Variant

Genome Chromosome Position VCF ID Ref Alt mRNA Change mRNA Info
GRCh37 chr5 114588879 . T A CCDS4116.1:NM_005023.3:c.214Ata>Tta_NP_005014.2:p.72I>L Homo sapiens protein geranylgeranyltransferase type I subunit beta (PGGT1B), mRNA.
pdb_id: 
label_asym_id: 
label_seq_id: 
label_comp_id: 
auth_asym_id: 
auth_seq_id: 
alphafold_id: 
label_asym_id: 
label_seq_id: 
label_comp_id: 
auth_asym_id: 
auth_seq_id: 

PDB

Entity Residue Monomer BioUnit Ligand View
PDB Entity Uniprot Identity Evalue ExpMethod Date Name Label Auth ASA rASA SS φ ψ ASA rASA ΔASA Interaction Name Distance Atom(p) Atom(l)
1n4p 2 P53610 97.61 0.0 X-RAY
 2003-11-18 ILE B:72 B:72 28.0 0.16 H -60.3 -39.6 11.0 0.063 0.097 A:Q04631:0.097
 HOH
 4.225
 CD1
 O
ILE D:72 D:72 27.0 0.154 H -61.8 -39.9 NA NA NA
ILE F:72 F:72 27.0 0.154 H -61.6 -40.6 NA NA NA
ILE H:72 H:72 25.0 0.143 H -61.4 -39.6 NA NA NA
ILE J:72 J:72 27.0 0.154 H -61.8 -42.9 NA NA NA
ILE L:72 L:72 28.0 0.16 H -64.2 -38.6 NA NA NA
1n4q 2 P53610 97.61 0.0 X-RAY
 2003-11-18 ILE B:72 B:72 29.0 0.166 H -59.2 -38.0 11.0 0.063 0.103 A:Q04631:0.103
 HOH
 4.489
 CD1
 O
ILE D:72 D:72 28.0 0.16 H -59.6 -38.0 NA NA NA
ILE F:72 F:72 27.0 0.154 H -60.3 -39.0 NA NA NA
ILE H:72 H:72 27.0 0.154 H -60.4 -38.3 NA NA NA
ILE J:72 J:72 27.0 0.154 H -60.6 -40.6 NA NA NA
ILE L:72 L:72 26.0 0.149 H -62.5 -37.4 NA NA NA
1n4r 2 P53610 97.61 0.0 X-RAY
 2003-11-18 ILE B:72 B:72 28.0 0.16 H -57.3 -36.2 11.0 0.063 0.097 A:Q04631:0.097
 HOH
 4.404
 CD1
 O
ILE D:72 D:72 28.0 0.16 H -57.7 -36.6 NA NA NA
ILE F:72 F:72 30.0 0.171 H -56.8 -37.7 NA NA NA
ILE H:72 H:72 26.0 0.149 H -58.0 -36.3 NA NA NA
ILE J:72 J:72 29.0 0.166 H -57.8 -38.6 NA NA NA
ILE L:72 L:72 27.0 0.154 H -59.6 -35.7 NA NA NA
1n4s 2 P53610 97.61 0.0 X-RAY
 2003-11-18 ILE B:72 B:72 29.0 0.166 H -58.8 -36.7 11.0 0.063 0.103 A:Q04631:0.103
 HOH
 6.394
 CD1
 O
ILE D:72 D:72 28.0 0.16 H -60.1 -36.9 NA NA NA
ILE F:72 F:72 30.0 0.171 H -59.2 -38.0 NA NA NA
ILE H:72 H:72 26.0 0.149 H -60.4 -36.2 NA NA NA
ILE J:72 J:72 30.0 0.171 H -59.8 -39.3 NA NA NA
ILE L:72 L:72 29.0 0.166 H -61.8 -36.1 NA NA NA
1s64 2 P53610 97.61 0.0 X-RAY
 2004-07-27 ILE B:72 B:72 29.0 0.166 H -61.9 -37.5 12.0 0.069 0.097 A:Q04631:0.097
 HOH
 4.432
 CD1
 O
ILE D:72 D:72 28.0 0.16 H -63.0 -38.1 NA NA NA
ILE F:72 F:72 30.0 0.171 H -62.2 -38.7 NA NA NA
ILE H:72 H:72 26.0 0.149 H -61.8 -37.5 NA NA NA
ILE J:72 J:72 29.0 0.166 H -62.4 -40.3 NA NA NA
ILE L:72 L:72 28.0 0.16 H -64.1 -37.2 NA NA NA
1tnb 2 P53610 97.61 0.0 X-RAY
 2004-11-02 ILE B:72 B:72 29.0 0.166 H -60.0 -39.6 12.0 0.069 0.097 A:Q04631:0.097
 HOH
 6.550
 CD1
 O
ILE D:72 D:72 30.0 0.171 H -60.5 -39.7 NA NA NA
ILE F:72 F:72 28.0 0.16 H -61.8 -40.6 NA NA NA
ILE H:72 H:72 27.0 0.154 H -61.4 -39.3 NA NA NA
ILE J:72 J:72 30.0 0.171 H -61.2 -41.1 NA NA NA
ILE L:72 L:72 28.0 0.16 H -62.2 -38.5 NA NA NA
1tno 2 P53610 97.61 0.0 X-RAY
 2004-11-02 ILE B:72 B:72 30.0 0.171 H -60.8 -36.7 13.0 0.074 0.097 A:Q04631:0.097
 HOH
 6.718
 CD1
 O
ILE D:72 D:72 31.0 0.177 H -61.7 -37.8 NA NA NA
ILE F:72 F:72 30.0 0.171 H -63.1 -38.1 NA NA NA
ILE H:72 H:72 27.0 0.154 H -62.2 -36.2 NA NA NA
ILE J:72 J:72 31.0 0.177 H -62.4 -38.9 NA NA NA
ILE L:72 L:72 30.0 0.171 H -63.5 -36.6 NA NA NA
1tnu 2 P53610 97.61 0.0 X-RAY
 2004-11-02 ILE B:72 B:72 28.0 0.16 H -59.6 -39.9 13.0 0.074 0.086 A:Q04631:0.086
ILE D:72 D:72 29.0 0.166 H -60.4 -38.8 NA NA NA
ILE F:72 F:72 29.0 0.166 H -61.3 -41.6 NA NA NA
ILE H:72 H:72 27.0 0.154 H -60.7 -38.6 NA NA NA
ILE J:72 J:72 30.0 0.171 H -59.5 -42.3 NA NA NA
ILE L:72 L:72 30.0 0.171 H -60.6 -39.5 NA NA NA
1tny 2 P53610 97.61 0.0 X-RAY
 2004-11-02 ILE B:72 B:72 29.0 0.166 H -61.3 -37.3 11.0 0.063 0.103 A:Q04631:0.103
 HOH
 4.222
 CD1
 O
ILE D:72 D:72 29.0 0.166 H -62.0 -36.7 NA NA NA
ILE F:72 F:72 30.0 0.171 H -63.5 -37.7 NA NA NA
ILE H:72 H:72 27.0 0.154 H -62.7 -36.6 NA NA NA
ILE J:72 J:72 30.0 0.171 H -62.7 -38.7 NA NA NA
ILE L:72 L:72 29.0 0.166 H -64.3 -35.9 NA NA NA
1tnz 2 P53610 97.61 0.0 X-RAY
 2004-11-02 ILE B:72 B:72 27.0 0.154 H -60.9 -41.8 12.0 0.069 0.085 A:Q04631:0.086
ILE D:72 D:72 29.0 0.166 H -62.6 -41.0 NA NA NA
ILE F:72 F:72 28.0 0.16 H -63.6 -42.5 NA NA NA
ILE H:72 H:72 26.0 0.149 H -63.0 -40.4 NA NA NA
ILE J:72 J:72 27.0 0.154 H -63.0 -43.9 NA NA NA
ILE L:72 L:72 29.0 0.166 H -64.7 -40.2 NA NA NA

AlphaFold DB

Entity Residue Monomer View
ID Entity Uniprot Identity Evalue Name Label Auth ASA rASA SS φ ψ
af-p53609-f1 1 P53609 100.0 0.0 ILE A:72 A:72 26.0 0.149 H -71.1 -38.3