Variant
Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr5 | 88119563 | . | G | A | CCDS47244.1:NM_001131005.2:c.43Cgt>Tgt_NP_001124477.1:p.15R>C | Homo sapiens myocyte enhancer factor 2C (MEF2C), transcript variant 1, mRNA. |
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|
|
|
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PDB
Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
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PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
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X-RAY |
2016-07-13 | ARG | A:15 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
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ARG | C:15 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
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3kov | 1 | Q02078 | 96.67 | 1e-57 |
X-RAY |
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O C O |
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DA DA DG DT DT |
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O O O O O |
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ARG | D:14 | J:15 | 198.0 | 0.88 | H | -84.5 | -55.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
3p57 | 1 | Q02078 | 96.67 | 1e-57 |
X-RAY |
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DA DA DA DG DT DT HOH |
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CD CD O O CD CD NE |
N6 N6 OP2 N7 C7 O4 O |
|||||||||
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DA DA DA DG DT DT HOH |
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NH1 CD O C CD CD CD |
N7 N6 OP2 OP2 C7 O4 O |
|||||||||
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DG DA DT DC HOH |
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NH1 NH1 NH1 NH1 CG |
O6 N6 C7 N4 O |
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DA DA DA DT DT HOH |
8.385 9.968 9.943 8.347 7.624 5.141 |
NH1 O O CD CD N |
N6 N6 OP2 C7 C7 O |
|||||||||
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DA DA DG DA DT DT HOH |
9.327 9.883 9.396 9.959 4.991 8.161 7.825 |
O C CD CD NH1 NH1 O |
OP2 OP2 O6 N6 C7 C7 O |
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6byy | 1 | Q02078,Q02080 | 89.47 | 3e-57 |
X-RAY |
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DA DG DT DT HOH |
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NH2 C NH2 NH2 O |
N6 OP2 C7 O4 O |
||
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DA DA DG DA DT HOH |
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O C CD CD CD N |
OP2 OP2 O6 N6 O4 O |
|||||||||
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X-RAY |
2020-07-22 | ARG | A:15 | A:15 | 177.0 | 0.787 | H | -66.0 | -48.2 | 177.0 | 0.787 | 0.0 |
DG DT DG DC DA HOH |
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C NH2 NH2 NH2 NH2 NH1 |
OP2 O4 O6 N4 N6 O |
||
ARG | B:15 | B:15 | 194.0 | 0.862 | H | -66.2 | -48.9 | 112.0 | 0.498 | 0.364 |
O:P52952:0.364 |
DC DA DC DT DT DA HOH |
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NH1 NH1 CD O O O O |
O3' C2' O5' OP2 C7 OP2 O |
||||||||
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X-RAY |
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DT DT DG |
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CB CB O |
C7 C7 O6 |
||
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DA DA DG |
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O O C |
C5' C2 OP2 |
|||||||||
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X-RAY |
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N |
O |
||
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HOH |
3.018 |
NE |
O |
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X-RAY |
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O O O O |
N7 N6 C7 N4 |
||
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DA DG DT |
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CD O O |
OP2 N7 C7 |
|||||||||
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X-RAY |
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DA DA DG DC DT HOH |
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O O C O O N |
N6 OP2 OP2 N4 O4 O |
||
ARG | D:14 | B:15 | 195.0 | 0.867 | H | -65.5 | -46.1 | 195.0 | 0.867 | 0.0 |
DA DA DG DC DG HOH |
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O O O CB CB CG |
OP2 N7 O6 N4 O6 O |
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X-RAY |
2020-07-22 | ARG | A:14 | A:15 | 168.0 | 0.747 | H | -70.5 | -47.2 | 168.0 | 0.747 | 0.0 |
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OP2 OP2 C7 O6 N4 N6 |
||
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I:P52952:0.364 |
DC DA DC DT DT DA |
7.325 4.787 3.029 6.452 9.080 8.968 |
NH1 NH1 CD CB O O |
O3' O3' OP2 OP2 C7 OP2 |
||||||||
ARG | C:14 | C:15 | 170.0 | 0.756 | H | -60.8 | -43.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
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1egw | 3 | Q02078 | 98.7 | 9e-50 |
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NH2 NH1 NH2 NH2 NE NH2 NH2 NH2 NH1 NH2 NH2 NE NH2 NH2 NH2 |
C2' OP2 N6 O6 N4 O4 O4 C2' OP2 N7 O6 N4 O4 O4 O |
||
ARG | F:14 | B:15 | 194.0 | 0.862 | H | -64.4 | -47.7 | 194.0 | 0.862 | 0.0 |
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C O O O |
OP2 OP2 N7 O |
|||||||||
ARG | G:14 | C:15 | 191.0 | 0.849 | H | -62.5 | -51.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
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X-RAY |
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CG CD NH2 NH2 NE |
N4 O4 O3' OP2 N7 |
||
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DA DA DA DC DT |
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NH2 NH2 CD CG CD |
C3' OP2 N6 N4 O4 |
|||||||||
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ARG | F:14 | D:15 | 187.0 | 0.831 | H | -70.7 | -59.0 | NA | NA | NA |
AlphaFold DB
Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
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