Variant
| Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr5 | 88100615 | . | T | A | CCDS47244.1:NM_001131005.2:c.58Aca>Tca_NP_001124477.1:p.20T>S | Homo sapiens myocyte enhancer factor 2C (MEF2C), transcript variant 1, mRNA. |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
|
|
|
PDB
| Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
| 5f28 | 1 | Q8CFN5 | 97.8 | 5e-59 |
X-RAY |
2016-07-13 | THR | A:20 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| THR | B:20 | B:20 | 101.0 | 0.721 | -93.4 | -6.8 | 94.0 | 0.671 | 0.05 |
A:Q8CFN5:0.05 |
|||||||||||||
| THR | C:20 | C:20 | 137.0 | 0.979 | 360.0 | -45.7 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| THR | D:20 | D:20 | 146.0 | 1.0 | 360.0 | 5.5 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| 3kov | 1 | Q02078 | 96.67 | 1e-57 |
X-RAY |
2010-02-16 | THR | A:19 | A:20 | 29.0 | 0.207 | H | -55.2 | -41.6 | 15.0 | 0.107 | 0.1 |
B:Q02078:0.1 |
DA DT DA DA DT DC DA DT DA DG DT |
8.151 4.365 2.559 6.837 7.581 9.272 9.441 6.356 4.028 6.353 9.967 |
O CG2 OG1 OG1 N N O CG2 CG2 OG1 OG1 |
O3' O3' OP2 N7 O2 N4 O3' O3' OP2 OP2 C7 |
|
| THR | B:19 | B:20 | 30.0 | 0.214 | H | -54.9 | -44.8 | 14.0 | 0.1 | 0.114 |
A:Q02078:0.114 |
DA DT DA DA DG DT DC DA DT DA DG DT |
8.155 5.272 3.007 6.453 9.081 7.853 9.327 9.569 7.117 4.649 6.261 9.513 |
O CG2 OG1 OG1 OG1 N N O CG2 CG2 OG1 OG1 |
O3' O3' OP2 OP2 O6 C7 N4 O3' O3' OP2 OP2 C7 |
||||||||
| THR | C:19 | I:20 | 30.0 | 0.214 | H | -54.6 | -42.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | D:19 | J:20 | 30.0 | 0.214 | H | -56.5 | -41.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 3p57 | 1 | Q02078 | 96.67 | 1e-57 |
X-RAY |
2011-08-10 | THR | A:19 | A:20 | 27.0 | 0.193 | H | -63.1 | -39.4 | 15.0 | 0.107 | 0.086 |
B:Q02078:0.086 |
DA DT DA DA DG DT DT DC HOH |
9.158 6.407 3.964 6.619 9.263 8.718 8.049 9.423 2.648 |
O CG2 CG2 OG1 N N N N OG1 |
O3' O3' OP2 OP2 O6 C7 C7 N4 O |
|
| THR | B:19 | B:20 | 29.0 | 0.207 | H | -66.7 | -41.0 | 17.0 | 0.121 | 0.086 |
A:Q02078:0.086 |
DA DA DA DT DA DG DT HOH |
9.497 9.178 9.063 6.081 3.646 6.550 8.963 2.752 |
N N O CG2 CG2 OG1 OG1 OG1 |
N7 N6 O3' O3' OP2 OP2 C7 O |
||||||||
| THR | C:19 | C:20 | 25.0 | 0.179 | H | -57.2 | -39.1 | 18.0 | 0.129 | 0.05 |
D:Q02078:0.05 |
DA DA DT DA DG DT HOH |
9.494 9.321 6.304 3.972 6.333 8.423 2.735 |
N O CG2 CG2 OG1 OG1 OG1 |
N6 O3' O3' OP2 OP2 C7 O |
||||||||
| THR | D:19 | D:20 | 32.0 | 0.229 | H | -62.4 | -42.1 | 23.0 | 0.164 | 0.065 |
C:Q02078:0.064 |
DA DT DA DA DG DT DC HOH |
9.045 5.930 3.462 6.247 8.811 9.599 9.638 3.709 |
O CG2 CG2 OG1 N N N OG1 |
O3' O3' OP2 OP2 O6 O4 N4 O |
||||||||
| THR | E:19 | I:20 | 31.0 | 0.221 | H | -64.9 | -34.5 | 22.0 | 0.157 | 0.064 |
F:Q02078:0.064 |
DA DA DA DT DA DG DT DT HOH |
8.940 8.759 9.045 5.975 3.832 6.196 7.699 9.860 3.915 |
N N O CG2 OG1 OG1 N N OG1 |
N7 N6 O3' O3' OP2 OP2 C7 O4 O |
||||||||
| THR | F:19 | J:20 | 33.0 | 0.236 | H | -53.4 | -48.0 | 20.0 | 0.143 | 0.093 |
E:Q02078:0.093 |
DA DT DA DA HOH |
8.929 5.656 3.270 6.619 3.608 |
O OG1 OG1 OG1 OG1 |
O3' O3' OP2 OP2 O |
||||||||
| 6byy | 1 | Q02078,Q02080 | 89.47 | 3e-57 |
X-RAY |
2018-01-31 | THR | A:20 | A:20 | 38.0 | 0.271 | H | -58.1 | -36.7 | 28.0 | 0.2 | 0.071 |
B:Q02078+Q02080:0.071 |
DA DA DT DA DG DT HOH |
9.739 9.012 5.948 3.498 6.536 9.550 2.038 |
N O CG2 CG2 OG1 OG1 OG1 |
N6 O3' O3' OP2 OP2 C7 O |
|
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A:Q02078+Q02080:0.079 |
DA DT DA DA 1PG HOH |
9.017 5.882 3.486 6.677 8.301 3.188 |
O CG2 CG2 OG1 C OG1 |
O3' O3' OP2 OP2 O4 O |
||||||||
| THR | C:20 | C:20 | 36.0 | 0.257 | H | -66.3 | -31.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | D:20 | D:20 | 36.0 | 0.257 | H | -55.4 | -43.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 6wc2 | 1 | Q02078,Q02080 | 89.47 | 3e-57 |
X-RAY |
2020-07-22 | THR | A:20 | A:20 | 27.0 | 0.193 | H | -64.5 | -43.8 | 18.0 | 0.129 | 0.064 |
B:Q02078+Q02080:0.064 |
DA DT DA DG DT DC DA HOH |
9.158 6.078 3.609 6.287 8.475 9.844 9.780 2.641 |
O CG2 CG2 OG1 OG1 N N OG1 |
O3' O3' OP2 OP2 C7 C5 N6 O |
|
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A:Q02078+Q02080:0.079 |
DT DT DA DA DG HOH |
9.862 8.850 5.121 2.673 6.959 3.660 |
N O OG1 OG1 OG1 OG1 |
C7 O3' O3' OP2 OP2 O |
||||||||
| THR | C:20 | C:20 | 46.0 | 0.329 | H | -63.9 | -43.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
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| 1tqe | 3 | Q02080 | 86.02 | 8e-56 |
X-RAY |
2004-12-21 | THR | E:20 | P:20 | 32.0 | 0.229 | H | -67.5 | -43.5 | 22.0 | 0.157 | 0.072 |
F:Q02080:0.071 |
DA DT DA DA DG DT DG DC |
9.137 5.903 3.702 7.673 9.917 9.121 9.951 9.763 |
O CG2 CG2 OG1 N N N N |
O3' O3' OP2 OP2 O6 C5' N7 N4 |
|
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E:Q02080:0.064 |
DA DA DA DT DA DG DC |
8.877 8.919 9.105 5.865 3.495 6.565 9.626 |
N N O CG2 CG2 OG1 N |
O5' OP2 O3' O3' OP2 OP2 N4 |
||||||||
| THR | H:20 | R:20 | 32.0 | 0.229 | H | -67.5 | -44.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
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| 6c9l | 1 | Q02080 | 86.02 | 8e-56 |
X-RAY |
2018-02-07 | THR | A:20 | A:20 | 36.0 | 0.257 | H | -62.1 | -41.9 | 26.0 | 0.186 | 0.071 |
B:Q02080:0.071 |
HOH |
6.546 |
O |
O |
|
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A:Q02080:0.093 |
HOH |
3.417 |
CG2 |
O |
||||||||
| THR | C:20 | C:20 | 42.0 | 0.3 | H | -60.8 | -44.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | D:20 | D:20 | 35.0 | 0.25 | H | -61.9 | -42.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | E:20 | E:20 | 32.0 | 0.229 | H | -61.9 | -41.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | F:20 | F:20 | 36.0 | 0.257 | H | -61.7 | -41.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 6bz1 | 1 | Q02078,Q02080 | 88.42 | 9e-56 |
X-RAY |
2018-02-07 | THR | A:20 | C:20 | 22.0 | 0.157 | H | -52.1 | -48.1 | 13.0 | 0.093 | 0.064 |
B:Q02078+Q02080:0.064 |
DA DT DA DA DT DC |
8.902 6.200 3.863 6.566 8.115 9.180 |
O CG2 CG2 OG1 N N |
O3' O3' OP2 OP2 C7 N4 |
|
| THR | B:20 | D:20 | 25.0 | 0.179 | H | -52.4 | -48.2 | 17.0 | 0.121 | 0.058 |
A:Q02078+Q02080:0.057 |
DA DA DT DA DG DT |
9.780 8.790 6.028 3.556 6.216 8.853 |
N O CG2 CG2 OG1 N |
N6 O3' O3' OP2 OP2 O4 |
||||||||
| THR | E:20 | A:20 | 27.0 | 0.193 | H | -52.5 | -47.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | F:20 | B:20 | 27.0 | 0.193 | H | -52.0 | -48.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 1n6j | 3 | Q02080 | 85.87 | 6e-55 |
X-RAY |
2003-11-11 | THR | C:19 | A:20 | 36.0 | 0.257 | H | -61.7 | -36.7 | 28.0 | 0.2 | 0.057 |
D:Q02080:0.057 |
DA DG DA DT DA DG DC HOH |
9.410 9.775 9.013 5.750 3.411 6.553 8.796 6.517 |
N N O CG2 CG2 OG1 N O |
N6 O6 O3' O3' OP2 OP2 N4 O |
|
| THR | D:19 | B:20 | 38.0 | 0.271 | H | -62.9 | -36.8 | 28.0 | 0.2 | 0.071 |
C:Q02080:0.071 |
DA DT DA DA DG DC HOH |
9.036 6.050 3.677 6.599 8.575 9.170 2.824 |
O CG2 CG2 OG1 N N OG1 |
O3' O3' OP2 OP2 O6 N4 O |
||||||||
| 6wc5 | 1 | Q02080 | 86.67 | 8e-54 |
X-RAY |
2020-07-22 | THR | A:19 | A:20 | 30.0 | 0.214 | H | -57.9 | -44.9 | 20.0 | 0.143 | 0.071 |
B:Q02080:0.071 |
DA DT DA DG DT DC DA |
8.900 6.169 3.870 6.143 7.692 9.013 9.441 |
O CG2 CG2 OG1 OG1 N N |
O3' O3' OP2 OP2 C7 N4 N6 |
|
| THR | B:19 | B:20 | 40.0 | 0.286 | H | -57.5 | -44.6 | 31.0 | 0.221 | 0.065 |
A:Q02080:0.064 |
DT DT DT DA DA DG HOH |
9.912 9.614 8.761 5.432 3.163 6.487 6.852 |
N N O CG2 OG1 OG1 O |
OP2 C7 O3' O3' OP2 OP2 O |
||||||||
| THR | C:19 | C:20 | 30.0 | 0.214 | H | -57.3 | -44.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | D:19 | D:20 | 45.0 | 0.321 | H | -57.1 | -44.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 1egw | 3 | Q02078 | 98.7 | 9e-50 |
X-RAY |
2000-03-20 | THR | E:19 | A:20 | 32.0 | 0.229 | H | -64.7 | -38.9 | 22.0 | 0.157 | 0.072 |
F:Q02078:0.071 |
DG DT DT DA DG DC DG DA DT DA DG DC HOH |
9.628 9.053 6.059 3.716 6.758 9.027 8.733 9.090 6.164 3.727 6.113 9.729 2.810 |
N O CG2 CG2 OG1 OG1 N O CG2 CG2 OG1 OG1 OG1 |
O6 O3' O3' OP2 OP2 N4 O6 O3' O3' OP2 OP2 N4 O |
|
| THR | F:19 | B:20 | 31.0 | 0.221 | H | -61.4 | -40.0 | 21.0 | 0.15 | 0.071 |
E:Q02078:0.071 |
DG DT DT DA DG DC DG DA DT DA DG DC HOH |
8.854 9.078 6.106 3.744 6.057 9.883 9.931 8.997 5.977 3.665 6.765 9.235 2.703 |
N O CG2 CG2 OG1 OG1 N O CG2 OG1 OG1 OG1 OG1 |
O6 O3' O3' OP2 OP2 N4 O6 O3' O3' OP2 OP2 N4 O |
||||||||
| THR | G:19 | C:20 | 32.0 | 0.229 | H | -60.8 | -40.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | H:19 | D:20 | 33.0 | 0.236 | H | -62.6 | -40.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 3mu6 | 1 | Q02078 | 97.18 | 2e-43 |
X-RAY |
2011-11-02 | THR | A:19 | A:20 | 37.0 | 0.264 | H | -63.9 | -38.3 | 24.0 | 0.171 | 0.093 |
B:Q02078:0.093 |
DT DT DA DG DC DG |
9.070 6.292 3.861 6.435 9.060 9.260 |
O OG1 CG2 OG1 OG1 N |
O3' O3' OP2 OP2 N4 O6 |
|
| THR | B:19 | B:20 | 37.0 | 0.264 | H | -63.1 | -40.1 | 23.0 | 0.164 | 0.1 |
A:Q02078:0.1 |
DG DA DT DA DG DC |
9.294 9.080 6.093 3.743 6.443 9.212 |
N O OG1 CG2 OG1 OG1 |
O6 O3' O3' OP2 OP2 N4 |
||||||||
| THR | E:19 | C:20 | 38.0 | 0.271 | H | -63.5 | -38.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | F:19 | D:20 | 35.0 | 0.25 | H | -62.5 | -41.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
AlphaFold DB
| Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
| af-q06413-f1 | 1 | Q06413 | 100.0 | 0.0 | THR | A:20 | A:20 | 37.0 | 0.264 | H | -70.0 | -41.4 | |