Variant

Genome Chromosome Position VCF ID Ref Alt mRNA Change mRNA Info
GRCh37 chr5 114598425 . A C CCDS4116.1:NM_005023.3:c.124Tca>Gca_NP_005014.2:p.42S>A Homo sapiens protein geranylgeranyltransferase type I subunit beta (PGGT1B), mRNA.
pdb_id: 
label_asym_id: 
label_seq_id: 
label_comp_id: 
auth_asym_id: 
auth_seq_id: 
alphafold_id: 
label_asym_id: 
label_seq_id: 
label_comp_id: 
auth_asym_id: 
auth_seq_id: 

PDB

Entity Residue Monomer BioUnit Ligand View
PDB Entity Uniprot Identity Evalue ExpMethod Date Name Label Auth ASA rASA SS φ ψ ASA rASA ΔASA Interaction Name Distance Atom(p) Atom(l)
1n4p 2 P53610 97.61 0.0 X-RAY
 2003-11-18 SER B:42 B:42 102.0 0.887 G -67.9 -2.3 60.0 0.522 0.365 A:Q04631:0.365
 HOH
 2.808
 O
 O
SER D:42 D:42 98.0 0.852 G -72.8 -5.7 NA NA NA
SER F:42 F:42 102.0 0.887 G -72.8 -1.2 NA NA NA
SER H:42 H:42 99.0 0.861 G -66.1 -5.3 NA NA NA
SER J:42 J:42 100.0 0.87 G -69.8 -8.5 NA NA NA
SER L:42 L:42 102.0 0.887 G -72.5 -4.9 NA NA NA
1n4q 2 P53610 97.61 0.0 X-RAY
 2003-11-18 SER B:42 B:42 102.0 0.887 G -66.9 -4.2 42.0 0.365 0.522 M:None:0.165
A:Q04631:0.348
 HOH
 2.799
 O
 O
SER D:42 D:42 102.0 0.887 G -69.9 -3.6 NA NA NA
SER F:42 F:42 99.0 0.861 G -68.7 -3.2 NA NA NA
SER H:42 H:42 106.0 0.922 G -67.6 -3.4 NA NA NA
SER J:42 J:42 100.0 0.87 G -66.2 -10.3 NA NA NA
SER L:42 L:42 101.0 0.878 G -68.4 -3.7 NA NA NA
1n4r 2 P53610 97.61 0.0 X-RAY
 2003-11-18 SER B:42 B:42 103.0 0.896 G -66.6 -4.6 41.0 0.357 0.539 M:None:0.191
A:Q04631:0.348
 HOH
 3.117
 O
 O
SER D:42 D:42 99.0 0.861 G -71.7 -4.7 NA NA NA
SER F:42 F:42 99.0 0.861 G -71.0 -3.8 NA NA NA
SER H:42 H:42 102.0 0.887 G -70.2 -4.3 NA NA NA
SER J:42 J:42 99.0 0.861 G -67.4 -13.6 NA NA NA
SER L:42 L:42 100.0 0.87 G -72.5 -3.4 NA NA NA
1n4s 2 P53610 97.61 0.0 X-RAY
 2003-11-18 SER B:42 B:42 103.0 0.896 G -68.6 -2.7 46.0 0.4 0.496 M:None:0.13
A:Q04631:0.374
 GER
HOH
 7.754
2.886
 O
O
 C1
O
SER D:42 D:42 98.0 0.852 G -70.9 -4.0 NA NA NA
SER F:42 F:42 102.0 0.887 G -69.8 -2.5 NA NA NA
SER H:42 H:42 102.0 0.887 G -67.9 -2.1 NA NA NA
SER J:42 J:42 99.0 0.861 G -68.3 -8.0 NA NA NA
SER L:42 L:42 102.0 0.887 G -72.0 -2.1 NA NA NA
1s64 2 P53610 97.61 0.0 X-RAY
 2004-07-27 SER B:42 B:42 104.0 0.904 G -63.8 -3.9 63.0 0.548 0.356 A:Q04631:0.357
 MES
HOH
 8.595
3.088
 O
O
 O2S
O
SER D:42 D:42 101.0 0.878 G -67.1 -4.7 NA NA NA
SER F:42 F:42 104.0 0.904 G -65.4 -5.7 NA NA NA
SER H:42 H:42 104.0 0.904 G -66.2 -4.2 NA NA NA
SER J:42 J:42 101.0 0.878 G -66.3 -12.1 NA NA NA
SER L:42 L:42 103.0 0.896 G -67.4 -7.6 NA NA NA
1tnb 2 P53610 97.61 0.0 X-RAY
 2004-11-02 SER B:42 B:42 103.0 0.896 G -76.6 4.2 45.0 0.391 0.505 M:None:0.139
A:Q04631:0.365
 HOH
 3.110
 N
 O
SER D:42 D:42 101.0 0.878 G -74.4 -0.5 NA NA NA
SER F:42 F:42 103.0 0.896 G -71.1 3.5 NA NA NA
SER H:42 H:42 99.0 0.861 G -71.2 -4.5 NA NA NA
SER J:42 J:42 98.0 0.852 G -69.9 -2.2 NA NA NA
SER L:42 L:42 104.0 0.904 G -74.2 0.9 NA NA NA
1tno 2 P53610 97.61 0.0 X-RAY
 2004-11-02 SER B:42 B:42 104.0 0.904 G -73.3 -0.7 58.0 0.504 0.4 M:None:0.035
A:Q04631:0.365
 HOH
 3.007
 O
 O
SER D:42 D:42 102.0 0.887 G -76.2 1.8 NA NA NA
SER F:42 F:42 103.0 0.896 G -70.8 1.7 NA NA NA
SER H:42 H:42 102.0 0.887 G -73.1 -0.8 NA NA NA
SER J:42 J:42 99.0 0.861 G -71.3 -2.7 NA NA NA
SER L:42 L:42 101.0 0.878 G -75.6 -0.7 NA NA NA
1tnu 2 P53610 97.61 0.0 X-RAY
 2004-11-02 SER B:42 B:42 102.0 0.887 G -66.2 -4.2 55.0 0.478 0.409 M:None:0.061
A:Q04631:0.348
 HOH
 2.932
 O
 O
SER D:42 D:42 102.0 0.887 G -75.1 -4.4 NA NA NA
SER F:42 F:42 101.0 0.878 G -70.5 -3.8 NA NA NA
SER H:42 H:42 99.0 0.861 G -72.5 -4.9 NA NA NA
SER J:42 J:42 98.0 0.852 G -70.9 -8.4 NA NA NA
SER L:42 L:42 103.0 0.896 G -76.4 -0.4 NA NA NA
1tny 2 P53610 97.61 0.0 X-RAY
 2004-11-02 SER B:42 B:42 104.0 0.904 G -69.5 -0.9 62.0 0.539 0.365 A:Q04631:0.365
 HOH
 2.930
 O
 O
SER D:42 D:42 101.0 0.878 G -70.7 -4.8 NA NA NA
SER F:42 F:42 104.0 0.904 G -72.4 1.5 NA NA NA
SER H:42 H:42 101.0 0.878 G -73.8 -1.4 NA NA NA
SER J:42 J:42 100.0 0.87 G -72.6 -2.3 NA NA NA
SER L:42 L:42 102.0 0.887 G -74.2 -0.9 NA NA NA
1tnz 2 P53610 97.61 0.0 X-RAY
 2004-11-02 SER B:42 B:42 103.0 0.896 G -69.8 -4.6 44.0 0.383 0.513 M:None:0.148
A:Q04631:0.357
 HOH
 6.699
 O
 O
SER D:42 D:42 99.0 0.861 G -73.2 -1.6 NA NA NA
SER F:42 F:42 101.0 0.878 G -70.2 -3.3 NA NA NA
SER H:42 H:42 99.0 0.861 G -69.8 -13.9 NA NA NA
SER J:42 J:42 97.0 0.843 G -63.7 -15.1 NA NA NA
SER L:42 L:42 103.0 0.896 G -73.7 -7.0 NA NA NA

AlphaFold DB

Entity Residue Monomer View
ID Entity Uniprot Identity Evalue Name Label Auth ASA rASA SS φ ψ
af-p53609-f1 1 P53609 100.0 0.0 SER A:42 A:42 102.0 0.887 G -62.3 -15.1