 | 0.15 |
A:Q04631:0.15 |
HOH |
2.983 |
ND2 |
O |
|
| ASN | D:208 | D:208 | 45.0 | 0.281 | S | 78.2 | -0.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | F:208 | F:208 | 41.0 | 0.256 | S | 80.0 | -0.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | H:208 | H:208 | 42.0 | 0.263 | S | 80.6 | 0.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | J:208 | J:208 | 44.0 | 0.275 | S | 81.7 | -3.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | L:208 | L:208 | 44.0 | 0.275 | S | 79.4 | -0.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 1s64 | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2004-07-27 | ASN | B:208 | B:208 | 41.0 | 0.256 | S | 81.6 | -5.0 | 15.0 | 0.094 | 0.162 |
A:Q04631:0.163 |
HOH |
3.079 |
ND2 |
O |
|
| ASN | D:208 | D:208 | 43.0 | 0.269 | S | 79.4 | -4.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | F:208 | F:208 | 42.0 | 0.263 | S | 79.9 | -4.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | H:208 | H:208 | 43.0 | 0.269 | S | 80.4 | -4.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | J:208 | J:208 | 45.0 | 0.281 | S | 81.1 | -6.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | L:208 | L:208 | 44.0 | 0.275 | S | 79.7 | -3.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 1tnb | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2004-11-02 | ASN | B:208 | B:208 | 41.0 | 0.256 | S | 79.5 | 3.5 | 16.0 | 0.1 | 0.156 |
A:Q04631:0.156 |
HOH |
6.493 |
N |
O |
|
| ASN | D:208 | D:208 | 41.0 | 0.256 | S | 78.2 | 1.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | F:208 | F:208 | 40.0 | 0.25 | S | 79.1 | 2.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | H:208 | H:208 | 42.0 | 0.263 | S | 79.8 | 1.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | J:208 | J:208 | 41.0 | 0.256 | S | 80.4 | 0.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | L:208 | L:208 | 42.0 | 0.263 | S | 80.9 | 3.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 1tno | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2004-11-02 | ASN | B:208 | B:208 | 43.0 | 0.269 | S | 80.7 | 1.9 | 18.0 | 0.113 | 0.156 |
A:Q04631:0.156 |
HOH |
6.462 |
N |
O |
|
| ASN | D:208 | D:208 | 43.0 | 0.269 | S | 79.4 | 1.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | F:208 | F:208 | 41.0 | 0.256 | S | 80.2 | 1.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | H:208 | H:208 | 45.0 | 0.281 | S | 80.6 | -0.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | J:208 | J:208 | 42.0 | 0.263 | S | 81.4 | -0.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | L:208 | L:208 | 42.0 | 0.263 | S | 81.2 | 0.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 1tnu | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2004-11-02 | ASN | B:208 | B:208 | 41.0 | 0.256 | S | 79.1 | 4.0 | 18.0 | 0.113 | 0.143 |
A:Q04631:0.144 |
HOH |
6.479 |
N |
O |
|
| ASN | D:208 | D:208 | 42.0 | 0.263 | S | 78.2 | 3.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | F:208 | F:208 | 41.0 | 0.256 | S | 78.1 | 3.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | H:208 | H:208 | 43.0 | 0.269 | S | 79.1 | 3.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | J:208 | J:208 | 43.0 | 0.269 | S | 79.4 | 2.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | L:208 | L:208 | 41.0 | 0.256 | S | 79.9 | 4.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 1tny | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2004-11-02 | ASN | B:208 | B:208 | 41.0 | 0.256 | S | 77.2 | 3.9 | 15.0 | 0.094 | 0.162 |
A:Q04631:0.163 |
HOH |
6.371 |
N |
O |
|
| ASN | D:208 | D:208 | 40.0 | 0.25 | S | 76.3 | 2.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | F:208 | F:208 | 42.0 | 0.263 | S | 76.7 | 3.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | H:208 | H:208 | 41.0 | 0.256 | S | 76.8 | 3.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | J:208 | J:208 | 41.0 | 0.256 | S | 77.9 | 2.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | L:208 | L:208 | 41.0 | 0.256 | S | 78.1 | 3.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 1tnz | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2004-11-02 | ASN | B:208 | B:208 | 40.0 | 0.25 | S | 78.6 | 2.7 | 16.0 | 0.1 | 0.15 |
A:Q04631:0.15 |
HOH |
6.504 |
N |
O |
|
| ASN | D:208 | D:208 | 42.0 | 0.263 | S | 76.0 | 3.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | F:208 | F:208 | 39.0 | 0.244 | S | 79.1 | 0.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | H:208 | H:208 | 42.0 | 0.263 | S | 77.8 | 2.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | J:208 | J:208 | 43.0 | 0.269 | S | 77.9 | 1.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ASN | L:208 | L:208 | 41.0 | 0.256 | S | 78.5 | 3.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
AlphaFold DB
| Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
| af-p53609-f1 | 1 | P53609 | 100.0 | 0.0 | ASN | A:208 | A:208 | 37.0 | 0.231 | S | 74.1 | 7.4 | |