Variant

Genome Chromosome Position VCF ID Ref Alt mRNA Change mRNA Info
GRCh37 chr7 107557802 . G A CCDS5749.1:NM_000108.3:c.1131atG>atA_NP_000099.2:p.377M>I Homo sapiens dihydrolipoamide dehydrogenase (DLD), mRNA.
pdb_id: 
label_asym_id: 
label_seq_id: 
label_comp_id: 
auth_asym_id: 
auth_seq_id: 
alphafold_id: 
label_asym_id: 
label_seq_id: 
label_comp_id: 
auth_asym_id: 
auth_seq_id: 

PDB

Entity Residue Monomer BioUnit Ligand View
PDB Entity Uniprot Identity Evalue ExpMethod Date Name Label Auth ASA rASA SS φ ψ ASA rASA ΔASA Interaction Name Distance Atom(p) Atom(l)
3rnm 1 P09622 99.37 0.0 X-RAY
 2011-05-04 MET A:363 A:342 25.0 0.135 H -60.4 -21.3 25.0 0.135 0.0 HOH
 3.429
 N
 O
MET B:363 B:342 30.0 0.162 H -58.2 -33.2 30.0 0.162 0.0
MET C:363 C:342 28.0 0.151 H -64.1 -27.6 NA NA NA
MET D:363 D:342 31.0 0.168 H -48.8 -39.2 NA NA NA
1zy8 1 P09622 100.0 0.0 X-RAY
 2005-11-15 MET A:342 A:342 31.0 0.168 H -57.3 -47.1 31.0 0.168 0.0 HOH
 3.506
 N
 O
MET B:342 B:342 26.0 0.141 H -58.9 -30.5 26.0 0.141 0.0 HOH
 3.413
 N
 O
MET C:342 C:342 29.0 0.157 H -51.5 -29.1 NA NA NA
MET D:342 D:342 23.0 0.124 T -65.7 0.2 NA NA NA
MET E:342 E:342 30.0 0.162 H -43.2 -32.3 NA NA NA
MET F:342 F:342 29.0 0.157 H -62.6 -16.4 NA NA NA
MET G:342 G:342 26.0 0.141 H -50.5 -33.3 NA NA NA
MET H:342 H:342 24.0 0.13 H -56.0 -24.7 NA NA NA
MET I:342 I:342 38.0 0.205 T -87.6 -0.1 NA NA NA
MET J:342 J:342 25.0 0.135 G -78.1 -15.6 NA NA NA
6i4q 1 P09622 100.0 0.0 X-RAY
 2019-11-20 MET A:364 A:342 31.0 0.168 H -58.6 -35.3 31.0 0.168 0.0 SO4
HOH
 9.541
2.951
 HA
O
 O2
O
MET B:364 B:342 29.0 0.157 H -59.1 -37.0 29.0 0.157 0.0 HOH
 3.799
 H
 O
6i4t 1 P09622 99.79 0.0 X-RAY
 2019-11-20 MET A:364 A:342 29.0 0.157 H -58.0 -33.1 29.0 0.157 0.0 1PE
HOH
 9.070
3.036
 H
HA
 H132
O
MET B:364 B:342 28.0 0.151 H -59.3 -33.4 28.0 0.151 0.0 HOH
 3.693
 H
 O
1zmc 1 P09622 99.79 0.0 X-RAY
 2005-06-28 MET A:342 A:342 29.0 0.157 H -59.6 -30.1 29.0 0.157 0.0 HOH
 3.501
 N
 O
MET B:342 B:342 28.0 0.151 H -64.3 -48.4 28.0 0.151 0.0 HOH
 3.412
 N
 O
MET C:342 C:342 28.0 0.151 H -56.6 -34.3 NA NA NA
MET D:342 D:342 29.0 0.157 H -60.2 -27.1 NA NA NA
MET E:342 E:342 26.0 0.141 H -70.3 -31.0 NA NA NA
MET F:342 F:342 30.0 0.162 H -58.7 -31.7 NA NA NA
MET G:342 G:342 29.0 0.157 H -59.0 -29.9 NA NA NA
MET H:342 H:342 29.0 0.157 H -67.5 -40.4 NA NA NA
1zmd 1 P09622 99.79 0.0 X-RAY
 2005-06-28 MET A:342 A:342 29.0 0.157 H -57.8 -28.2 29.0 0.157 0.0 HOH
 3.559
 N
 O
MET B:342 B:342 26.0 0.141 H -62.7 -33.0 26.0 0.141 0.0 HOH
 3.482
 N
 O
MET C:342 C:342 28.0 0.151 H -59.5 -24.6 NA NA NA
MET D:342 D:342 29.0 0.157 H -62.6 -27.6 NA NA NA
MET E:342 E:342 26.0 0.141 H -62.8 -30.9 NA NA NA
MET F:342 F:342 28.0 0.151 H -64.5 -31.1 NA NA NA
MET G:342 G:342 29.0 0.157 H -59.5 -28.7 NA NA NA
MET H:342 H:342 29.0 0.157 H -57.0 -36.6 NA NA NA
2f5z 1 P09622 99.79 0.0 X-RAY
 2006-01-17 MET A:342 A:342 28.0 0.151 H -61.6 -22.3 28.0 0.151 0.0
MET B:342 B:342 28.0 0.151 H -61.6 -32.6 28.0 0.151 0.0
MET C:342 C:342 29.0 0.157 H -59.8 -30.3 NA NA NA
MET D:342 D:342 27.0 0.146 H -59.5 -30.3 NA NA NA
MET E:342 E:342 30.0 0.162 H -56.4 -27.8 NA NA NA
MET F:342 F:342 27.0 0.146 H -56.4 -36.7 NA NA NA
MET G:342 G:342 28.0 0.151 H -54.5 -35.5 NA NA NA
MET H:342 H:342 26.0 0.141 H -52.9 -33.4 NA NA NA
MET I:342 I:342 29.0 0.157 H -51.0 -39.5 NA NA NA
MET J:342 J:342 26.0 0.141 H -52.8 -41.5 NA NA NA
5nhg 1 P09622 100.0 0.0 X-RAY
 2018-05-16 MET A:363 A:342 28.0 0.151 H -60.6 -28.2 28.0 0.151 0.0 HOH
 3.101
 HA
 O
MET B:363 B:342 26.0 0.141 H -58.5 -29.7 26.0 0.141 0.0 HOH
 3.586
 H
 O
MET C:363 C:342 28.0 0.151 H -59.2 -33.2 NA NA NA
MET D:363 D:342 29.0 0.157 H -60.5 -30.5 NA NA NA
MET E:363 E:342 29.0 0.157 H -59.9 -32.3 NA NA NA
MET F:363 F:342 26.0 0.141 H -58.4 -29.9 NA NA NA
MET G:363 G:342 27.0 0.146 H -60.4 -31.5 NA NA NA
MET H:363 H:342 29.0 0.157 H -57.8 -30.2 NA NA NA
6i4u 1 P09622 99.79 0.0 X-RAY
 2019-11-20 MET A:364 A:342 29.0 0.157 H -57.0 -34.4 29.0 0.157 0.0 1PE
HOH
 9.809
2.963
 H
O
 H141
O
MET B:364 B:342 29.0 0.157 H -57.4 -33.5 29.0 0.157 0.0 HOH
 3.685
 H
 O
5j5z 1 P09622 99.79 0.0 X-RAY
 2017-11-15 MET A:364 A:342 27.0 0.146 H -58.9 -27.8 27.0 0.146 0.0 HOH
 3.501
 N
 O
MET B:364 B:342 29.0 0.157 H -54.6 -32.7 29.0 0.157 0.0 HOH
 2.935
 O
 O
6hg8 1 P09622 99.79 0.0 X-RAY
 2019-09-04 MET A:364 A:342 29.0 0.157 H -50.7 -38.8 29.0 0.157 0.0 SO4
HOH
 9.648
2.965
 O
O
 O1
O
MET B:364 B:342 29.0 0.157 H -62.7 -35.0 29.0 0.157 0.0 HOH
 3.705
 N
 O
6i4r 1 P09622 99.79 0.0 X-RAY
 2019-11-20 MET A:364 A:342 31.0 0.168 H -56.2 -33.1 31.0 0.168 0.0 HOH
 2.888
 O
 O
MET B:364 B:342 29.0 0.157 H -57.7 -33.0 29.0 0.157 0.0 HOH
 2.850
 O
 O
6i4p 1 P09622 99.79 0.0 X-RAY
 2019-11-20 MET A:364 A:342 30.0 0.162 H -57.3 -33.3 30.0 0.162 0.0 SO4
HOH
 9.374
2.795
 HA
O
 O2
O
MET B:364 B:342 30.0 0.162 H -58.6 -32.4 30.0 0.162 0.0 HOH
 2.888
 O
 O
6i4s 1 P09622 99.79 0.0 X-RAY
 2019-11-20 MET A:364 A:342 27.0 0.146 H -56.0 -33.6 27.0 0.146 0.0 HOH
 2.825
 HA
 O
MET B:364 B:342 28.0 0.151 H -55.0 -35.2 28.0 0.151 0.0 HOH
 3.267
 HA
 O
6i4z 1 P09622 99.79 0.0 X-RAY
 2019-11-20 MET A:364 A:342 29.0 0.157 H -60.1 -32.1 29.0 0.157 0.0 HOH
 3.720
 HG2
 O
MET B:364 B:342 27.0 0.146 H -59.3 -33.3 27.0 0.146 0.0 HOH
 2.957
 H
 O
MET C:364 C:342 29.0 0.157 H -59.3 -33.2 NA NA NA
MET D:364 D:342 31.0 0.168 H -60.0 -35.1 NA NA NA
MET E:364 E:342 29.0 0.157 H -61.0 -32.2 NA NA NA
MET F:364 F:342 29.0 0.157 H -59.5 -32.9 NA NA NA
MET G:364 G:342 26.0 0.141 H -61.1 -31.8 NA NA NA
MET H:364 H:342 28.0 0.151 H -59.2 -32.5 NA NA NA

AlphaFold DB

Entity Residue Monomer View
ID Entity Uniprot Identity Evalue Name Label Auth ASA rASA SS φ ψ
af-p09622-f1 1 P09622 100.0 0.0 MET A:377 A:377 29.0 0.157 H -63.0 -32.9