Variant
| Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr5 | 114577246 | . | T | A | CCDS4116.1:NM_005023.3:c.317aAt>aTt_NP_005014.2:p.106N>I | Homo sapiens protein geranylgeranyltransferase type I subunit beta (PGGT1B), mRNA. |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
|
|
|
PDB
| Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
| 1n4p | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2003-11-18 | ASN | B:106 | B:106 | 46.0 | 0.287 | -160.4 | 92.9 | 46.0 | 0.287 | 0.0 |
HOH |
8.259 |
N |
O |
|||
| ASN | D:106 | D:106 | 29.0 | 0.181 | -158.4 | 94.0 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ASN | F:106 | F:106 | 50.0 | 0.312 | -159.8 | 93.7 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ASN | H:106 | H:106 | 47.0 | 0.294 | -160.6 | 95.0 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ASN | J:106 | J:106 | 48.0 | 0.3 | -160.4 | 93.0 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ASN | L:106 | L:106 | 32.0 | 0.2 | -160.2 | 94.2 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| 1n4q | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2003-11-18 | ASN | B:106 | B:106 | 57.0 | 0.356 | -147.2 | 95.7 | 57.0 | 0.356 | 0.0 |
HOH |
3.717 |
O |
O |
|||
| ASN | D:106 | D:106 | 49.0 | 0.306 | -145.4 | 96.1 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ASN | F:106 | F:106 | 53.0 | 0.331 | -146.5 | 95.6 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ASN | H:106 | H:106 | 50.0 | 0.312 | -148.0 | 96.9 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ASN | J:106 | J:106 | 52.0 | 0.325 | -147.3 | 96.5 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ASN | L:106 | L:106 | 50.0 | 0.312 | -147.9 | 95.7 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| 1n4r | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2003-11-18 | ASN | B:106 | B:106 | 57.0 | 0.356 | -141.3 | 94.8 | 57.0 | 0.356 | 0.0 |
HOH |
3.720 |
O |
O |
|||
| ASN | D:106 | D:106 | 53.0 | 0.331 | -139.3 | 96.0 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ASN | F:106 | F:106 | 53.0 | 0.331 | -140.3 | 95.8 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ASN | H:106 | H:106 | 53.0 | 0.331 | -140.3 | 96.4 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ASN | J:106 | J:106 | 53.0 | 0.331 | -141.0 | 96.4 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ASN | L:106 | L:106 | 51.0 | 0.319 | -140.0 | 96.6 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| 1n4s | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2003-11-18 | ASN | B:106 | B:106 | 46.0 | 0.287 | -153.3 | 97.1 | 46.0 | 0.287 | 0.0 |
HOH |
3.685 |
O |
O |
|||
| ASN | D:106 | D:106 | 29.0 | 0.181 | -151.9 | 97.7 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ASN | F:106 | F:106 | 47.0 | 0.294 | -153.7 | 97.5 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ASN | H:106 | H:106 | 47.0 | 0.294 | -153.7 | 98.1 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ASN | J:106 | J:106 | 47.0 | 0.294 | -153.4 | 97.6 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ASN | L:106 | L:106 | 31.0 | 0.194 | -154.0 | 97.3 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| 1s64 | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2004-07-27 | ASN | B:106 | B:106 | 48.0 | 0.3 | -154.6 | 98.4 | 48.0 | 0.3 | 0.0 |
HOH |
3.761 |
O |
O |
|||
| ASN | D:106 | D:106 | 43.0 | 0.269 | -152.1 | 98.3 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ASN | F:106 | F:106 | 46.0 | 0.287 | -154.3 | 97.4 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ASN | H:106 | H:106 | 46.0 | 0.287 | -154.5 | 98.2 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ASN | J:106 | J:106 | 43.0 | 0.269 | -154.7 | 97.7 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ASN | L:106 | L:106 | 28.0 | 0.175 | -155.5 | 97.9 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| 1tnb | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2004-11-02 | ASN | B:106 | B:106 | 32.0 | 0.2 | -152.6 | 96.5 | 32.0 | 0.2 | 0.0 |
HOH |
2.976 |
N |
O |
|||
| ASN | D:106 | D:106 | 27.0 | 0.169 | -150.8 | 96.8 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ASN | F:106 | F:106 | 31.0 | 0.194 | -152.5 | 97.0 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ASN | H:106 | H:106 | 42.0 | 0.263 | -153.0 | 98.4 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ASN | J:106 | J:106 | 43.0 | 0.269 | -151.6 | 98.7 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ASN | L:106 | L:106 | 30.0 | 0.188 | -152.7 | 96.4 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| 1tno | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2004-11-02 | ASN | B:106 | B:106 | 46.0 | 0.287 | -156.2 | 95.9 | 46.0 | 0.287 | 0.0 |
HOH |
8.294 |
N |
O |
|||
| ASN | D:106 | D:106 | 29.0 | 0.181 | -153.7 | 96.1 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ASN | F:106 | F:106 | 43.0 | 0.269 | -155.6 | 95.4 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ASN | H:106 | H:106 | 45.0 | 0.281 | -156.9 | 96.6 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ASN | J:106 | J:106 | 47.0 | 0.294 | -156.5 | 96.2 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ASN | L:106 | L:106 | 29.0 | 0.181 | -156.2 | 95.1 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| 1tnu | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2004-11-02 | ASN | B:106 | B:106 | 31.0 | 0.194 | -152.3 | 96.7 | 31.0 | 0.194 | 0.0 |
HOH |
8.265 |
N |
O |
|||
| ASN | D:106 | D:106 | 22.0 | 0.138 | -150.5 | 96.1 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ASN | F:106 | F:106 | 27.0 | 0.169 | -152.5 | 96.6 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ASN | H:106 | H:106 | 40.0 | 0.25 | -152.6 | 97.9 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ASN | J:106 | J:106 | 41.0 | 0.256 | -152.2 | 97.0 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ASN | L:106 | L:106 | 30.0 | 0.188 | -152.4 | 96.6 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| 1tny | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2004-11-02 | ASN | B:106 | B:106 | 50.0 | 0.312 | -149.3 | 93.8 | 50.0 | 0.312 | 0.0 |
HOH |
9.940 |
N |
O |
|||
| ASN | D:106 | D:106 | 28.0 | 0.175 | -147.7 | 93.8 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ASN | F:106 | F:106 | 41.0 | 0.256 | -148.3 | 93.3 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ASN | H:106 | H:106 | 45.0 | 0.281 | -149.0 | 94.9 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ASN | J:106 | J:106 | 46.0 | 0.287 | -148.5 | 94.8 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ASN | L:106 | L:106 | 34.0 | 0.212 | -148.6 | 94.1 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| 1tnz | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2004-11-02 | ASN | B:106 | B:106 | 34.0 | 0.212 | -150.3 | 99.3 | 34.0 | 0.212 | 0.0 |
HOH |
8.261 |
N |
O |
|||
| ASN | D:106 | D:106 | 29.0 | 0.181 | -148.2 | 98.3 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ASN | F:106 | F:106 | 31.0 | 0.194 | -149.7 | 98.8 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ASN | H:106 | H:106 | 44.0 | 0.275 | -148.8 | 100.0 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ASN | J:106 | J:106 | 45.0 | 0.281 | -149.2 | 99.8 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ASN | L:106 | L:106 | 29.0 | 0.181 | -151.0 | 98.3 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
AlphaFold DB
| Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
| af-p53609-f1 | 1 | P53609 | 100.0 | 0.0 | ASN | A:106 | A:106 | 40.0 | 0.25 | -134.1 | 102.1 | ||