Variant

Genome Chromosome Position VCF ID Ref Alt mRNA Change mRNA Info
GRCh37 chr6 31544562 . C A CCDS4702.1:NM_000594.3:c.251cCg>cAg_NP_000585.2:p.84P>Q Homo sapiens tumor necrosis factor (TNF), mRNA.
pdb_id: 
label_asym_id: 
label_seq_id: 
label_comp_id: 
auth_asym_id: 
auth_seq_id: 
alphafold_id: 
label_asym_id: 
label_seq_id: 
label_comp_id: 
auth_asym_id: 
auth_seq_id: 

PDB

Entity Residue Monomer BioUnit Ligand View
PDB Entity Uniprot Identity Evalue ExpMethod Date Name Label Auth ASA rASA SS φ ψ ASA rASA ΔASA Interaction Name Distance Atom(p) Atom(l)
6op0 1 P01375 99.37 6e-115 X-RAY
 2019-12-25 PRO A:9 A:8 125.0 0.862 -49.5 154.0 117.0 0.807 0.055 B:P01375:0.055
 HOH
 7.204
 CB
 O
PRO B:9 B:8 122.0 0.841 -49.4 135.3 118.0 0.814 0.027 C:P01375:0.028
 HOH
 3.697
 CB
 O
PRO C:9 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
7kp9 1 P01375 99.37 6e-115 X-RAY
 2021-01-13 PRO A:9 A:8 110.0 0.759 -56.3 147.0 106.0 0.731 0.028 B:P01375:0.028
 A7G
HOH
 9.898
3.449
 C
CA
 N5
O
PRO B:9 B:8 130.0 0.897 -48.5 147.0 103.0 0.71 0.187 C:P01375:0.186
 HOH
 3.872
 CA
 O
PRO C:9 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
7kpa 1 P01375 99.37 6e-115 X-RAY
 2021-01-13 PRO A:9 A:8 113.0 0.779 -63.9 137.2 113.0 0.779 0.0 HOH
 3.706
 CA
 O
PRO B:9 B:8 131.0 0.903 -55.0 147.7 127.0 0.876 0.027 C:P01375:0.028
 HOH
 3.648
 CA
 O
PRO C:9 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
7kpb 1 P01375 99.37 6e-115 X-RAY
 2021-01-13 PRO A:9 A:8 113.0 0.779 -70.2 167.9 113.0 0.779 0.0 HOH
 9.877
 C
 O
PRO B:9 B:8 125.0 0.862 -66.0 153.2 124.0 0.855 0.007 C:P01375:0.007
PRO C:9 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
5mu8 1 P01375 100.0 9e-115 X-RAY
 2017-03-29 PRO A:10 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO B:10 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO C:10 C:8 171.0 1.0 360.0 137.0 NA NA NA
PRO D:10 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO E:10 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO F:10 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO G:10 H:8 191.0 1.0 360.0 122.7 NA NA NA
PRO H:10 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO I:10 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO J:10 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO K:10 L:8 189.0 1.0 360.0 103.9 NA NA NA
PRO L:10 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO M:10 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO N:10 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO O:10 P:8 173.0 1.0 360.0 129.8 NA NA NA
PRO P:10 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO Q:10 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO R:10 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO S:10 T:8 181.0 1.0 360.0 175.2 NA NA NA
PRO T:10 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO U:10 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO V:10 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO W:10 X:8 169.0 1.0 360.0 -168.1 NA NA NA
PRO X:10 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO Y:10 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO Z:10 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO AA:10 b:8 185.0 1.0 360.0 -178.0 NA NA NA
PRO BA:10 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO CA:10 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO DA:10 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO EA:10 f:8 189.0 1.0 360.0 162.1 NA NA NA
PRO FA:10 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO GA:10 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO HA:10 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO IA:10 j:8 187.0 1.0 360.0 -176.6 NA NA NA
PRO JA:10 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO KA:10 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO LA:10 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO MA:10 n:8 167.0 1.0 360.0 -176.6 NA NA NA
PRO NA:10 NA:NA DO NA DO DO DO DO DO DO
PRO OA:10 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO PA:10 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO QA:10 r:8 176.0 1.0 360.0 93.4 NA NA NA
PRO RA:10 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO SA:10 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO TA:10 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO UA:10 v:8 190.0 1.0 360.0 -178.9 NA NA NA
PRO VA:10 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
6x81 1 P01375 100.0 9e-115 X-RAY
 2021-01-13 PRO A:9 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO B:9 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO C:9 C:8 182.0 1.0 360.0 103.7 180.0 1.0 0.0 B:P01375:0.014
 HOH
 9.622
 N
 O
PRO D:9 D:8 191.0 1.0 360.0 131.4 NA NA NA
PRO E:9 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO F:9 F:8 135.0 0.931 -68.7 128.1 NA NA NA
6x82 1 P01375 100.0 9e-115 X-RAY
 2021-01-13 PRO A:9 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO B:9 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO C:9 C:8 180.0 1.0 360.0 101.2 171.0 1.0 0.0 B:P01375:0.062
 HOH
 4.397
 CA
 O
PRO D:9 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO E:9 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO F:9 F:8 182.0 1.0 360.0 149.2 NA NA NA
6x83 1 P01375 100.0 9e-115 X-RAY
 2021-01-13 PRO A:9 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO B:9 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO C:9 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO D:9 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO E:9 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO F:9 F:8 198.0 1.0 360.0 53.5 NA NA NA
6x85 1 P01375 100.0 9e-115 X-RAY
 2021-01-13 PRO A:9 A:8 144.0 0.993 -37.9 -48.3 131.0 0.903 0.09 C:P01375:0.09
PRO B:9 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO C:9 C:8 128.0 0.883 -66.2 150.0 112.0 0.772 0.111 B:P01375:0.11
PRO D:9 D:8 118.0 0.814 -73.1 148.0 NA NA NA
PRO E:9 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO F:9 F:8 135.0 0.931 -81.0 153.5 NA NA NA
6x86 1 P01375 100.0 9e-115 X-RAY
 2021-01-13 PRO A:9 A:8 153.0 1.0 -72.3 -18.8 81.0 0.559 0.441 C:P01375:0.497
 UTY
HOH
 7.242
3.475
 O
CD
 O
O
PRO B:9 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO C:9 C:8 118.0 0.814 -82.3 144.6 96.0 0.662 0.152 B:P01375:0.152
 HOH
 3.894
 C
 O
PRO D:9 D:8 127.0 0.876 -85.0 142.4 NA NA NA
PRO E:9 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO F:9 F:8 131.0 0.903 -81.8 139.8 NA NA NA
5yoy 1 P01375 100.0 1e-114 X-RAY
 2018-05-09 PRO A:16 A:8 136.0 0.938 S -61.2 -38.9 111.0 0.766 0.172 C:P01375:0.172
 HOH
 5.075
 CG
 O
PRO B:16 B:8 105.0 0.724 S -71.4 -69.2 61.0 0.421 0.303 A:P01375:0.303
PRO C:16 C:8 83.0 0.572 S -67.4 -173.8 24.0 0.166 0.406 B:P01375:0.407
PRO J:16 J:8 148.0 1.0 S -55.5 -20.8 NA NA NA
PRO K:16 K:8 116.0 0.8 S -76.6 -57.9 NA NA NA
PRO L:16 L:8 126.0 0.869 S -63.0 -49.6 NA NA NA
7jra 1 P01375 100.0 1e-114 X-RAY
 2020-12-09 PRO A:11 A:84 122.0 0.841 -54.1 150.6 120.0 0.828 0.013 B:P01375:0.014
 HOH
 4.011
 CA
 O
PRO B:11 B:84 124.0 0.855 -53.7 158.9 123.0 0.848 0.007 C:P01375:0.007
 HOH
 5.962
 C
 O
PRO C:11 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
4g3y 3 P01375 100.0 1e-114 X-RAY
 2013-03-27 PRO C:8 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
4twt 1 P01375 100.0 1e-114 X-RAY
 2015-02-04 PRO A:8 A:8 190.0 1.0 360.0 77.7 177.0 1.0 0.0 B:P01375:0.09
 HOH
 8.204
 CD
 O
PRO B:8 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO E:8 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO F:8 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
5m2i 1 P01375 100.0 1e-114 X-RAY
 2017-08-30 PRO A:8 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO B:8 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO C:8 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO D:8 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO E:8 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO F:8 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
5m2j 1 P01375 100.0 1e-114 X-RAY
 2017-08-30 PRO A:8 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
5m2m 1 P01375 100.0 1e-114 X-RAY
 2017-08-30 PRO A:8 A:8 147.0 1.0 -84.7 -21.7 85.0 0.586 0.414 C:P01375:0.428
 HOH
 4.323
 CG
 O
PRO B:8 B:8 143.0 0.986 -84.3 -23.0 81.0 0.559 0.427 A:P01375:0.428
 HOH
 4.282
 CG
 O
PRO C:8 C:8 143.0 0.986 -84.6 -21.4 79.0 0.545 0.441 B:P01375:0.441
 HOH
 4.121
 CG
 O
PRO G:8 G:8 143.0 0.986 -84.1 -22.3 NA NA NA
PRO I:8 I:8 146.0 1.0 -84.4 -21.5 NA NA NA
PRO K:8 M:8 144.0 0.993 -84.5 -21.6 NA NA NA
5wux 3 C1K3N5 100.0 1e-114 X-RAY
 2017-06-07 PRO G:8 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO H:8 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO I:8 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
6ooy 1 P01375 100.0 1e-114 X-RAY
 2019-12-25 PRO A:8 A:8 127.0 0.876 -70.5 154.9 125.0 0.862 0.014 B:P01375:0.014
 HOH
 6.214
 C
 O
PRO B:8 B:8 184.0 1.0 360.0 131.9 160.0 1.0 0.0 C:P01375:0.166
 HOH
 7.300
 N
 O
PRO C:8 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
6ooz 1 P01375 100.0 1e-114 X-RAY
 2019-12-25 PRO A:8 A:8 122.0 0.841 -64.0 160.6 113.0 0.779 0.062 B:P01375:0.062
 HOH
 6.956
 CB
 O
PRO B:8 B:8 126.0 0.869 -56.1 156.7 123.0 0.848 0.021 C:P01375:0.021
PRO C:8 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
6rmj 1 P01375 99.37 3e-114 X-RAY
 2019-10-09 PRO A:14 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO B:14 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO C:14 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
5uui 1 P01375 98.73 1e-113 X-RAY
 2017-08-02 PRO A:9 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
1a8m 1 P01375 99.36 1e-113 X-RAY
 1998-06-17 PRO A:8 A:8 79.0 0.545 -70.5 -179.7 28.0 0.193 0.352 C:P01375:0.352
 HOH
 8.501
 C
 O
PRO B:8 B:8 63.0 0.434 S -76.3 30.7 37.0 0.255 0.179 A:P01375:0.179
 HOH
 3.223
 CD
 O
PRO C:8 C:8 77.0 0.531 -76.6 174.5 20.0 0.138 0.393 B:P01375:0.393
 HOH
 3.177
 O
 O
3wd5 1 P01375 99.36 1e-113 X-RAY
 2013-08-14 PRO A:8 A:8 110.0 0.759 -69.4 162.2 110.0 0.759 0.0 HOH
 9.786
 CD
 O
1tnf 1 P01375 99.36 5e-113 X-RAY
 1990-01-15 PRO A:8 A:8 105.0 0.724 -77.4 161.7 30.0 0.207 0.517 C:P01375:0.517
PRO B:8 B:8 126.0 0.869 S -51.0 -78.5 86.0 0.593 0.276 A:P01375:0.276
PRO C:8 C:8 105.0 0.724 S -72.7 -169.3 49.0 0.338 0.386 B:P01375:0.386
2tun 1 P01375 98.73 2e-112 X-RAY
 1994-01-31 PRO A:8 A:8 107.0 0.738 -93.3 145.2 33.0 0.228 0.51 C:P01375:0.51
PRO B:8 B:8 120.0 0.828 -38.3 134.5 90.0 0.621 0.207 A:P01375:0.207
PRO C:8 C:8 114.0 0.786 122.2 152.6 55.0 0.379 0.407 B:P01375:0.407
PRO D:8 D:8 144.0 0.993 -52.5 -74.9 71.0 0.49 0.503 F:P01375:0.503
PRO E:8 E:8 134.0 0.924 -71.0 -79.0 59.0 0.407 0.517 D:P01375:0.517
PRO F:8 F:8 100.0 0.69 -73.0 166.7 59.0 0.407 0.283 E:P01375:0.283
3it8 1 P01375 99.34 1e-109 X-RAY
 2009-10-20 PRO A:12 A:8 63.0 0.434 -47.8 -32.7 18.0 0.124 0.31 B:P01375:0.31
 HOH
 8.713
 CB
 O
PRO B:12 B:8 63.0 0.434 -47.8 -32.8 19.0 0.131 0.303 C:P01375:0.303
 HOH
 9.146
 CB
 O
PRO C:12 C:8 62.0 0.428 -47.6 -32.7 19.0 0.131 0.297 A:P01375:0.297
 HOH
 8.343
 CB
 O
PRO G:12 G:8 63.0 0.434 -47.5 -33.0 NA NA NA
PRO H:12 H:8 62.0 0.428 -47.8 -33.0 NA NA NA
PRO I:12 I:8 63.0 0.434 -48.0 -32.9 NA NA NA
3alq 1 P01375 96.18 2e-109 X-RAY
 2010-11-17 PRO A:8 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO B:8 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO C:8 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO D:8 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO E:8 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO F:8 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
4tsv 1 P01375 98.0 6e-107 X-RAY
 1998-12-30 PRO A:1 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
5tsw 1 P01375 98.0 6e-107 X-RAY
 1999-05-07 PRO A:1 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO B:1 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO C:1 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO D:1 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO E:1 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
PRO F:1 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
2e7a 1 P01375 92.36 9e-106 X-RAY
 2007-11-13 PRO A:8 A:8 169.0 1.0 360.0 113.1 169.0 1.0 0.0 HOH
 4.437
 C
 O
PRO B:8 B:8 187.0 1.0 360.0 -17.7 127.0 0.876 0.124 C:P01375:0.414
 HOH
 3.342
 CD
 O
PRO C:8 C:8 195.0 1.0 360.0 -150.7 165.0 1.0 0.0 A:P01375:0.207
 HOH
 4.089
 C
 O
2zjc 1 P01375 92.99 3e-105 X-RAY
 2009-01-20 PRO A:8 A:8 158.0 1.0 360.0 -49.7 149.0 1.0 0.0 C:P01375:0.062
 HOH
 3.242
 CD
 O
PRO B:8 B:8 136.0 0.938 -76.5 -43.3 49.0 0.338 0.6 A:P01375:0.6
 HOH
 8.576
 CD
 O
PRO C:8 C:8 142.0 0.979 360.0 -86.1 88.0 0.607 0.372 B:P01375:0.372
 HOH
 4.646
 CD
 O
2zpx 1 P01375 92.36 3e-104 X-RAY
 2009-03-24 PRO A:8 A:8 189.0 1.0 360.0 9.6 108.0 0.745 0.255 C:P01375:0.559
 HOH
 7.891
 O
 O
PRO B:8 B:8 184.0 1.0 360.0 169.4 111.0 0.766 0.234 A:P01375:0.503
 HOH
 3.386
 CD
 O
PRO C:8 C:8 164.0 1.0 360.0 151.3 138.0 0.952 0.048 B:P01375:0.179

AlphaFold DB

Entity Residue Monomer View
ID Entity Uniprot Identity Evalue Name Label Auth ASA rASA SS φ ψ
af-p01375-f1 1 P01375 100.0 2e-174 PRO A:84 A:84 113.0 0.779 -46.6 123.9