Variant
Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr5 | 114573634 | . | T | A | CCDS4116.1:NM_005023.3:c.400Att>Ttt_NP_005014.2:p.134I>F | Homo sapiens protein geranylgeranyltransferase type I subunit beta (PGGT1B), mRNA. |
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
|
|
PDB
Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
1n4p | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2003-11-18 | ILE | B:134 | B:134 | 9.0 | 0.051 | H | -60.5 | -38.5 | 9.0 | 0.051 | 0.0 |
GRG HOH |
9.805 3.510 |
CD1 CD1 |
C19 O |
||
ILE | D:134 | D:134 | 11.0 | 0.063 | H | -58.2 | -39.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | F:134 | F:134 | 9.0 | 0.051 | H | -58.9 | -40.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | H:134 | H:134 | 1.0 | 0.006 | H | -58.7 | -38.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | J:134 | J:134 | 11.0 | 0.063 | H | -59.7 | -38.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | L:134 | L:134 | 10.0 | 0.057 | H | -60.3 | -38.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1n4q | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2003-11-18 | ILE | B:134 | B:134 | 9.0 | 0.051 | H | -63.4 | -38.2 | 9.0 | 0.051 | 0.0 |
HOH |
3.621 |
CD1 |
O |
||
ILE | D:134 | D:134 | 9.0 | 0.051 | H | -61.9 | -37.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | F:134 | F:134 | 9.0 | 0.051 | H | -62.3 | -38.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | H:134 | H:134 | 1.0 | 0.006 | H | -63.3 | -36.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | J:134 | J:134 | 10.0 | 0.057 | H | -61.5 | -38.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | L:134 | L:134 | 10.0 | 0.057 | H | -63.4 | -36.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1n4r | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2003-11-18 | ILE | B:134 | B:134 | 10.0 | 0.057 | H | -61.9 | -37.4 | 10.0 | 0.057 | 0.0 | ||||||
ILE | D:134 | D:134 | 10.0 | 0.057 | H | -61.1 | -36.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | F:134 | F:134 | 10.0 | 0.057 | H | -62.5 | -38.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | H:134 | H:134 | 2.0 | 0.011 | H | -61.2 | -36.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | J:134 | J:134 | 11.0 | 0.063 | H | -61.3 | -37.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | L:134 | L:134 | 11.0 | 0.063 | H | -62.5 | -38.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1n4s | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2003-11-18 | ILE | B:134 | B:134 | 10.0 | 0.057 | H | -63.0 | -38.9 | 10.0 | 0.057 | 0.0 |
GRG HOH |
9.907 3.159 |
CD1 O |
C19 O |
||
ILE | D:134 | D:134 | 11.0 | 0.063 | H | -61.5 | -39.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | F:134 | F:134 | 10.0 | 0.057 | H | -61.5 | -40.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | H:134 | H:134 | 2.0 | 0.011 | H | -61.6 | -38.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | J:134 | J:134 | 11.0 | 0.063 | H | -62.2 | -39.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | L:134 | L:134 | 11.0 | 0.063 | H | -62.4 | -40.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1s64 | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2004-07-27 | ILE | B:134 | B:134 | 10.0 | 0.057 | H | -59.9 | -38.6 | 10.0 | 0.057 | 0.0 |
HOH |
2.826 |
O |
O |
||
ILE | D:134 | D:134 | 11.0 | 0.063 | H | -58.6 | -38.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | F:134 | F:134 | 10.0 | 0.057 | H | -58.8 | -39.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | H:134 | H:134 | 2.0 | 0.011 | H | -59.6 | -36.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | J:134 | J:134 | 11.0 | 0.063 | H | -60.0 | -38.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | L:134 | L:134 | 12.0 | 0.069 | H | -60.4 | -39.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1tnb | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2004-11-02 | ILE | B:134 | B:134 | 9.0 | 0.051 | H | -59.5 | -36.1 | 9.0 | 0.051 | 0.0 |
HOH |
3.522 |
CD1 |
O |
||
ILE | D:134 | D:134 | 9.0 | 0.051 | H | -59.7 | -36.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | F:134 | F:134 | 9.0 | 0.051 | H | -60.1 | -36.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | H:134 | H:134 | 0.0 | 0.0 | H | -60.7 | -35.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | J:134 | J:134 | 10.0 | 0.057 | H | -60.1 | -36.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | L:134 | L:134 | 10.0 | 0.057 | H | -59.1 | -36.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1tno | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2004-11-02 | ILE | B:134 | B:134 | 11.0 | 0.063 | H | -63.0 | -36.6 | 11.0 | 0.063 | 0.0 | ||||||
ILE | D:134 | D:134 | 10.0 | 0.057 | H | -61.3 | -37.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | F:134 | F:134 | 9.0 | 0.051 | H | -63.4 | -37.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | H:134 | H:134 | 1.0 | 0.006 | H | -62.5 | -36.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | J:134 | J:134 | 10.0 | 0.057 | H | -62.7 | -36.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | L:134 | L:134 | 11.0 | 0.063 | H | -61.3 | -37.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1tnu | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2004-11-02 | ILE | B:134 | B:134 | 10.0 | 0.057 | H | -60.5 | -35.5 | 10.0 | 0.057 | 0.0 |
HOH |
3.323 |
CD1 |
O |
||
ILE | D:134 | D:134 | 8.0 | 0.046 | H | -59.9 | -35.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | F:134 | F:134 | 9.0 | 0.051 | H | -60.7 | -37.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | H:134 | H:134 | 0.0 | 0.0 | H | -59.8 | -35.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | J:134 | J:134 | 9.0 | 0.051 | H | -60.3 | -36.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | L:134 | L:134 | 10.0 | 0.057 | H | -60.8 | -35.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1tny | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2004-11-02 | ILE | B:134 | B:134 | 10.0 | 0.057 | H | -60.4 | -36.7 | 10.0 | 0.057 | 0.0 |
HOH |
3.517 |
CD1 |
O |
||
ILE | D:134 | D:134 | 9.0 | 0.051 | H | -59.8 | -38.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | F:134 | F:134 | 8.0 | 0.046 | H | -60.5 | -37.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | H:134 | H:134 | 0.0 | 0.0 | H | -61.2 | -36.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | J:134 | J:134 | 10.0 | 0.057 | H | -60.0 | -37.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | L:134 | L:134 | 10.0 | 0.057 | H | -59.7 | -36.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1tnz | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2004-11-02 | ILE | B:134 | B:134 | 9.0 | 0.051 | H | -59.3 | -33.6 | 9.0 | 0.051 | 0.0 | ||||||
ILE | D:134 | D:134 | 8.0 | 0.046 | H | -58.0 | -34.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | F:134 | F:134 | 9.0 | 0.051 | H | -59.5 | -36.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | H:134 | H:134 | 0.0 | 0.0 | H | -59.6 | -33.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | J:134 | J:134 | 9.0 | 0.051 | H | -57.8 | -36.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ILE | L:134 | L:134 | 10.0 | 0.057 | H | -60.0 | -33.9 | NA | NA | NA |
AlphaFold DB
Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
af-p53609-f1 | 1 | P53609 | 100.0 | 0.0 | ILE | A:134 | A:134 | 9.0 | 0.051 | H | -71.1 | -41.0 |