Variant
Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr5 | 114573610 | . | C | A | CCDS4116.1:NM_005023.3:c.424Gta>Tta_NP_005014.2:p.142V>L | Homo sapiens protein geranylgeranyltransferase type I subunit beta (PGGT1B), mRNA. |
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
|
|
PDB
Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
1n4p | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2003-11-18 | VAL | B:142 | B:142 | 7.0 | 0.045 | S | -89.9 | 123.3 | 7.0 | 0.045 | 0.0 |
HOH |
2.755 |
O |
O |
||
VAL | D:142 | D:142 | 8.0 | 0.052 | S | -91.6 | 124.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | F:142 | F:142 | 8.0 | 0.052 | S | -91.0 | 124.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | H:142 | H:142 | 6.0 | 0.039 | S | -90.5 | 124.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | J:142 | J:142 | 8.0 | 0.052 | S | -90.3 | 123.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | L:142 | L:142 | 8.0 | 0.052 | S | -89.8 | 124.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1n4q | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2003-11-18 | VAL | B:142 | B:142 | 8.0 | 0.052 | S | -84.3 | 125.8 | 8.0 | 0.052 | 0.0 |
HOH |
8.462 |
CG1 |
O |
||
VAL | D:142 | D:142 | 7.0 | 0.045 | S | -85.4 | 126.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | F:142 | F:142 | 8.0 | 0.052 | S | -86.0 | 125.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | H:142 | H:142 | 7.0 | 0.045 | S | -83.8 | 125.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | J:142 | J:142 | 7.0 | 0.045 | S | -84.7 | 125.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | L:142 | L:142 | 9.0 | 0.058 | S | -84.5 | 125.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1n4r | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2003-11-18 | VAL | B:142 | B:142 | 7.0 | 0.045 | S | -87.6 | 121.0 | 7.0 | 0.045 | 0.0 |
HOH |
2.667 |
O |
O |
||
VAL | D:142 | D:142 | 8.0 | 0.052 | S | -89.6 | 122.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | F:142 | F:142 | 8.0 | 0.052 | S | -88.8 | 121.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | H:142 | H:142 | 7.0 | 0.045 | S | -88.4 | 121.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | J:142 | J:142 | 6.0 | 0.039 | S | -89.1 | 121.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | L:142 | L:142 | 5.0 | 0.032 | S | -89.0 | 121.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1n4s | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2003-11-18 | VAL | B:142 | B:142 | 8.0 | 0.052 | S | -88.2 | 125.0 | 8.0 | 0.052 | 0.0 |
HOH |
2.623 |
O |
O |
||
VAL | D:142 | D:142 | 8.0 | 0.052 | S | -89.2 | 126.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | F:142 | F:142 | 8.0 | 0.052 | S | -89.8 | 125.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | H:142 | H:142 | 8.0 | 0.052 | S | -88.7 | 125.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | J:142 | J:142 | 6.0 | 0.039 | S | -88.1 | 124.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | L:142 | L:142 | 8.0 | 0.052 | S | -89.3 | 125.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1s64 | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2004-07-27 | VAL | B:142 | B:142 | 7.0 | 0.045 | S | -84.9 | 121.9 | 7.0 | 0.045 | 0.0 |
HOH |
2.709 |
O |
O |
||
VAL | D:142 | D:142 | 8.0 | 0.052 | S | -86.1 | 123.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | F:142 | F:142 | 7.0 | 0.045 | S | -86.5 | 122.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | H:142 | H:142 | 7.0 | 0.045 | S | -86.1 | 123.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | J:142 | J:142 | 7.0 | 0.045 | S | -86.5 | 121.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | L:142 | L:142 | 7.0 | 0.045 | S | -86.8 | 123.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1tnb | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2004-11-02 | VAL | B:142 | B:142 | 8.0 | 0.052 | S | -88.7 | 127.6 | 8.0 | 0.052 | 0.0 |
HOH |
8.143 |
CG1 |
O |
||
VAL | D:142 | D:142 | 8.0 | 0.052 | S | -89.6 | 127.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | F:142 | F:142 | 9.0 | 0.058 | S | -90.6 | 127.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | H:142 | H:142 | 8.0 | 0.052 | S | -89.8 | 126.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | J:142 | J:142 | 6.0 | 0.039 | S | -89.4 | 126.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | L:142 | L:142 | 8.0 | 0.052 | S | -89.0 | 127.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1tno | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2004-11-02 | VAL | B:142 | B:142 | 9.0 | 0.058 | S | -88.6 | 128.6 | 9.0 | 0.058 | 0.0 |
HOH |
8.481 |
CG1 |
O |
||
VAL | D:142 | D:142 | 8.0 | 0.052 | S | -91.6 | 127.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | F:142 | F:142 | 9.0 | 0.058 | S | -90.5 | 128.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | H:142 | H:142 | 9.0 | 0.058 | S | -89.7 | 127.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | J:142 | J:142 | 6.0 | 0.039 | S | -89.2 | 126.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | L:142 | L:142 | 8.0 | 0.052 | S | -88.5 | 128.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1tnu | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2004-11-02 | VAL | B:142 | B:142 | 7.0 | 0.045 | S | -88.5 | 125.0 | 7.0 | 0.045 | 0.0 |
HOH |
8.408 |
CG1 |
O |
||
VAL | D:142 | D:142 | 8.0 | 0.052 | S | -91.5 | 125.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | F:142 | F:142 | 8.0 | 0.052 | S | -91.2 | 124.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | H:142 | H:142 | 7.0 | 0.045 | S | -89.5 | 125.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | J:142 | J:142 | 6.0 | 0.039 | S | -88.3 | 124.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | L:142 | L:142 | 8.0 | 0.052 | S | -89.1 | 126.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1tny | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2004-11-02 | VAL | B:142 | B:142 | 9.0 | 0.058 | S | -91.1 | 126.2 | 9.0 | 0.058 | 0.0 |
HOH |
8.352 |
CG1 |
O |
||
VAL | D:142 | D:142 | 8.0 | 0.052 | S | -92.8 | 125.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | F:142 | F:142 | 8.0 | 0.052 | S | -93.9 | 125.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | H:142 | H:142 | 7.0 | 0.045 | S | -91.7 | 126.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | J:142 | J:142 | 6.0 | 0.039 | S | -91.7 | 125.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | L:142 | L:142 | 8.0 | 0.052 | S | -90.8 | 125.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1tnz | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2004-11-02 | VAL | B:142 | B:142 | 7.0 | 0.045 | S | -91.0 | 120.7 | 7.0 | 0.045 | 0.0 | ||||||
VAL | D:142 | D:142 | 7.0 | 0.045 | S | -92.5 | 120.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | F:142 | F:142 | 7.0 | 0.045 | S | -92.4 | 119.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | H:142 | H:142 | 8.0 | 0.052 | S | -91.6 | 119.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | J:142 | J:142 | 9.0 | 0.058 | S | -91.7 | 120.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
VAL | L:142 | L:142 | 7.0 | 0.045 | S | -91.5 | 120.7 | NA | NA | NA |
AlphaFold DB
Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
af-p53609-f1 | 1 | P53609 | 100.0 | 0.0 | VAL | A:142 | A:142 | 6.0 | 0.039 | S | -76.5 | 122.3 |