Variant
Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr5 | 88100602 | . | C | A | CCDS47244.1:NM_001131005.2:c.71aGg>aTg_NP_001124477.1:p.24R>M | Homo sapiens myocyte enhancer factor 2C (MEF2C), transcript variant 1, mRNA. |
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
|
|
PDB
Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
5f28 | 1 | Q8CFN5 | 97.8 | 5e-59 |
X-RAY |
2016-07-13 | ARG | A:24 | A:24 | 214.0 | 0.951 | H | -59.6 | -35.5 | 87.0 | 0.387 | 0.564 |
B:Q8CFN5:0.564 |
HOH |
4.759 |
CD |
O |
|
ARG | B:24 | B:24 | 202.0 | 0.898 | H | -73.7 | -29.9 | 83.0 | 0.369 | 0.529 |
A:Q8CFN5:0.529 |
||||||||||||
ARG | C:24 | C:24 | 194.0 | 0.862 | H | -62.0 | -36.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | D:24 | D:24 | 206.0 | 0.916 | H | -74.5 | -30.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
3kov | 1 | Q02078 | 96.67 | 1e-57 |
X-RAY |
2010-02-16 | ARG | A:23 | A:24 | 158.0 | 0.702 | H | -65.7 | -38.7 | 63.0 | 0.28 | 0.422 |
B:Q02078:0.422 |
DT DT DA DT DA DA DA DA DT DA DG |
8.048 7.370 4.816 2.768 4.186 7.627 5.478 5.597 4.233 2.744 9.182 |
NH2 NH2 CG CG NE NH2 NH2 NH1 O NE NE |
O3' O5' O3' OP1 OP1 O3' C5' OP1 OP1 OP1 OP2 |
|
ARG | B:23 | B:24 | 158.0 | 0.702 | H | -63.8 | -40.6 | 60.0 | 0.267 | 0.435 |
A:Q02078:0.436 |
DT DT DA DT DA DA DA DA DA DT DA DG |
8.384 7.371 4.771 2.697 3.280 9.635 7.876 5.904 6.258 4.059 3.545 8.834 |
NH2 NH2 CG NH1 NH2 NE NH2 NH2 O CG NH2 NE |
O3' OP1 O3' OP1 OP1 OP2 O3' C4' O3' OP1 OP1 OP2 |
||||||||
ARG | C:23 | I:24 | 156.0 | 0.693 | H | -65.6 | -37.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | D:23 | J:24 | 157.0 | 0.698 | H | -67.4 | -37.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
3p57 | 1 | Q02078 | 96.67 | 1e-57 |
X-RAY |
2011-08-10 | ARG | A:23 | A:24 | 151.0 | 0.671 | H | -68.7 | -27.4 | 60.0 | 0.267 | 0.404 |
B:Q02078:0.404 |
DA DT DA DA DA DA DA HOH |
6.020 3.853 2.655 9.264 7.623 5.852 6.535 2.738 |
CG CG NH2 NH2 NH2 NH2 NH1 O |
O3' OP1 OP1 OP2 O3' C5' OP1 O |
|
ARG | B:23 | B:24 | 157.0 | 0.698 | H | -69.4 | -29.2 | 64.0 | 0.284 | 0.414 |
A:Q02078:0.413 |
DT DT DA DA DT DA DG HOH |
7.847 6.218 6.586 6.000 3.884 2.600 9.383 2.714 |
NH2 NH2 NH1 CG CG NH2 NH2 O |
O3' C5' OP1 O3' OP1 OP1 OP2 O |
||||||||
ARG | C:23 | C:24 | 156.0 | 0.693 | H | -57.9 | -26.7 | 65.0 | 0.289 | 0.404 |
D:Q02078:0.404 |
DT DT DA DA DT DA DG HOH |
7.641 6.170 6.537 6.064 3.860 2.566 9.110 2.948 |
NH2 NH2 NH1 NH1 NH1 NH2 NH2 NH1 |
O3' C5' OP1 O3' OP1 OP1 OP2 O |
||||||||
ARG | D:23 | D:24 | 151.0 | 0.671 | H | -66.4 | -31.9 | 59.0 | 0.262 | 0.409 |
C:Q02078:0.409 |
DA DT DA DA DA DA DA HOH |
6.039 3.843 2.632 9.383 7.639 6.166 6.855 2.723 |
CG CG NH2 NH2 NH2 NH2 NH1 NH1 |
O3' OP1 OP1 OP2 O3' C5' OP1 O |
||||||||
ARG | E:23 | I:24 | 153.0 | 0.68 | H | -78.8 | -26.3 | 60.0 | 0.267 | 0.413 |
F:Q02078:0.413 |
DA DT DT DA DA DT DA DG HOH |
8.789 7.806 6.188 6.480 5.926 3.710 2.654 9.559 2.629 |
N NH2 NH2 NH1 CG CG NE NE O |
O5' O3' C5' OP1 O3' OP1 OP1 OP2 O |
||||||||
ARG | F:23 | J:24 | 150.0 | 0.667 | H | -62.4 | -30.0 | 66.0 | 0.293 | 0.374 |
E:Q02078:0.373 |
DA DT DA DA DA DA DA HOH |
6.101 3.997 2.657 9.205 7.615 6.296 6.684 2.691 |
CG CG NH2 NH2 NH2 NH2 NH1 O |
O3' OP1 OP1 P O3' C5' OP1 O |
||||||||
6byy | 1 | Q02078,Q02080 | 89.47 | 3e-57 |
X-RAY |
2018-01-31 | ARG | A:24 | A:24 | 149.0 | 0.662 | H | -77.8 | -26.7 | 60.0 | 0.267 | 0.395 |
B:Q02078+Q02080:0.396 |
DT DT DA DA DT DA DG HOH |
7.800 6.062 6.573 5.723 3.676 2.715 9.709 2.814 |
NH2 NH2 NH1 CG CG NH2 NH2 O |
O3' C5' OP1 O3' OP1 OP1 OP2 O |
|
ARG | B:24 | B:24 | 154.0 | 0.684 | H | -70.9 | -32.9 | 65.0 | 0.289 | 0.395 |
A:Q02078+Q02080:0.396 |
DA DT DA DA DA DA DA 1PG HOH |
5.816 3.645 2.730 9.614 7.489 6.114 6.707 8.869 2.802 |
CG CG NH2 NH2 NH2 NH2 NH1 N NH2 |
O3' OP1 OP1 OP2 O3' C5' OP1 O4 O |
||||||||
ARG | C:24 | C:24 | 168.0 | 0.747 | H | -67.8 | -34.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | D:24 | D:24 | 154.0 | 0.684 | H | -70.0 | -37.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
6wc2 | 1 | Q02078,Q02080 | 89.47 | 3e-57 |
X-RAY |
2020-07-22 | ARG | A:24 | A:24 | 153.0 | 0.68 | H | -72.4 | -28.2 | 66.0 | 0.293 | 0.387 |
B:Q02078+Q02080:0.387 |
DA DT DA DG DT DT DT HOH |
5.976 3.792 2.614 9.453 7.965 6.180 6.647 2.834 |
CG CG NH2 NH2 NH2 NH2 NH1 O |
O3' OP1 OP1 OP2 O3' C5' OP1 O |
|
ARG | B:24 | B:24 | 151.0 | 0.671 | H | -73.6 | -27.7 | 59.0 | 0.262 | 0.409 |
A:Q02078+Q02080:0.409 |
DA DA DA DT DA DA DG HOH |
7.975 6.250 6.358 5.795 3.773 2.803 9.691 2.915 |
NH2 NH2 NH1 CG CG NE NH2 O |
O3' C5' OP1 O3' OP1 OP1 P O |
||||||||
ARG | C:24 | C:24 | 153.0 | 0.68 | H | -72.6 | -29.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | D:24 | D:24 | 153.0 | 0.68 | H | -75.0 | -25.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | I:24 | I:24 | 151.0 | 0.671 | H | -73.7 | -28.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | J:24 | J:24 | 152.0 | 0.676 | H | -71.5 | -30.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1tqe | 3 | Q02080 | 86.02 | 8e-56 |
X-RAY |
2004-12-21 | ARG | E:24 | P:24 | 167.0 | 0.742 | H | -62.0 | -56.2 | 67.0 | 0.298 | 0.444 |
F:Q02080:0.444 |
DA DT DA DA DA DA |
5.759 3.580 3.010 7.773 6.536 6.832 |
CG CG NH2 NH2 NH2 NH2 |
O3' OP1 OP1 O3' C4' OP1 |
|
ARG | F:24 | Q:24 | 166.0 | 0.738 | H | -63.2 | -53.7 | 61.0 | 0.271 | 0.467 |
E:Q02080:0.467 |
DT DT DA DA DT DA DG |
7.732 6.737 6.983 5.724 3.717 3.254 9.890 |
NH2 NH2 NH1 CG CG NH2 NE |
O3' O3' OP1 O3' OP1 OP1 OP2 |
||||||||
ARG | H:24 | R:24 | 164.0 | 0.729 | H | -61.5 | -57.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | I:24 | S:24 | 167.0 | 0.742 | H | -61.8 | -55.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
6c9l | 1 | Q02080 | 86.02 | 8e-56 |
X-RAY |
2018-02-07 | ARG | A:24 | A:24 | 178.0 | 0.791 | H | -76.3 | -31.7 | 78.0 | 0.347 | 0.444 |
B:Q02080:0.444 |
HOH |
2.814 |
NH1 |
O |
|
ARG | B:24 | B:24 | 192.0 | 0.853 | H | -73.6 | -34.7 | 84.0 | 0.373 | 0.48 |
A:Q02080:0.48 |
HOH |
2.734 |
NE |
O |
||||||||
ARG | C:24 | C:24 | 189.0 | 0.84 | H | -74.0 | -35.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | D:24 | D:24 | 179.0 | 0.796 | H | -75.9 | -31.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | E:24 | E:24 | 189.0 | 0.84 | H | -76.0 | -32.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | F:24 | F:24 | 172.0 | 0.764 | H | -75.6 | -32.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
6bz1 | 1 | Q02078,Q02080 | 88.42 | 9e-56 |
X-RAY |
2018-02-07 | ARG | A:24 | C:24 | 159.0 | 0.707 | H | -63.0 | -38.3 | 52.0 | 0.231 | 0.476 |
B:Q02078+Q02080:0.476 |
DA DT DA DA DA DA DA |
5.861 3.643 3.144 9.896 8.413 6.292 6.059 |
CG CG NE NE NH2 NH2 NH2 |
O3' OP1 OP1 OP2 O3' C4' OP1 |
|
ARG | B:24 | D:24 | 155.0 | 0.689 | H | -62.6 | -38.3 | 58.0 | 0.258 | 0.431 |
A:Q02078+Q02080:0.431 |
DT DT DA DA DT DA DG |
8.408 6.377 6.927 5.864 3.901 2.839 9.312 |
NH2 NH2 NH2 CG CG NH2 NE |
O3' C4' OP1 O3' OP1 OP1 OP2 |
||||||||
ARG | E:24 | A:24 | 151.0 | 0.671 | H | -62.9 | -38.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | F:24 | B:24 | 167.0 | 0.742 | H | -62.5 | -38.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1n6j | 3 | Q02080 | 85.87 | 6e-55 |
X-RAY |
2003-11-11 | ARG | C:23 | A:24 | 154.0 | 0.684 | H | -71.0 | -28.3 | 63.0 | 0.28 | 0.404 |
D:Q02080:0.404 |
DT DT DA DA DT DA DG HOH |
7.764 7.119 6.954 5.805 3.552 2.671 9.416 2.875 |
NH2 NH2 NH1 CG CG NH2 NH2 NH1 |
O3' O3' OP1 O3' OP1 OP1 OP2 O |
|
ARG | D:23 | B:24 | 154.0 | 0.684 | H | -69.6 | -29.3 | 64.0 | 0.284 | 0.4 |
C:Q02080:0.4 |
DA DT DA DA DA DA DA HOH |
5.780 3.791 2.521 9.240 7.553 6.871 7.026 2.790 |
CG CG NH2 NH2 NH2 NH2 NH1 O |
O3' O5' OP1 OP2 O3' C4' OP1 O |
||||||||
6wc5 | 1 | Q02080 | 86.67 | 8e-54 |
X-RAY |
2020-07-22 | ARG | A:23 | A:24 | 156.0 | 0.693 | H | -73.2 | -24.2 | 63.0 | 0.28 | 0.413 |
B:Q02080:0.413 |
DA DT DA DG DT DT DT |
5.889 3.712 2.665 9.384 7.704 6.042 6.706 |
CG CG NH2 NH2 NH2 NH2 NH1 |
O3' OP1 OP1 OP2 O3' C5' OP1 |
|
ARG | B:23 | B:24 | 170.0 | 0.756 | H | -72.5 | -24.9 | 67.0 | 0.298 | 0.458 |
A:Q02080:0.458 |
DA DA DA DT DA DA DG HOH |
7.892 6.086 6.908 5.881 3.895 2.822 9.902 2.810 |
NH2 NH2 NH1 CG CG NE NE O |
O3' C5' OP1 O3' OP1 OP1 OP2 O |
||||||||
ARG | C:23 | C:24 | 156.0 | 0.693 | H | -74.1 | -23.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | D:23 | D:24 | 177.0 | 0.787 | H | -73.1 | -24.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1egw | 3 | Q02078 | 98.7 | 9e-50 |
X-RAY |
2000-03-20 | ARG | E:23 | A:24 | 155.0 | 0.689 | H | -66.9 | -29.8 | 65.0 | 0.289 | 0.4 |
F:Q02078:0.4 |
DT DA DT DT DA DG DT DA DA DT DA DG HOH |
8.113 6.235 5.833 3.671 2.626 9.498 7.782 6.071 5.820 3.746 2.955 9.306 2.804 |
NH2 NH2 CG CG NH2 NH2 NH2 NH2 CG CG NH2 NE O |
O3' C5' O3' OP1 OP1 OP2 O3' C5' O3' OP1 OP1 OP2 O |
|
ARG | F:23 | B:24 | 157.0 | 0.698 | H | -68.4 | -28.9 | 66.0 | 0.293 | 0.405 |
E:Q02078:0.404 |
DT DA DT DT DA DG DT DA DA DT DA DG HOH |
7.761 6.119 5.854 3.817 2.603 9.298 8.060 6.235 5.854 3.768 2.837 9.484 2.815 |
NH2 NH2 CG CG NH2 NE NH2 NH2 CG CG NE NH2 NH1 |
O3' C5' O3' OP1 OP1 OP2 O3' C5' O3' OP1 OP1 OP2 O |
||||||||
ARG | G:23 | C:24 | 153.0 | 0.68 | H | -68.3 | -29.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | H:23 | D:24 | 156.0 | 0.693 | H | -69.2 | -28.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
3mu6 | 1 | Q02078 | 97.18 | 2e-43 |
X-RAY |
2011-11-02 | ARG | A:23 | A:24 | 162.0 | 0.72 | H | -69.9 | -27.5 | 68.0 | 0.302 | 0.418 |
B:Q02078:0.418 |
DT DT DA DG DT DA DA |
5.895 3.680 2.572 9.405 8.072 6.371 6.510 |
CG CG NH2 NH2 NH2 NH2 NH1 |
O3' OP1 OP1 OP2 O3' C5' OP1 |
|
ARG | B:23 | B:24 | 160.0 | 0.711 | H | -68.1 | -27.6 | 68.0 | 0.302 | 0.409 |
A:Q02078:0.409 |
DT DA DT DA DT DA DG |
8.104 6.338 6.659 5.904 3.776 2.621 9.471 |
NH2 NH2 NH1 CG CG NH2 NH2 |
O3' C5' OP1 O3' OP1 OP1 OP2 |
||||||||
ARG | E:23 | C:24 | 156.0 | 0.693 | H | -67.7 | -28.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | F:23 | D:24 | 158.0 | 0.702 | H | -66.5 | -28.5 | NA | NA | NA |
AlphaFold DB
Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
af-q06413-f1 | 1 | Q06413 | 100.0 | 0.0 | ARG | A:24 | A:24 | 142.0 | 0.631 | H | -70.7 | -38.8 |