Variant
| Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr5 | 114577256 | . | T | A | CCDS4116.1:NM_005023.3:c.307Att>Ttt_NP_005014.2:p.103I>F | Homo sapiens protein geranylgeranyltransferase type I subunit beta (PGGT1B), mRNA. |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
|
|
|
PDB
| Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
| 1n4p | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2003-11-18 | ILE | B:103 | B:103 | 28.0 | 0.16 | -71.4 | 133.3 | 18.0 | 0.103 | 0.057 |
A:Q04631:0.057 |
HOH |
3.233 |
O |
O |
||
| ILE | D:103 | D:103 | 28.0 | 0.16 | -70.5 | 134.4 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ILE | F:103 | F:103 | 28.0 | 0.16 | -71.4 | 133.7 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ILE | H:103 | H:103 | 34.0 | 0.194 | -70.0 | 134.6 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ILE | J:103 | J:103 | 36.0 | 0.206 | -71.9 | 134.2 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ILE | L:103 | L:103 | 29.0 | 0.166 | -69.7 | 134.2 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| 1n4q | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2003-11-18 | ILE | B:103 | B:103 | 33.0 | 0.189 | -75.7 | 131.9 | 24.0 | 0.137 | 0.052 |
A:Q04631:0.051 |
HOH |
3.180 |
O |
O |
||
| ILE | D:103 | D:103 | 33.0 | 0.189 | -74.4 | 133.0 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ILE | F:103 | F:103 | 32.0 | 0.183 | -76.2 | 133.3 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ILE | H:103 | H:103 | 33.0 | 0.189 | -75.0 | 133.3 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ILE | J:103 | J:103 | 35.0 | 0.2 | -76.7 | 133.3 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ILE | L:103 | L:103 | 32.0 | 0.183 | -74.5 | 133.2 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| 1n4r | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2003-11-18 | ILE | B:103 | B:103 | 33.0 | 0.189 | -87.9 | 133.4 | 24.0 | 0.137 | 0.052 |
A:Q04631:0.051 |
HOH |
3.032 |
O |
O |
||
| ILE | D:103 | D:103 | 32.0 | 0.183 | -86.5 | 134.3 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ILE | F:103 | F:103 | 32.0 | 0.183 | -86.7 | 134.4 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ILE | H:103 | H:103 | 32.0 | 0.183 | -86.8 | 135.5 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ILE | J:103 | J:103 | 33.0 | 0.189 | -89.2 | 134.4 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ILE | L:103 | L:103 | 32.0 | 0.183 | -86.3 | 133.5 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| 1n4s | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2003-11-18 | ILE | B:103 | B:103 | 26.0 | 0.149 | -70.7 | 132.8 | 16.0 | 0.091 | 0.058 |
A:Q04631:0.057 |
HOH |
3.234 |
O |
O |
||
| ILE | D:103 | D:103 | 27.0 | 0.154 | -70.8 | 133.2 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ILE | F:103 | F:103 | 26.0 | 0.149 | -71.8 | 132.4 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ILE | H:103 | H:103 | 31.0 | 0.177 | -70.6 | 133.7 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ILE | J:103 | J:103 | 34.0 | 0.194 | -71.5 | 133.1 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ILE | L:103 | L:103 | 29.0 | 0.166 | -69.8 | 132.0 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| 1s64 | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2004-07-27 | ILE | B:103 | B:103 | 31.0 | 0.177 | -72.8 | 133.3 | 21.0 | 0.12 | 0.057 |
A:Q04631:0.057 |
HOH |
3.418 |
N |
O |
||
| ILE | D:103 | D:103 | 30.0 | 0.171 | -72.3 | 133.0 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ILE | F:103 | F:103 | 29.0 | 0.166 | -73.1 | 134.1 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ILE | H:103 | H:103 | 30.0 | 0.171 | -72.6 | 134.6 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ILE | J:103 | J:103 | 32.0 | 0.183 | -72.6 | 134.6 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ILE | L:103 | L:103 | 31.0 | 0.177 | -71.9 | 133.4 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| 1tnb | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2004-11-02 | ILE | B:103 | B:103 | 27.0 | 0.154 | -75.7 | 133.2 | 17.0 | 0.097 | 0.057 |
A:Q04631:0.057 |
HOH |
3.340 |
N |
O |
||
| ILE | D:103 | D:103 | 29.0 | 0.166 | -74.7 | 134.8 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ILE | F:103 | F:103 | 32.0 | 0.183 | -75.6 | 133.3 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ILE | H:103 | H:103 | 26.0 | 0.149 | -73.9 | 134.8 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ILE | J:103 | J:103 | 30.0 | 0.171 | -76.2 | 134.8 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ILE | L:103 | L:103 | 28.0 | 0.16 | -73.6 | 133.5 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| 1tno | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2004-11-02 | ILE | B:103 | B:103 | 28.0 | 0.16 | -78.0 | 133.0 | 18.0 | 0.103 | 0.057 |
A:Q04631:0.057 |
HOH |
3.420 |
N |
O |
||
| ILE | D:103 | D:103 | 31.0 | 0.177 | -76.7 | 133.6 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ILE | F:103 | F:103 | 29.0 | 0.166 | -78.0 | 131.7 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ILE | H:103 | H:103 | 35.0 | 0.2 | -76.4 | 134.3 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ILE | J:103 | J:103 | 39.0 | 0.223 | -78.3 | 133.6 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ILE | L:103 | L:103 | 30.0 | 0.171 | -75.6 | 133.6 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| 1tnu | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2004-11-02 | ILE | B:103 | B:103 | 28.0 | 0.16 | -74.7 | 134.7 | 17.0 | 0.097 | 0.063 |
A:Q04631:0.063 |
HOH |
3.223 |
N |
O |
||
| ILE | D:103 | D:103 | 27.0 | 0.154 | -74.5 | 134.3 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ILE | F:103 | F:103 | 27.0 | 0.154 | -74.3 | 133.9 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ILE | H:103 | H:103 | 25.0 | 0.143 | -74.1 | 135.2 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ILE | J:103 | J:103 | 29.0 | 0.166 | -76.5 | 135.2 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ILE | L:103 | L:103 | 29.0 | 0.166 | -73.7 | 135.1 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| 1tny | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2004-11-02 | ILE | B:103 | B:103 | 26.0 | 0.149 | -76.8 | 132.8 | 17.0 | 0.097 | 0.052 |
A:Q04631:0.051 |
HOH |
4.615 |
N |
O |
||
| ILE | D:103 | D:103 | 27.0 | 0.154 | -74.9 | 133.7 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ILE | F:103 | F:103 | 26.0 | 0.149 | -77.4 | 133.2 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ILE | H:103 | H:103 | 30.0 | 0.171 | -75.2 | 133.5 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ILE | J:103 | J:103 | 35.0 | 0.2 | -77.0 | 134.7 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ILE | L:103 | L:103 | 26.0 | 0.149 | -74.9 | 134.0 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| 1tnz | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2004-11-02 | ILE | B:103 | B:103 | 30.0 | 0.171 | -82.4 | 135.8 | 19.0 | 0.109 | 0.062 |
A:Q04631:0.063 |
HOH |
3.336 |
N |
O |
||
| ILE | D:103 | D:103 | 29.0 | 0.166 | -81.5 | 136.6 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ILE | F:103 | F:103 | 27.0 | 0.154 | -82.4 | 136.8 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ILE | H:103 | H:103 | 27.0 | 0.154 | -81.0 | 138.1 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ILE | J:103 | J:103 | 31.0 | 0.177 | -82.8 | 137.2 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| ILE | L:103 | L:103 | 27.0 | 0.154 | -81.5 | 137.2 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
AlphaFold DB
| Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
| af-p53609-f1 | 1 | P53609 | 100.0 | 0.0 | ILE | A:103 | A:103 | 30.0 | 0.171 | -67.2 | 134.3 | ||