Variant

Genome Chromosome Position VCF ID Ref Alt mRNA Change mRNA Info
GRCh37 chr5 88100496 . G A CCDS47244.1:NM_001131005.2:c.177agC>agT_NP_001124477.1:p.59S>S Homo sapiens myocyte enhancer factor 2C (MEF2C), transcript variant 1, mRNA.
pdb_id: 
label_asym_id: 
label_seq_id: 
label_comp_id: 
auth_asym_id: 
auth_seq_id: 
alphafold_id: 
label_asym_id: 
label_seq_id: 
label_comp_id: 
auth_asym_id: 
auth_seq_id: 

PDB

Entity Residue Monomer BioUnit Ligand View
PDB Entity Uniprot Identity Evalue ExpMethod Date Name Label Auth ASA rASA SS φ ψ ASA rASA ΔASA Interaction Name Distance Atom(p) Atom(l)
5f28 1 Q8CFN5 97.8 5e-59 X-RAY
 2016-07-13 SER A:59 A:59 32.0 0.278 S -58.1 -44.3 4.0 0.035 0.243 B:Q8CFN5:0.243
 HOH
 4.306
 OG
 O
SER B:59 B:59 35.0 0.304 S -66.6 -30.9 9.0 0.078 0.226 A:Q8CFN5:0.226
 HOH
 5.675
 O
 O
SER C:59 C:59 31.0 0.27 S -60.2 -35.3 NA NA NA
SER D:59 D:59 39.0 0.339 S -80.7 -14.1 NA NA NA
3kov 1 Q02078 96.67 1e-57 X-RAY
 2010-02-16 SER A:58 A:59 34.0 0.296 S -61.0 -32.7 8.0 0.07 0.226 B:Q02078:0.226
SER B:58 B:59 33.0 0.287 S -66.7 -28.8 9.0 0.078 0.209 A:Q02078:0.209
SER C:58 I:59 31.0 0.27 S -61.7 -34.0 NA NA NA
SER D:58 J:59 32.0 0.278 S -62.4 -31.6 NA NA NA
3p57 1 Q02078 96.67 1e-57 X-RAY
 2011-08-10 SER A:58 A:59 38.0 0.33 S -79.7 -14.5 15.0 0.13 0.2 B:Q02078:0.2
 HOH
 6.255
 N
 O
SER B:58 B:59 41.0 0.357 S -64.7 -50.2 8.0 0.07 0.287 A:Q02078:0.287
 HOH
 6.355
 N
 O
SER C:58 C:59 42.0 0.365 S -91.2 1.2 22.0 0.191 0.174 D:Q02078:0.174
 HOH
 3.114
 OG
 O
SER D:58 D:59 44.0 0.383 S -58.2 -50.2 7.0 0.061 0.322 C:Q02078:0.322
 HOH
 6.228
 N
 O
SER E:58 I:59 44.0 0.383 S -66.5 -15.5 17.0 0.148 0.235 F:Q02078:0.235
 HOH
 7.593
 OG
 O
SER F:58 J:59 37.0 0.322 S -60.2 -37.9 4.0 0.035 0.287 E:Q02078:0.287
 HOH
 3.488
 OG
 O
6byy 1 Q02078,Q02080 89.47 3e-57 X-RAY
 2018-01-31 SER A:59 A:59 31.0 0.27 S -59.7 -38.3 3.0 0.026 0.244 B:Q02078+Q02080:0.243
 1PG
HOH
 6.779
3.095
 OG
OG
 C1
O
SER B:59 B:59 34.0 0.296 S -70.4 -40.4 10.0 0.087 0.209 A:Q02078+Q02080:0.209
 HOH
 2.705
 OG
 O
SER C:59 C:59 32.0 0.278 S -56.7 -52.2 NA NA NA
SER D:59 D:59 45.0 0.391 S -67.9 -11.4 NA NA NA
6wc2 1 Q02078,Q02080 89.47 3e-57 X-RAY
 2020-07-22 SER A:59 A:59 30.0 0.261 S -54.1 -50.3 3.0 0.026 0.235 B:Q02078+Q02080:0.235
 HOH
 2.777
 O
 O
SER B:59 B:59 41.0 0.357 S -77.8 -15.1 23.0 0.2 0.157 A:Q02078+Q02080:0.157
 HOH
 2.678
 OG
 O
SER C:59 C:59 36.0 0.313 S -62.0 -43.3 NA NA NA
SER D:59 D:59 40.0 0.348 S -73.9 -22.2 NA NA NA
SER I:59 I:59 33.0 0.287 S -60.6 -44.3 NA NA NA
SER J:59 J:59 42.0 0.365 S -76.1 -20.4 NA NA NA
1tqe 3 Q02080 86.02 8e-56 X-RAY
 2004-12-21 SER E:59 P:59 31.0 0.27 S -57.9 -34.7 6.0 0.052 0.218 F:Q02080:0.217
SER F:59 Q:59 30.0 0.261 S -58.5 -36.1 3.0 0.026 0.235 E:Q02080:0.235
SER H:59 R:59 30.0 0.261 S -58.1 -34.8 NA NA NA
SER I:59 S:59 29.0 0.252 S -58.9 -36.2 NA NA NA
6c9l 1 Q02080 86.02 8e-56 X-RAY
 2018-02-07 SER A:59 A:59 35.0 0.304 S -65.3 -40.3 9.0 0.078 0.226 B:Q02080:0.226
 HOH
 2.696
 OG
 O
SER B:59 B:59 39.0 0.339 S -65.4 -40.3 11.0 0.096 0.243 A:Q02080:0.243
 HOH
 6.712
 N
 O
SER C:59 C:59 37.0 0.322 S -65.3 -40.3 NA NA NA
SER D:59 D:59 38.0 0.33 S -65.8 -40.4 NA NA NA
SER E:59 E:59 34.0 0.296 S -64.3 -38.6 NA NA NA
SER F:59 F:59 34.0 0.296 S -63.7 -39.1 NA NA NA
6bz1 1 Q02078,Q02080 88.42 9e-56 X-RAY
 2018-02-07 SER A:59 C:59 39.0 0.339 S -59.5 -66.0 7.0 0.061 0.278 B:Q02078+Q02080:0.278
SER B:59 D:59 40.0 0.348 S -59.6 -65.8 11.0 0.096 0.252 A:Q02078+Q02080:0.252
SER E:59 A:59 39.0 0.339 S -59.6 -65.9 NA NA NA
SER F:59 B:59 41.0 0.357 S -59.0 -65.7 NA NA NA
1n6j 3 Q02080 85.87 6e-55 X-RAY
 2003-11-11 SER C:58 A:59 36.0 0.313 S -58.3 -44.6 9.0 0.078 0.235 D:Q02080:0.235
 HOH
 1.974
 O
 O
SER D:58 B:59 35.0 0.304 S -58.9 -46.2 9.0 0.078 0.226 C:Q02080:0.226
 HOH
 2.711
 OG
 O
6wc5 1 Q02080 86.67 8e-54 X-RAY
 2020-07-22 SER A:58 A:59 39.0 0.339 S -53.1 -57.3 5.0 0.043 0.296 B:Q02080:0.296
SER B:58 B:59 36.0 0.313 S -53.3 -57.1 4.0 0.035 0.278 A:Q02080:0.278
SER C:58 C:59 34.0 0.296 S -52.5 -57.4 NA NA NA
SER D:58 D:59 39.0 0.339 S -53.0 -57.5 NA NA NA
1egw 3 Q02078 98.7 9e-50 X-RAY
 2000-03-20 SER E:58 A:59 39.0 0.339 S -84.0 -13.1 39.0 0.339 0.0 HOH
 2.754
 O
 O
SER F:58 B:59 40.0 0.348 S -76.4 -11.9 40.0 0.348 0.0 HOH
 2.780
 O
 O
SER G:58 C:59 39.0 0.339 S -76.5 -13.1 NA NA NA
SER H:58 D:59 38.0 0.33 S -79.4 -15.3 NA NA NA
3mu6 1 Q02078 97.18 2e-43 X-RAY
 2011-11-02 SER A:58 A:59 35.0 0.304 S -75.0 -7.2 35.0 0.304 0.0 BXL
 8.592
 N
 C17
SER B:58 B:59 37.0 0.322 S -75.2 -7.2 37.0 0.322 0.0
SER E:58 C:59 38.0 0.33 S -75.6 -7.7 NA NA NA
SER F:58 D:59 34.0 0.296 S -75.2 -7.8 NA NA NA

AlphaFold DB

Entity Residue Monomer View
ID Entity Uniprot Identity Evalue Name Label Auth ASA rASA SS φ ψ
af-q06413-f1 1 Q06413 100.0 0.0 SER A:59 A:59 38.0 0.33 S -75.3 -28.1