Variant
Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr5 | 114573600 | . | T | A | CCDS4116.1:NM_005023.3:c.434gAa>gTa_NP_005014.2:p.145E>V | Homo sapiens protein geranylgeranyltransferase type I subunit beta (PGGT1B), mRNA. |
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
|
|
PDB
Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
1n4p | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2003-11-18 | GLU | B:145 | B:145 | 108.0 | 0.568 | H | -62.5 | -33.6 | 108.0 | 0.568 | 0.0 |
HOH |
3.193 |
N |
O |
||
GLU | D:145 | D:145 | 108.0 | 0.568 | H | -62.9 | -33.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLU | F:145 | F:145 | 109.0 | 0.574 | H | -64.2 | -33.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLU | H:145 | H:145 | 124.0 | 0.653 | H | -61.3 | -33.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLU | J:145 | J:145 | 109.0 | 0.574 | H | -63.3 | -33.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLU | L:145 | L:145 | 107.0 | 0.563 | H | -63.5 | -32.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1n4q | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2003-11-18 | GLU | B:145 | B:145 | 104.0 | 0.547 | H | -62.7 | -37.0 | 104.0 | 0.547 | 0.0 |
HOH |
7.314 |
O |
O |
||
GLU | D:145 | D:145 | 109.0 | 0.574 | H | -63.2 | -37.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLU | F:145 | F:145 | 107.0 | 0.563 | H | -64.7 | -36.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLU | H:145 | H:145 | 112.0 | 0.589 | H | -62.4 | -36.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLU | J:145 | J:145 | 102.0 | 0.537 | H | -63.8 | -37.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLU | L:145 | L:145 | 105.0 | 0.553 | H | -62.3 | -36.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1n4r | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2003-11-18 | GLU | B:145 | B:145 | 107.0 | 0.563 | H | -65.3 | -36.6 | 107.0 | 0.563 | 0.0 |
HOH |
6.939 |
N |
O |
||
GLU | D:145 | D:145 | 107.0 | 0.563 | H | -66.6 | -35.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLU | F:145 | F:145 | 111.0 | 0.584 | H | -66.7 | -35.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLU | H:145 | H:145 | 121.0 | 0.637 | H | -62.7 | -37.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLU | J:145 | J:145 | 107.0 | 0.563 | H | -66.2 | -36.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLU | L:145 | L:145 | 107.0 | 0.563 | H | -65.3 | -35.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1n4s | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2003-11-18 | GLU | B:145 | B:145 | 111.0 | 0.584 | H | -63.0 | -35.3 | 111.0 | 0.584 | 0.0 |
HOH |
2.939 |
N |
O |
||
GLU | D:145 | D:145 | 109.0 | 0.574 | H | -63.5 | -34.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLU | F:145 | F:145 | 109.0 | 0.574 | H | -65.0 | -33.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLU | H:145 | H:145 | 123.0 | 0.647 | H | -60.8 | -36.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLU | J:145 | J:145 | 104.0 | 0.547 | H | -64.4 | -35.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLU | L:145 | L:145 | 107.0 | 0.563 | H | -63.2 | -34.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1s64 | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2004-07-27 | GLU | B:145 | B:145 | 110.0 | 0.579 | H | -64.7 | -33.8 | 110.0 | 0.579 | 0.0 |
HOH |
2.902 |
N |
O |
||
GLU | D:145 | D:145 | 110.0 | 0.579 | H | -65.1 | -33.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLU | F:145 | F:145 | 112.0 | 0.589 | H | -65.9 | -31.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLU | H:145 | H:145 | 118.0 | 0.621 | H | -62.0 | -34.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLU | J:145 | J:145 | 105.0 | 0.553 | H | -65.0 | -33.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLU | L:145 | L:145 | 107.0 | 0.563 | H | -64.9 | -32.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1tnb | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2004-11-02 | GLU | B:145 | B:145 | 111.0 | 0.584 | H | -64.4 | -40.8 | 111.0 | 0.584 | 0.0 |
HOH |
7.298 |
O |
O |
||
GLU | D:145 | D:145 | 109.0 | 0.574 | H | -65.1 | -40.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLU | F:145 | F:145 | 107.0 | 0.563 | H | -65.0 | -41.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLU | H:145 | H:145 | 111.0 | 0.584 | H | -63.4 | -42.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLU | J:145 | J:145 | 106.0 | 0.558 | H | -66.0 | -39.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLU | L:145 | L:145 | 107.0 | 0.563 | H | -65.2 | -39.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1tno | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2004-11-02 | GLU | B:145 | B:145 | 112.0 | 0.589 | H | -63.0 | -36.3 | 112.0 | 0.589 | 0.0 |
HOH |
7.251 |
O |
O |
||
GLU | D:145 | D:145 | 110.0 | 0.579 | H | -63.1 | -35.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLU | F:145 | F:145 | 112.0 | 0.589 | H | -61.6 | -36.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLU | H:145 | H:145 | 116.0 | 0.611 | H | -61.5 | -36.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLU | J:145 | J:145 | 111.0 | 0.584 | H | -62.9 | -37.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLU | L:145 | L:145 | 108.0 | 0.568 | H | -62.7 | -35.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1tnu | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2004-11-02 | GLU | B:145 | B:145 | 111.0 | 0.584 | H | -63.5 | -36.1 | 111.0 | 0.584 | 0.0 |
HOH |
7.382 |
O |
O |
||
GLU | D:145 | D:145 | 109.0 | 0.574 | H | -65.1 | -35.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLU | F:145 | F:145 | 106.0 | 0.558 | H | -63.9 | -35.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLU | H:145 | H:145 | 116.0 | 0.611 | H | -63.1 | -36.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLU | J:145 | J:145 | 106.0 | 0.558 | H | -65.9 | -35.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLU | L:145 | L:145 | 107.0 | 0.563 | H | -64.2 | -34.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1tny | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2004-11-02 | GLU | B:145 | B:145 | 107.0 | 0.563 | H | -62.7 | -38.9 | 107.0 | 0.563 | 0.0 |
HOH |
7.239 |
O |
O |
||
GLU | D:145 | D:145 | 108.0 | 0.568 | H | -63.0 | -39.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLU | F:145 | F:145 | 108.0 | 0.568 | H | -62.6 | -37.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLU | H:145 | H:145 | 116.0 | 0.611 | H | -61.6 | -39.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLU | J:145 | J:145 | 103.0 | 0.542 | H | -63.4 | -38.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLU | L:145 | L:145 | 107.0 | 0.563 | H | -63.8 | -36.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1tnz | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2004-11-02 | GLU | B:145 | B:145 | 112.0 | 0.589 | H | -61.4 | -38.6 | 112.0 | 0.589 | 0.0 | ||||||
GLU | D:145 | D:145 | 111.0 | 0.584 | H | -63.4 | -37.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLU | F:145 | F:145 | 109.0 | 0.574 | H | -62.6 | -38.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLU | H:145 | H:145 | 121.0 | 0.637 | H | -61.0 | -38.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLU | J:145 | J:145 | 104.0 | 0.547 | H | -63.8 | -37.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
GLU | L:145 | L:145 | 107.0 | 0.563 | H | -61.9 | -37.8 | NA | NA | NA |
AlphaFold DB
Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
af-p53609-f1 | 1 | P53609 | 100.0 | 0.0 | GLU | A:145 | A:145 | 98.0 | 0.516 | H | -64.4 | -38.7 |