Variant
Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr7 | 107557309 | . | C | A | CCDS5749.1:NM_000108.3:c.946Cga>Aga_NP_000099.2:p.316R>R | Homo sapiens dihydrolipoamide dehydrogenase (DLD), mRNA. |
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
|
|
PDB
Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
3rnm | 1 | P09622 | 99.37 | 0.0 |
X-RAY |
2011-05-04 | ARG | A:302 | A:281 | 103.0 | 0.458 | E | -142.0 | 156.8 | 103.0 | 0.458 | 0.0 |
BME FAD HOH |
7.530 7.594 5.582 |
N O NE |
O1 O2A O |
||
ARG | B:302 | B:281 | 99.0 | 0.44 | E | -146.4 | 156.1 | 99.0 | 0.44 | 0.0 |
BME FAD |
7.263 7.709 |
N O |
C1 O2A |
|||||||||
ARG | C:302 | C:281 | 101.0 | 0.449 | E | -138.4 | 152.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | D:302 | D:281 | 107.0 | 0.476 | E | -134.7 | 157.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1zy8 | 1 | P09622 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2005-11-15 | ARG | A:281 | A:281 | 95.0 | 0.422 | E | -118.8 | 161.9 | 95.0 | 0.422 | 0.0 |
FAD HOH |
7.200 5.771 |
O CG |
O2A O |
||
ARG | B:281 | B:281 | 91.0 | 0.404 | E | -135.5 | 155.2 | 91.0 | 0.404 | 0.0 |
FAD HOH |
7.415 2.932 |
O NH2 |
O2A O |
|||||||||
ARG | C:281 | C:281 | 101.0 | 0.449 | E | -140.6 | 148.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | D:281 | D:281 | 99.0 | 0.44 | E | -134.8 | 154.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | E:281 | E:281 | 103.0 | 0.458 | E | -85.0 | 151.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | F:281 | F:281 | 95.0 | 0.422 | E | -144.4 | 154.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | G:281 | G:281 | 102.0 | 0.453 | E | -141.8 | 152.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | H:281 | H:281 | 98.0 | 0.436 | E | -157.9 | 163.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | I:281 | I:281 | 101.0 | 0.449 | E | -144.8 | 158.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | J:281 | J:281 | 90.0 | 0.4 | E | -141.1 | 156.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
6i4q | 1 | P09622 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2019-11-20 | ARG | A:303 | A:281 | 105.0 | 0.467 | E | -138.6 | 157.0 | 105.0 | 0.467 | 0.0 |
FAD BTB SO4 SO4 HOH |
7.512 6.844 9.485 1.947 2.128 |
O O HA HH12 HH11 |
O2A H51 O4 O3 O |
||
ARG | B:303 | B:281 | 102.0 | 0.453 | E | -139.6 | 156.6 | 102.0 | 0.453 | 0.0 |
FAD BTB SO4 HOH |
7.608 6.635 9.543 2.915 |
O O HA HD2 |
O2A H71 O2 O |
|||||||||
6i4t | 1 | P09622 | 99.79 | 0.0 |
X-RAY |
2019-11-20 | ARG | A:303 | A:281 | 105.0 | 0.467 | E | -140.7 | 153.2 | 105.0 | 0.467 | 0.0 |
FAD SO4 HOH |
7.468 9.694 2.350 |
O HA HH11 |
O2A O4 O |
||
ARG | B:303 | B:281 | 105.0 | 0.467 | E | -140.8 | 154.5 | 105.0 | 0.467 | 0.0 |
FAD SO4 HOH |
7.440 9.591 2.942 |
O HA HA |
O2A O2 O |
|||||||||
1zmc | 1 | P09622 | 99.79 | 0.0 |
X-RAY |
2005-06-28 | ARG | A:281 | A:281 | 108.0 | 0.48 | E | -137.9 | 151.8 | 108.0 | 0.48 | 0.0 |
FAD NAD HOH |
7.457 4.082 3.652 |
O CB CB |
O2A O7N O |
||
ARG | B:281 | B:281 | 105.0 | 0.467 | E | -137.5 | 154.8 | 105.0 | 0.467 | 0.0 |
FAD NAD HOH |
7.510 8.080 4.084 |
O N CA |
O2A O1A O |
|||||||||
ARG | C:281 | C:281 | 104.0 | 0.462 | E | -135.5 | 158.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | D:281 | D:281 | 104.0 | 0.462 | E | -142.8 | 156.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | E:281 | E:281 | 104.0 | 0.462 | E | -139.5 | 153.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | F:281 | F:281 | 99.0 | 0.44 | E | -130.8 | 158.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | G:281 | G:281 | 101.0 | 0.449 | E | -129.7 | 154.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | H:281 | H:281 | 91.0 | 0.404 | E | -140.2 | 154.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
1zmd | 1 | P09622 | 99.79 | 0.0 |
X-RAY |
2005-06-28 | ARG | A:281 | A:281 | 106.0 | 0.471 | E | -143.2 | 155.3 | 106.0 | 0.471 | 0.0 |
FAD NAI HOH |
7.399 6.865 3.880 |
O N CB |
O2A C5D O |
||
ARG | B:281 | B:281 | 109.0 | 0.484 | E | -136.8 | 155.0 | 109.0 | 0.484 | 0.0 |
FAD NAI HOH |
7.256 6.859 3.612 |
O N CA |
O2A C5D O |
|||||||||
ARG | C:281 | C:281 | 106.0 | 0.471 | E | -143.9 | 156.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | D:281 | D:281 | 97.0 | 0.431 | E | -144.6 | 158.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | E:281 | E:281 | 106.0 | 0.471 | E | -135.2 | 159.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | F:281 | F:281 | 99.0 | 0.44 | E | -137.2 | 157.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | G:281 | G:281 | 101.0 | 0.449 | E | -136.5 | 156.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | H:281 | H:281 | 97.0 | 0.431 | E | -138.6 | 158.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
2f5z | 1 | P09622 | 99.79 | 0.0 |
X-RAY |
2006-01-17 | ARG | A:281 | A:281 | 107.0 | 0.476 | E | -142.2 | 155.3 | 107.0 | 0.476 | 0.0 |
FAD HOH |
7.410 3.842 |
O CA |
O2A O |
||
ARG | B:281 | B:281 | 103.0 | 0.458 | E | -148.5 | 155.3 | 103.0 | 0.458 | 0.0 |
FAD HOH |
7.308 5.565 |
O C |
O2A O |
|||||||||
ARG | C:281 | C:281 | 101.0 | 0.449 | E | -139.4 | 157.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | D:281 | D:281 | 104.0 | 0.462 | E | -139.7 | 159.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | E:281 | E:281 | 105.0 | 0.467 | E | -141.9 | 155.1 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | F:281 | F:281 | 104.0 | 0.462 | E | -139.6 | 153.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | G:281 | G:281 | 99.0 | 0.44 | E | -137.2 | 158.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | H:281 | H:281 | 108.0 | 0.48 | E | -140.0 | 154.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | I:281 | I:281 | 101.0 | 0.449 | E | -134.8 | 162.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | J:281 | J:281 | 101.0 | 0.449 | E | -141.7 | 159.0 | NA | NA | NA | |||||||||||||
5nhg | 1 | P09622 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2018-05-16 | ARG | A:302 | A:281 | 101.0 | 0.449 | E | -135.7 | 155.3 | 101.0 | 0.449 | 0.0 |
FAD TRS HOH |
7.390 7.636 5.213 |
O O HA |
O2A C3 O |
||
ARG | B:302 | B:281 | 102.0 | 0.453 | E | -136.9 | 156.0 | 102.0 | 0.453 | 0.0 |
FAD HOH |
7.532 5.254 |
O HA |
O2A O |
|||||||||
ARG | C:302 | C:281 | 103.0 | 0.458 | E | -135.9 | 154.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | D:302 | D:281 | 106.0 | 0.471 | E | -135.2 | 155.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | E:302 | E:281 | 101.0 | 0.449 | E | -135.6 | 155.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | F:302 | F:281 | 105.0 | 0.467 | E | -136.1 | 153.7 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | G:302 | G:281 | 105.0 | 0.467 | E | -133.7 | 152.6 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | H:302 | H:281 | 98.0 | 0.436 | E | -135.1 | 154.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
6i4u | 1 | P09622 | 99.79 | 0.0 |
X-RAY |
2019-11-20 | ARG | A:303 | A:281 | 98.0 | 0.436 | E | -139.5 | 153.7 | 98.0 | 0.436 | 0.0 |
FAD SO4 HOH |
7.445 9.589 1.990 |
O HA HH11 |
O2A O4 O |
||
ARG | B:303 | B:281 | 99.0 | 0.44 | E | -141.1 | 154.2 | 99.0 | 0.44 | 0.0 |
FAD SO4 HOH |
7.497 9.465 2.798 |
O HA HA |
O2A O1 O |
|||||||||
5j5z | 1 | P09622 | 99.79 | 0.0 |
X-RAY |
2017-11-15 | ARG | A:303 | A:281 | 104.0 | 0.462 | E | -134.7 | 162.5 | 104.0 | 0.462 | 0.0 |
FAD HOH |
7.522 2.606 |
O NH1 |
O2A O |
||
ARG | B:303 | B:281 | 98.0 | 0.436 | E | -143.2 | 159.2 | 98.0 | 0.436 | 0.0 |
FAD HOH |
7.599 2.699 |
O NH1 |
O2A O |
|||||||||
6hg8 | 1 | P09622 | 99.79 | 0.0 |
X-RAY |
2019-09-04 | ARG | A:303 | A:281 | 106.0 | 0.471 | E | -141.8 | 153.5 | 106.0 | 0.471 | 0.0 |
FAD HOH |
7.503 2.631 |
O NH1 |
O2A O |
||
ARG | B:303 | B:281 | 94.0 | 0.418 | E | -147.5 | 153.6 | 94.0 | 0.418 | 0.0 |
FAD SO4 HOH |
7.489 8.629 2.881 |
O N NH1 |
O2A O1 O |
|||||||||
6i4r | 1 | P09622 | 99.79 | 0.0 |
X-RAY |
2019-11-20 | ARG | A:303 | A:281 | 103.0 | 0.458 | E | -144.1 | 155.8 | 103.0 | 0.458 | 0.0 |
FAD SO4 BTB HOH |
7.533 9.537 6.797 2.939 |
O HA O HB2 |
O2A O4 H51 O |
||
ARG | B:303 | B:281 | 100.0 | 0.444 | E | -144.6 | 155.3 | 100.0 | 0.444 | 0.0 |
FAD SO4 BTB HOH |
7.594 9.518 6.903 2.174 |
O HA O HH11 |
O2A O2 H72 O |
|||||||||
6i4p | 1 | P09622 | 99.79 | 0.0 |
X-RAY |
2019-11-20 | ARG | A:303 | A:281 | 106.0 | 0.471 | E | -143.1 | 156.1 | 106.0 | 0.471 | 0.0 |
FAD SO4 BTB HOH |
7.529 9.588 6.857 2.049 |
O HA O HH11 |
O2A O4 H82 O |
||
ARG | B:303 | B:281 | 99.0 | 0.44 | E | -144.8 | 155.8 | 99.0 | 0.44 | 0.0 |
FAD SO4 BTB HOH |
7.592 9.344 6.830 2.155 |
O HA O HH11 |
O2A O2 H72 O |
|||||||||
6i4s | 1 | P09622 | 99.79 | 0.0 |
X-RAY |
2019-11-20 | ARG | A:303 | A:281 | 105.0 | 0.467 | E | -140.3 | 153.0 | 105.0 | 0.467 | 0.0 |
FAD SO4 SO4 HOH |
7.423 9.533 2.008 2.181 |
O HA HH12 HH11 |
O2A O4 O1 O |
||
ARG | B:303 | B:281 | 99.0 | 0.44 | E | -142.6 | 155.9 | 99.0 | 0.44 | 0.0 |
FAD SO4 SO4 HOH |
7.457 9.552 6.700 2.094 |
O HA H HH11 |
O2A O2 O4 O |
|||||||||
6i4z | 1 | P09622 | 99.79 | 0.0 |
X-RAY |
2019-11-20 | ARG | A:303 | A:281 | 103.0 | 0.458 | E | -135.6 | 151.7 | 103.0 | 0.458 | 0.0 |
FAD SO4 HOH |
7.485 9.434 3.283 |
O HA HB2 |
O2A O1 O |
||
ARG | B:303 | B:281 | 107.0 | 0.476 | E | -141.4 | 153.0 | 107.0 | 0.476 | 0.0 |
FAD SO4 |
7.826 9.125 |
O HA |
O2A O3 |
|||||||||
ARG | C:303 | C:281 | 91.0 | 0.404 | E | -138.2 | 150.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | D:303 | D:281 | 94.0 | 0.418 | E | -135.6 | 153.5 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | E:303 | E:281 | 108.0 | 0.48 | E | -137.8 | 153.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | F:303 | F:281 | 106.0 | 0.471 | E | -136.3 | 152.3 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | G:303 | G:281 | 104.0 | 0.462 | E | -139.0 | 154.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
ARG | H:303 | H:281 | 95.0 | 0.422 | E | -138.1 | 155.1 | NA | NA | NA |
AlphaFold DB
Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
af-p09622-f1 | 1 | P09622 | 100.0 | 0.0 | ARG | A:316 | A:316 | 103.0 | 0.458 | E | -131.4 | 150.4 |