Variant
Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr5 | 41862758 | . | G | A | CCDS3937.1:NM_000436.3:c.173aCg>aTg_NP_000427.1:p.58T>M | Homo sapiens 3-oxoacid CoA-transferase 1 (OXCT1), mRNA. |
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PDB
Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
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PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
3dlx | 1 | P55809 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2008-08-12 | THR | A:20 | A:58 | 41.0 | 0.293 | E | -90.1 | 119.4 | 41.0 | 0.293 | 0.0 |
HOH |
2.674 |
OG1 |
O |
||
THR | B:20 | B:58 | 39.0 | 0.279 | E | -88.4 | 121.3 | 39.0 | 0.279 | 0.0 |
HOH |
7.328 |
O |
O |
|||||||||
THR | C:20 | C:58 | 39.0 | 0.279 | E | -90.7 | 121.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
THR | D:20 | D:58 | 38.0 | 0.271 | E | -91.8 | 119.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1m3e | 1 | Q29551 | 92.07 | 0.0 |
X-RAY |
2003-01-07 | THR | A:19 | A:19 | 39.0 | 0.279 | E | -96.9 | 119.1 | 39.0 | 0.279 | 0.0 |
HOH |
3.924 |
CG2 |
O |
||
THR | B:19 | B:19 | 40.0 | 0.286 | E | -96.7 | 118.3 | 40.0 | 0.286 | 0.0 |
HOH |
2.505 |
OG1 |
O |
|||||||||
THR | C:19 | C:19 | 40.0 | 0.286 | E | -97.5 | 118.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
THR | D:19 | D:19 | 40.0 | 0.286 | E | -96.6 | 118.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1o9l | 1 | Q29551 | 92.07 | 0.0 |
X-RAY |
2002-12-23 | THR | A:19 | A:58 | 36.0 | 0.257 | E | -98.5 | 131.4 | 36.0 | 0.257 | 0.0 |
HOH |
5.659 |
CG2 |
O |
||
THR | B:19 | B:58 | 39.0 | 0.279 | E | -100.6 | 127.8 | 39.0 | 0.279 | 0.0 |
HOH |
3.788 |
CG2 |
O |
|||||||||
THR | C:19 | C:58 | 39.0 | 0.279 | E | -97.9 | 128.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
THR | D:19 | D:58 | 39.0 | 0.279 | E | -100.2 | 129.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1ooy | 1 | Q29551 | 92.07 | 0.0 |
X-RAY |
2004-04-27 | THR | A:19 | A:19 | 36.0 | 0.257 | E | -98.0 | 121.9 | 36.0 | 0.257 | 0.0 |
HOH |
2.590 |
OG1 |
O |
||
THR | B:19 | B:19 | 36.0 | 0.257 | E | -97.6 | 122.0 | 36.0 | 0.257 | 0.0 |
HOH |
2.645 |
OG1 |
O |
|||||||||
3k6m | 1 | Q29551 | 92.07 | 0.0 |
X-RAY |
2010-07-07 | THR | A:19 | A:19 | 39.0 | 0.279 | E | -95.0 | 123.9 | 39.0 | 0.279 | 0.0 |
HOH |
2.675 |
OG1 |
O |
||
THR | B:19 | D:19 | 37.0 | 0.264 | E | -95.6 | 123.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
THR | C:19 | C:19 | 38.0 | 0.271 | E | -90.9 | 127.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
THR | D:19 | B:19 | 36.0 | 0.257 | E | -95.6 | 123.7 | 36.0 | 0.257 | 0.0 |
HOH |
2.646 |
OG1 |
O |
|||||||||
3oxo | 1 | Q29551 | 92.07 | 0.0 |
X-RAY |
2010-11-10 | THR | A:19 | A:19 | 38.0 | 0.271 | E | -95.2 | 121.8 | 38.0 | 0.271 | 0.0 |
HOH |
3.579 |
OG1 |
O |
||
THR | B:19 | B:19 | 38.0 | 0.271 | E | -93.7 | 119.8 | 38.0 | 0.271 | 0.0 | |||||||||||||
THR | C:19 | C:19 | 36.0 | 0.257 | E | -95.8 | 120.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
THR | D:19 | D:19 | 38.0 | 0.271 | E | -93.4 | 120.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
THR | E:19 | E:19 | 37.0 | 0.264 | E | -93.4 | 121.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
THR | F:19 | F:19 | 37.0 | 0.264 | E | -92.7 | 120.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
THR | G:19 | G:19 | 35.0 | 0.25 | E | -93.3 | 120.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
THR | H:19 | H:19 | 38.0 | 0.271 | E | -94.9 | 120.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
2nrc | 1 | Q29551 | 91.86 | 0.0 |
X-RAY |
2007-09-18 | THR | A:19 | A:19 | 37.0 | 0.264 | E | -93.4 | 122.2 | 37.0 | 0.264 | 0.0 | ||||||
THR | B:19 | B:19 | 39.0 | 0.279 | E | -90.9 | 121.3 | 39.0 | 0.279 | 0.0 |
HOH |
4.322 |
OG1 |
O |
|||||||||
THR | C:19 | C:19 | 40.0 | 0.286 | E | -98.4 | 119.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
THR | D:19 | D:19 | 39.0 | 0.279 | E | -92.7 | 119.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
2nrb | 1 | Q29551 | 91.86 | 0.0 |
X-RAY |
2007-09-18 | THR | A:19 | A:19 | 37.0 | 0.264 | E | -94.6 | 127.4 | 37.0 | 0.264 | 0.0 |
HOH |
6.784 |
O |
O |
||
THR | B:19 | B:19 | 36.0 | 0.257 | E | -94.5 | 118.3 | 36.0 | 0.257 | 0.0 |
HOH |
2.523 |
OG1 |
O |
|||||||||
THR | C:19 | C:19 | 40.0 | 0.286 | E | -94.5 | 120.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
THR | D:19 | D:19 | 39.0 | 0.279 | E | -96.8 | 120.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1ooz | 1 | Q29551 | 91.86 | 0.0 |
X-RAY |
2004-04-27 | THR | A:19 | A:19 | 38.0 | 0.271 | E | -98.1 | 122.1 | 38.0 | 0.271 | 0.0 |
HOH |
2.822 |
OG1 |
O |
||
THR | B:19 | B:19 | 37.0 | 0.264 | E | -99.2 | 121.0 | 37.0 | 0.264 | 0.0 |
HOH |
2.600 |
OG1 |
O |
|||||||||
1ope | 1 | Q29551 | 91.86 | 0.0 |
X-RAY |
2004-04-27 | THR | A:19 | A:19 | 35.0 | 0.25 | E | -99.3 | 119.0 | 35.0 | 0.25 | 0.0 |
HOH |
2.897 |
OG1 |
O |
||
THR | B:19 | B:19 | 38.0 | 0.271 | E | -100.2 | 117.3 | 38.0 | 0.271 | 0.0 |
HOH |
2.557 |
OG1 |
O |
AlphaFold DB
Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
af-p55809-f1 | 1 | P55809 | 100.0 | 0.0 | THR | A:58 | A:58 | 39.0 | 0.279 | E | -87.8 | 117.9 |