Variant
| Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr7 | 107533717 | . | C | A | CCDS5749.1:NM_000108.3:c.112Cag>Aag_NP_000099.2:p.38Q>K | Homo sapiens dihydrolipoamide dehydrogenase (DLD), mRNA. |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
|
|
|
PDB
| Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
| 3rnm | 1 | P09622 | 99.37 | 0.0 |
X-RAY |
2011-05-04 | GLN | A:24 | A:3 | 157.0 | 0.872 | 360.0 | 28.6 | 157.0 | 0.872 | 0.0 | |||||||
| GLN | B:24 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| GLN | C:24 | C:3 | 178.0 | 0.989 | 360.0 | -3.5 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| GLN | D:24 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 1zy8 | 1 | P09622 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2005-11-15 | GLN | A:3 | A:3 | 146.0 | 0.811 | S | -141.8 | 103.9 | 146.0 | 0.811 | 0.0 | ||||||
| GLN | B:3 | B:3 | 126.0 | 0.7 | -144.8 | 146.3 | 126.0 | 0.7 | 0.0 | ||||||||||||||
| GLN | C:3 | C:3 | 130.0 | 0.722 | -54.4 | 146.9 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| GLN | D:3 | D:3 | 142.0 | 0.789 | E | -8.8 | 96.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| GLN | E:3 | E:3 | 158.0 | 0.878 | E | -51.4 | 117.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| GLN | F:3 | F:3 | 177.0 | 0.983 | E | -43.9 | 136.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| GLN | G:3 | G:3 | 165.0 | 0.917 | -73.5 | 174.9 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| GLN | H:3 | H:3 | 157.0 | 0.872 | -41.1 | 129.1 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| GLN | I:3 | I:3 | 158.0 | 0.878 | S | -63.5 | 133.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| GLN | J:3 | J:3 | 178.0 | 0.989 | E | -40.2 | 124.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 6i4q | 1 | P09622 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2019-11-20 | GLN | A:25 | A:3 | 215.0 | 1.0 | 360.0 | -43.3 | 215.0 | 1.0 | 0.0 |
HOH |
2.861 |
HB3 |
O |
|||
| GLN | B:25 | B:3 | 144.0 | 0.8 | S | -75.2 | 139.5 | 144.0 | 0.8 | 0.0 |
HOH |
1.944 |
HE21 |
O |
|||||||||
| 6i4t | 1 | P09622 | 99.79 | 0.0 |
X-RAY |
2019-11-20 | GLN | A:25 | A:3 | 211.0 | 1.0 | 360.0 | -48.4 | 211.0 | 1.0 | 0.0 |
HOH |
3.517 |
HB3 |
O |
|||
| GLN | B:25 | B:3 | 140.0 | 0.778 | S | -76.8 | 150.9 | 140.0 | 0.778 | 0.0 |
HOH |
2.162 |
H |
O |
|||||||||
| 1zmc | 1 | P09622 | 99.79 | 0.0 |
X-RAY |
2005-06-28 | GLN | A:3 | A:3 | 186.0 | 1.0 | 360.0 | 39.7 | 186.0 | 1.0 | 0.0 |
HOH |
3.698 |
O |
O |
|||
| GLN | B:3 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| GLN | C:3 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| GLN | D:3 | D:3 | 125.0 | 0.694 | S | -155.8 | 133.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| GLN | E:3 | E:3 | 160.0 | 0.889 | 360.0 | 54.2 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| GLN | F:3 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| GLN | G:3 | G:3 | 172.0 | 0.956 | 360.0 | 71.8 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| GLN | H:3 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 1zmd | 1 | P09622 | 99.79 | 0.0 |
X-RAY |
2005-06-28 | GLN | A:3 | A:3 | 183.0 | 1.0 | 360.0 | 43.0 | 183.0 | 1.0 | 0.0 |
HOH |
3.417 |
O |
O |
|||
| GLN | B:3 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| GLN | C:3 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| GLN | D:3 | D:3 | 208.0 | 1.0 | 360.0 | 133.6 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| GLN | E:3 | E:3 | 123.0 | 0.683 | 30.6 | 50.7 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| GLN | F:3 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| GLN | G:3 | G:3 | 165.0 | 0.917 | 360.0 | 66.4 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| GLN | H:3 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 2f5z | 1 | P09622 | 99.79 | 0.0 |
X-RAY |
2006-01-17 | GLN | A:3 | A:3 | 183.0 | 1.0 | 360.0 | 34.6 | 183.0 | 1.0 | 0.0 |
HOH |
8.167 |
NE2 |
O |
|||
| GLN | B:3 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| GLN | C:3 | C:3 | 203.0 | 1.0 | 360.0 | 57.2 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| GLN | D:3 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| GLN | E:3 | E:3 | 171.0 | 0.95 | 360.0 | 51.1 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| GLN | F:3 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| GLN | G:3 | G:3 | 178.0 | 0.989 | 360.0 | 85.4 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| GLN | H:3 | H:3 | 188.0 | 1.0 | 360.0 | -56.4 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| GLN | I:3 | I:3 | 187.0 | 1.0 | 360.0 | 38.5 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| GLN | J:3 | J:3 | 180.0 | 1.0 | 360.0 | -50.2 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| 5nhg | 1 | P09622 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2018-05-16 | GLN | A:24 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| GLN | B:24 | B:3 | 202.0 | 1.0 | 360.0 | -179.7 | 202.0 | 1.0 | 0.0 | ||||||||||||||
| GLN | C:24 | C:3 | 183.0 | 1.0 | 360.0 | -24.4 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| GLN | D:24 | D:3 | 171.0 | 0.95 | 360.0 | -73.3 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| GLN | E:24 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| GLN | F:24 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| GLN | G:24 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| GLN | H:24 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 6i4u | 1 | P09622 | 99.79 | 0.0 |
X-RAY |
2019-11-20 | GLN | A:25 | A:3 | 207.0 | 1.0 | 360.0 | 153.5 | 207.0 | 1.0 | 0.0 |
HOH |
2.809 |
N |
O |
|||
| GLN | B:25 | B:3 | 140.0 | 0.778 | -75.4 | 149.4 | 140.0 | 0.778 | 0.0 |
HOH |
2.104 |
H |
O |
||||||||||
| 5j5z | 1 | P09622 | 99.79 | 0.0 |
X-RAY |
2017-11-15 | GLN | A:25 | A:3 | 152.0 | 0.844 | -105.8 | 124.9 | 152.0 | 0.844 | 0.0 |
HOH |
3.418 |
O |
O |
|||
| GLN | B:25 | B:3 | 135.0 | 0.75 | -68.7 | 146.0 | 135.0 | 0.75 | 0.0 |
HOH |
2.706 |
OE1 |
O |
||||||||||
| 6hg8 | 1 | P09622 | 99.79 | 0.0 |
X-RAY |
2019-09-04 | GLN | A:25 | A:3 | 181.0 | 1.0 | 360.0 | 7.4 | 181.0 | 1.0 | 0.0 |
HOH |
2.896 |
OE1 |
O |
|||
| GLN | B:25 | B:3 | 140.0 | 0.778 | -68.1 | 150.6 | 140.0 | 0.778 | 0.0 |
HOH |
2.979 |
N |
O |
||||||||||
| 6i4r | 1 | P09622 | 99.79 | 0.0 |
X-RAY |
2019-11-20 | GLN | A:25 | A:3 | 211.0 | 1.0 | 360.0 | 15.3 | 211.0 | 1.0 | 0.0 |
HOH |
3.517 |
HB2 |
O |
|||
| GLN | B:25 | B:3 | 140.0 | 0.778 | -75.0 | 150.5 | 140.0 | 0.778 | 0.0 |
HOH |
2.024 |
HE21 |
O |
||||||||||
| 6i4p | 1 | P09622 | 99.79 | 0.0 |
X-RAY |
2019-11-20 | GLN | A:25 | A:3 | 211.0 | 1.0 | 360.0 | 59.1 | 211.0 | 1.0 | 0.0 |
HOH |
2.527 |
HB2 |
O |
|||
| GLN | B:25 | B:3 | 140.0 | 0.778 | -75.8 | 152.8 | 140.0 | 0.778 | 0.0 |
HOH |
1.939 |
HE21 |
O |
||||||||||
| 6i4s | 1 | P09622 | 99.79 | 0.0 |
X-RAY |
2019-11-20 | GLN | A:25 | A:3 | 224.0 | 1.0 | 360.0 | -60.8 | 224.0 | 1.0 | 0.0 |
HOH |
3.296 |
HG3 |
O |
|||
| GLN | B:25 | B:3 | 137.0 | 0.761 | -68.3 | 152.1 | 137.0 | 0.761 | 0.0 |
HOH |
2.123 |
H |
O |
||||||||||
| 6i4z | 1 | P09622 | 99.79 | 0.0 |
X-RAY |
2019-11-20 | GLN | A:25 | A:3 | 166.0 | 0.922 | 360.0 | 9.3 | 166.0 | 0.922 | 0.0 |
HOH |
2.519 |
HG3 |
O |
|||
| GLN | B:25 | B:3 | 162.0 | 0.9 | 360.0 | 2.0 | 162.0 | 0.9 | 0.0 | ||||||||||||||
| GLN | C:25 | C:3 | 178.0 | 0.989 | 360.0 | 28.1 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| GLN | D:25 | D:3 | 172.0 | 0.956 | 360.0 | 12.2 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| GLN | E:25 | E:3 | 139.0 | 0.772 | 360.0 | 5.9 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| GLN | F:25 | F:3 | 177.0 | 0.983 | 360.0 | 11.9 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| GLN | G:25 | G:3 | 136.0 | 0.756 | 360.0 | 7.6 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| GLN | H:25 | H:3 | 212.0 | 1.0 | 360.0 | -37.4 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
AlphaFold DB
| Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
| af-p09622-f1 | 1 | P09622 | 100.0 | 0.0 | GLN | A:38 | A:38 | 164.0 | 0.911 | E | -55.2 | 138.7 | |