Variant
| Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr5 | 114577288 | . | C | A | CCDS4116.1:NM_005023.3:c.275cGc>cTc_NP_005014.2:p.92R>L | Homo sapiens protein geranylgeranyltransferase type I subunit beta (PGGT1B), mRNA. |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
|
|
|
PDB
| Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
| 1n4p | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2003-11-18 | ARG | B:92 | B:92 | 54.0 | 0.24 | G | -126.3 | 12.1 | 54.0 | 0.24 | 0.0 |
HOH |
3.859 |
CA |
O |
||
| ARG | D:92 | D:92 | 58.0 | 0.258 | G | -126.1 | 11.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | F:92 | F:92 | 53.0 | 0.236 | G | -126.6 | 12.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | H:92 | H:92 | 57.0 | 0.253 | G | -124.4 | 11.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | J:92 | J:92 | 57.0 | 0.253 | G | -125.7 | 13.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | L:92 | L:92 | 58.0 | 0.258 | G | -125.3 | 11.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 1n4q | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2003-11-18 | ARG | B:92 | B:92 | 54.0 | 0.24 | G | -120.5 | 11.1 | 54.0 | 0.24 | 0.0 |
HOH |
3.234 |
C |
O |
||
| ARG | D:92 | D:92 | 57.0 | 0.253 | G | -120.2 | 9.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | F:92 | F:92 | 49.0 | 0.218 | G | -121.6 | 11.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | H:92 | H:92 | 65.0 | 0.289 | G | -118.3 | 9.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | J:92 | J:92 | 55.0 | 0.244 | G | -119.4 | 11.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | L:92 | L:92 | 66.0 | 0.293 | G | -119.6 | 9.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 1n4r | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2003-11-18 | ARG | B:92 | B:92 | 55.0 | 0.244 | G | -121.0 | 12.1 | 55.0 | 0.244 | 0.0 |
HOH |
6.834 |
O |
O |
||
| ARG | D:92 | D:92 | 55.0 | 0.244 | G | -120.8 | 10.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | F:92 | F:92 | 56.0 | 0.249 | G | -120.7 | 10.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | H:92 | H:92 | 59.0 | 0.262 | G | -119.5 | 10.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | J:92 | J:92 | 58.0 | 0.258 | G | -119.7 | 11.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | L:92 | L:92 | 62.0 | 0.276 | G | -118.4 | 9.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 1n4s | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2003-11-18 | ARG | B:92 | B:92 | 53.0 | 0.236 | G | -122.8 | 13.0 | 53.0 | 0.236 | 0.0 |
HOH |
3.789 |
C |
O |
||
| ARG | D:92 | D:92 | 56.0 | 0.249 | G | -123.0 | 11.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | F:92 | F:92 | 53.0 | 0.236 | G | -122.3 | 12.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | H:92 | H:92 | 60.0 | 0.267 | G | -121.5 | 10.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | J:92 | J:92 | 55.0 | 0.244 | G | -122.5 | 12.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | L:92 | L:92 | 57.0 | 0.253 | G | -121.6 | 11.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 1s64 | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2004-07-27 | ARG | B:92 | B:92 | 52.0 | 0.231 | G | -123.7 | 12.8 | 52.0 | 0.231 | 0.0 |
HOH |
3.588 |
C |
O |
||
| ARG | D:92 | D:92 | 58.0 | 0.258 | G | -122.4 | 10.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | F:92 | F:92 | 52.0 | 0.231 | G | -122.4 | 11.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | H:92 | H:92 | 60.0 | 0.267 | G | -121.5 | 10.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | J:92 | J:92 | 54.0 | 0.24 | G | -122.3 | 11.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | L:92 | L:92 | 56.0 | 0.249 | G | -120.1 | 11.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 1tnb | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2004-11-02 | ARG | B:92 | B:92 | 53.0 | 0.236 | G | -121.2 | 9.7 | 53.0 | 0.236 | 0.0 |
HOH |
2.758 |
NH2 |
O |
||
| ARG | D:92 | D:92 | 61.0 | 0.271 | G | -120.2 | 6.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | F:92 | F:92 | 58.0 | 0.258 | G | -122.2 | 9.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | H:92 | H:92 | 54.0 | 0.24 | G | -120.1 | 7.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | J:92 | J:92 | 57.0 | 0.253 | G | -121.8 | 10.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | L:92 | L:92 | 55.0 | 0.244 | G | -120.1 | 8.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 1tno | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2004-11-02 | ARG | B:92 | B:92 | 55.0 | 0.244 | G | -124.8 | 11.9 | 55.0 | 0.244 | 0.0 |
HOH |
5.962 |
C |
O |
||
| ARG | D:92 | D:92 | 63.0 | 0.28 | G | -125.1 | 11.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | F:92 | F:92 | 56.0 | 0.249 | G | -125.2 | 11.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | H:92 | H:92 | 58.0 | 0.258 | G | -123.7 | 10.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | J:92 | J:92 | 62.0 | 0.276 | G | -125.2 | 13.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | L:92 | L:92 | 65.0 | 0.289 | G | -123.5 | 12.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 1tnu | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2004-11-02 | ARG | B:92 | B:92 | 53.0 | 0.236 | G | -120.2 | 10.3 | 53.0 | 0.236 | 0.0 |
HOH |
2.884 |
NH2 |
O |
||
| ARG | D:92 | D:92 | 59.0 | 0.262 | G | -120.4 | 7.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | F:92 | F:92 | 56.0 | 0.249 | G | -122.3 | 10.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | H:92 | H:92 | 59.0 | 0.262 | G | -120.5 | 8.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | J:92 | J:92 | 59.0 | 0.262 | G | -121.2 | 11.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | L:92 | L:92 | 56.0 | 0.249 | G | -119.6 | 9.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 1tny | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2004-11-02 | ARG | B:92 | B:92 | 53.0 | 0.236 | G | -115.5 | 8.4 | 53.0 | 0.236 | 0.0 |
HOH |
3.727 |
C |
O |
||
| ARG | D:92 | D:92 | 56.0 | 0.249 | G | -115.8 | 7.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | F:92 | F:92 | 56.0 | 0.249 | G | -118.0 | 9.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | H:92 | H:92 | 56.0 | 0.249 | G | -115.1 | 6.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | J:92 | J:92 | 57.0 | 0.253 | G | -116.0 | 9.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | L:92 | L:92 | 62.0 | 0.276 | G | -114.9 | 8.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 1tnz | 2 | P53610 | 97.61 | 0.0 |
X-RAY |
2004-11-02 | ARG | B:92 | B:92 | 51.0 | 0.227 | G | -121.7 | 10.1 | 51.0 | 0.227 | 0.0 |
HOH |
4.031 |
O |
O |
||
| ARG | D:92 | D:92 | 60.0 | 0.267 | G | -122.6 | 7.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | F:92 | F:92 | 58.0 | 0.258 | G | -123.1 | 9.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | H:92 | H:92 | 62.0 | 0.276 | G | -121.8 | 7.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | J:92 | J:92 | 57.0 | 0.253 | G | -122.3 | 11.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | L:92 | L:92 | 56.0 | 0.249 | G | -122.9 | 9.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
AlphaFold DB
| Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
| af-p53609-f1 | 1 | P53609 | 100.0 | 0.0 | ARG | A:92 | A:92 | 49.0 | 0.218 | G | -112.9 | -1.0 | |