Variant

Genome Chromosome Position VCF ID Ref Alt mRNA Change mRNA Info
GRCh37 chr5 88100567 . T A CCDS47244.1:NM_001131005.2:c.106Agc>Tgc_NP_001124477.1:p.36S>C Homo sapiens myocyte enhancer factor 2C (MEF2C), transcript variant 1, mRNA.
pdb_id: 
label_asym_id: 
label_seq_id: 
label_comp_id: 
auth_asym_id: 
auth_seq_id: 
alphafold_id: 
label_asym_id: 
label_seq_id: 
label_comp_id: 
auth_asym_id: 
auth_seq_id: 

PDB

Entity Residue Monomer BioUnit Ligand View
PDB Entity Uniprot Identity Evalue ExpMethod Date Name Label Auth ASA rASA SS φ ψ ASA rASA ΔASA Interaction Name Distance Atom(p) Atom(l)
5f28 1 Q8CFN5 97.8 5e-59 X-RAY
 2016-07-13 SER A:36 A:36 16.0 0.139 H -65.7 -44.6 9.0 0.078 0.061 B:Q8CFN5:0.061
 HOH
 3.385
 OG
 O
SER B:36 B:36 13.0 0.113 H -65.1 -35.7 8.0 0.07 0.043 A:Q8CFN5:0.043
 HOH
 9.239
 OG
 O
SER C:36 C:36 18.0 0.157 H -67.1 -56.3 NA NA NA
SER D:36 D:36 13.0 0.113 H -69.4 -31.0 NA NA NA
3kov 1 Q02078 96.67 1e-57 X-RAY
 2010-02-16 SER A:35 A:36 16.0 0.139 H -44.7 -40.6 8.0 0.07 0.069 B:Q02078:0.07
 DT
 9.211
 N
 OP1
SER B:35 B:36 16.0 0.139 H -38.2 -45.8 8.0 0.07 0.069 A:Q02078:0.07
 DT
 9.536
 N
 OP1
SER C:35 I:36 17.0 0.148 H -43.6 -43.6 NA NA NA
SER D:35 J:36 17.0 0.148 H -41.7 -43.4 NA NA NA
3p57 1 Q02078 96.67 1e-57 X-RAY
 2011-08-10 SER A:35 A:36 14.0 0.122 H -65.0 -36.4 7.0 0.061 0.061 B:Q02078:0.061
 HOH
 3.676
 O
 O
SER B:35 B:36 15.0 0.13 H -72.6 -32.2 6.0 0.052 0.078 A:Q02078:0.078
 HOH
 3.601
 O
 O
SER C:35 C:36 14.0 0.122 H -60.5 -40.0 7.0 0.061 0.061 D:Q02078:0.061
 HOH
 4.565
 CB
 O
SER D:35 D:36 13.0 0.113 H -59.0 -38.5 5.0 0.043 0.07 C:Q02078:0.07
 HOH
 6.204
 N
 O
SER E:35 I:36 12.0 0.104 H -68.8 -48.5 5.0 0.043 0.061 F:Q02078:0.061
 HOH
 3.787
 O
 O
SER F:35 J:36 11.0 0.096 H -69.5 -34.4 5.0 0.043 0.053 E:Q02078:0.052
 HOH
 3.599
 O
 O
6byy 1 Q02078,Q02080 89.47 3e-57 X-RAY
 2018-01-31 SER A:36 A:36 14.0 0.122 H -65.7 -37.7 6.0 0.052 0.07 B:Q02078+Q02080:0.07
 HOH
 3.687
 O
 O
SER B:36 B:36 13.0 0.113 H -69.3 -39.9 6.0 0.052 0.061 A:Q02078+Q02080:0.061
 HOH
 4.143
 O
 O
SER C:36 C:36 13.0 0.113 H -59.6 -37.7 NA NA NA
SER D:36 D:36 13.0 0.113 H -63.3 -37.1 NA NA NA
6wc2 1 Q02078,Q02080 89.47 3e-57 X-RAY
 2020-07-22 SER A:36 A:36 18.0 0.157 H -57.9 -44.4 8.0 0.07 0.087 B:Q02078+Q02080:0.087
 HOH
 6.222
 N
 O
SER B:36 B:36 13.0 0.113 H -59.8 -40.9 8.0 0.07 0.043 A:Q02078+Q02080:0.043
 HOH
 3.763
 O
 O
SER C:36 C:36 13.0 0.113 H -60.5 -40.5 NA NA NA
SER D:36 D:36 14.0 0.122 H -59.2 -40.5 NA NA NA
SER I:36 I:36 15.0 0.13 H -60.1 -38.8 NA NA NA
SER J:36 J:36 13.0 0.113 H -60.8 -39.6 NA NA NA
1tqe 3 Q02080 86.02 8e-56 X-RAY
 2004-12-21 SER E:36 P:36 16.0 0.139 H -57.6 -54.3 9.0 0.078 0.061 F:Q02080:0.061
 DT
 9.886
 N
 OP1
SER F:36 Q:36 16.0 0.139 H -55.4 -55.1 7.0 0.061 0.078 E:Q02080:0.078
SER H:36 R:36 16.0 0.139 H -57.8 -54.8 NA NA NA
SER I:36 S:36 16.0 0.139 H -56.0 -54.3 NA NA NA
6c9l 1 Q02080 86.02 8e-56 X-RAY
 2018-02-07 SER A:36 A:36 15.0 0.13 H -63.2 -39.0 7.0 0.061 0.069 B:Q02080:0.07
 HOH
 4.458
 CB
 O
SER B:36 B:36 16.0 0.139 H -63.6 -37.9 7.0 0.061 0.078 A:Q02080:0.078
 HOH
 3.863
 O
 O
SER C:36 C:36 15.0 0.13 H -63.2 -37.9 NA NA NA
SER D:36 D:36 14.0 0.122 H -63.1 -39.2 NA NA NA
SER E:36 E:36 16.0 0.139 H -62.2 -38.5 NA NA NA
SER F:36 F:36 16.0 0.139 H -61.6 -38.5 NA NA NA
6bz1 1 Q02078,Q02080 88.42 9e-56 X-RAY
 2018-02-07 SER A:36 C:36 12.0 0.104 H -60.1 -43.9 6.0 0.052 0.052 B:Q02078+Q02080:0.052
SER B:36 D:36 12.0 0.104 H -60.2 -43.9 6.0 0.052 0.052 A:Q02078+Q02080:0.052
SER E:36 A:36 11.0 0.096 H -60.3 -43.6 NA NA NA
SER F:36 B:36 11.0 0.096 H -60.2 -43.7 NA NA NA
1n6j 3 Q02080 85.87 6e-55 X-RAY
 2003-11-11 SER C:35 A:36 14.0 0.122 H -65.7 -38.0 7.0 0.061 0.061 D:Q02080:0.061
 HOH
 4.125
 O
 O
SER D:35 B:36 15.0 0.13 H -64.6 -37.8 8.0 0.07 0.06 C:Q02080:0.061
 HOH
 2.995
 O
 O
6wc5 1 Q02080 86.67 8e-54 X-RAY
 2020-07-22 SER A:35 A:36 14.0 0.122 H -52.0 -47.1 4.0 0.035 0.087 B:Q02080:0.087
 HOH
 7.960
 N
 O
SER B:35 B:36 13.0 0.113 H -51.6 -47.2 4.0 0.035 0.078 A:Q02080:0.078
SER C:35 C:36 18.0 0.157 H -51.8 -47.0 NA NA NA
SER D:35 D:36 18.0 0.157 H -51.6 -46.9 NA NA NA
1egw 3 Q02078 98.7 9e-50 X-RAY
 2000-03-20 SER E:35 A:36 15.0 0.13 H -61.1 -40.1 15.0 0.13 0.0 HOH
 2.580
 OG
 O
SER F:35 B:36 14.0 0.122 H -60.2 -40.0 14.0 0.122 0.0 HOH
 2.717
 OG
 O
SER G:35 C:36 14.0 0.122 H -61.1 -41.7 NA NA NA
SER H:35 D:36 14.0 0.122 H -60.7 -39.9 NA NA NA
3mu6 1 Q02078 97.18 2e-43 X-RAY
 2011-11-02 SER A:35 A:36 18.0 0.157 H -59.2 -44.1 18.0 0.157 0.0
SER B:35 B:36 19.0 0.165 H -58.5 -43.3 19.0 0.165 0.0
SER E:35 C:36 18.0 0.157 H -59.3 -43.6 NA NA NA
SER F:35 D:36 17.0 0.148 H -59.6 -43.1 NA NA NA

AlphaFold DB

Entity Residue Monomer View
ID Entity Uniprot Identity Evalue Name Label Auth ASA rASA SS φ ψ
af-q06413-f1 1 Q06413 100.0 0.0 SER A:36 A:36 12.0 0.104 H -61.4 -37.9