Variant
| Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr8 | 11666354 | . | A | C | CCDS5985.1:NM_004462.3:c.151Agt>Cgt_NP_004453.3:p.51S>R | Homo sapiens farnesyl-diphosphate farnesyltransferase 1 (FDFT1), mRNA. |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
|
|
|
PDB
| Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
| 3asx | 1 | P37268 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2011-12-21 | SER | A:21 | A:51 | 36.0 | 0.313 | S | -79.9 | -85.9 | 36.0 | 0.313 | 0.0 |
D99 HOH |
4.188 7.186 |
O O |
O4 O |
||
| 3lee | 1 | P37268 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2010-12-08 | SER | A:21 | A:51 | 8.0 | 0.07 | -83.1 | 109.4 | 8.0 | 0.07 | 0.0 |
B65 HOH |
6.287 3.580 |
OG OG |
CAH O |
|||
| SER | B:21 | B:51 | 6.0 | 0.052 | -123.0 | 100.1 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| SER | C:21 | C:51 | 9.0 | 0.078 | -70.6 | 125.6 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| SER | D:21 | D:51 | 14.0 | 0.122 | -89.9 | 110.2 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| SER | E:21 | E:51 | 10.0 | 0.087 | -78.6 | 95.9 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| SER | F:21 | F:51 | 7.0 | 0.061 | S | -69.0 | 139.9 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 3q2z | 1 | P37268 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2011-12-21 | SER | A:21 | A:51 | 7.0 | NA | H | -78.7 | -13.1 | 7.0 | NA | NA |
D9A HOH |
3.352 7.426 |
O CB |
O39 O |
||
| 3q30 | 1 | P37268 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2011-12-21 | SER | A:21 | A:51 | 82.0 | 0.713 | -93.0 | 360.0 | 82.0 | 0.713 | 0.0 |
D61 HOH |
5.944 6.873 |
OG N |
C28 O |
|||
| 3v66 | 1 | P37268 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2012-12-19 | SER | A:21 | A:51 | 11.0 | 0.096 | H | -111.5 | -9.4 | 11.0 | 0.096 | 0.0 |
D3A HOH |
4.869 3.760 |
O CB |
C26 O |
||
| 3vj8 | 1 | P37268 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2012-04-11 | SER | A:24 | A:51 | 18.0 | 0.157 | H | -100.9 | -13.6 | 18.0 | 0.157 | 0.0 |
HOH |
2.439 |
OG |
O |
||
| 3vj9 | 1 | P37268 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2012-04-11 | SER | A:24 | A:51 | 13.0 | 0.113 | H | -104.5 | -6.5 | 13.0 | 0.113 | 0.0 |
HOH |
4.916 |
N |
O |
||
| 3vja | 1 | P37268 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2012-04-11 | SER | A:24 | A:51 | 24.0 | 0.209 | H | -105.7 | -12.5 | 24.0 | 0.209 | 0.0 |
HOH |
2.364 |
OG |
O |
||
| SER | B:24 | B:51 | 15.0 | 0.13 | H | -122.9 | 2.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 3vjb | 1 | P37268 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2012-04-11 | SER | A:24 | A:51 | 17.0 | 0.148 | -132.1 | 65.7 | 17.0 | 0.148 | 0.0 |
HOH |
4.589 |
O |
O |
|||
| SER | B:24 | B:51 | 7.0 | 0.061 | -129.5 | 71.8 | 7.0 | 0.061 | 0.0 |
HOH |
2.922 |
CB |
O |
||||||||||
| SER | C:24 | C:51 | 4.0 | 0.035 | -121.2 | 75.6 | 4.0 | 0.035 | 0.0 |
HOH |
3.456 |
O |
O |
||||||||||
| SER | D:24 | D:51 | 11.0 | 0.096 | -111.6 | 71.2 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| SER | E:24 | E:51 | 10.0 | 0.087 | H | -94.3 | -38.4 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| SER | F:24 | F:51 | 1.0 | 0.009 | S | -80.3 | 100.8 | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 3vjc | 1 | P37268 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2012-04-11 | SER | A:24 | A:51 | 7.0 | 0.061 | -103.7 | 113.4 | 7.0 | 0.061 | 0.0 |
ZGA HOH |
2.590 2.634 |
OG O |
OAN O |
|||
| SER | B:24 | B:51 | 5.0 | 0.043 | -97.9 | 100.7 | 5.0 | 0.043 | 0.0 |
ZGA HOH |
2.686 2.729 |
OG O |
OAN O |
||||||||||
| SER | C:24 | C:51 | 6.0 | 0.052 | -101.1 | 106.4 | 6.0 | 0.052 | 0.0 |
ZGA HOH |
2.609 2.768 |
OG O |
OAN O |
||||||||||
| SER | D:24 | D:51 | 6.0 | 0.052 | -94.7 | 101.6 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| SER | E:24 | E:51 | 5.0 | 0.043 | -97.7 | 99.2 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| SER | F:24 | F:51 | 3.0 | 0.026 | -95.1 | 94.1 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| 3wef | 1 | P37268 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2014-02-12 | SER | A:24 | A:51 | 2.0 | 0.017 | -126.2 | 73.8 | 2.0 | 0.017 | 0.0 |
FPS FPS HOH |
3.196 5.929 4.141 |
OG OG O |
O2B C10 O |
|||
| SER | B:24 | B:51 | 3.0 | 0.026 | -114.5 | 90.9 | 3.0 | 0.026 | 0.0 |
FPS FPS |
3.827 6.715 |
CA OG |
O1A C14 |
||||||||||
| SER | C:24 | C:51 | 4.0 | 0.035 | -108.3 | 81.0 | 4.0 | 0.035 | 0.0 |
FPS HOH |
2.987 4.323 |
OG O |
O2B O |
||||||||||
| SER | D:24 | D:51 | 4.0 | 0.035 | -128.2 | 87.5 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| SER | E:24 | E:51 | 5.0 | 0.043 | -129.3 | 107.6 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| SER | F:24 | F:51 | 2.0 | 0.017 | -121.6 | 123.7 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| 3weg | 1 | P37268 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2014-02-12 | SER | A:24 | A:51 | 18.0 | 0.157 | -104.8 | -94.6 | 18.0 | 0.157 | 0.0 |
FPS FPS HOH |
2.818 6.724 4.666 |
O OG N |
O3B C15 O |
|||
| 3weh | 1 | P37268 | 100.0 | 0.0 |
X-RAY |
2014-02-12 | SER | A:24 | A:51 | 4.0 | 0.035 | -118.9 | 112.7 | 4.0 | 0.035 | 0.0 |
PS7 HOH |
3.761 2.608 |
C O |
OAK O |
|||
| 3wek | 1 | P37268 | 99.71 | 0.0 |
X-RAY |
2014-02-12 | SER | A:24 | A:51 | 8.0 | 0.07 | -122.6 | 100.9 | 8.0 | 0.07 | 0.0 |
PS7 HOH |
3.423 4.065 |
C O |
OAI O |
|||
| 3wei | 1 | P37268 | 99.71 | 0.0 |
X-RAY |
2014-02-12 | SER | A:24 | A:51 | 11.0 | 0.096 | -141.8 | 48.6 | 11.0 | 0.096 | 0.0 |
PS7 HOH |
3.284 3.558 |
OG C |
CAE O |
|||
| 3wej | 1 | P37268 | 99.71 | 0.0 |
X-RAY |
2014-02-12 | SER | A:24 | A:51 | 4.0 | 0.035 | -110.7 | 106.9 | 4.0 | 0.035 | 0.0 |
PS7 HOH |
2.809 4.071 |
OG O |
OAK O |
|||
| 1ezf | 1 | P37268 | 99.12 | 0.0 |
X-RAY |
2000-10-18 | SER | A:21 | A:51 | 10.0 | 0.087 | -128.4 | 125.8 | 10.0 | 0.087 | 0.0 |
IN0 HOH |
4.234 2.768 |
OG O |
O58 O |
|||
| SER | B:21 | B:51 | 8.0 | 0.07 | -138.7 | 111.1 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| SER | C:21 | C:51 | 7.0 | 0.061 | -122.9 | 111.6 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| 3wc9 | 1 | P37268 | 98.82 | 0.0 |
X-RAY |
2014-06-18 | SER | A:41 | A:51 | 11.0 | 0.096 | -141.6 | 69.9 | 11.0 | 0.096 | 0.0 |
FPS HOH |
4.091 5.734 |
OG O |
O2A O |
|||
| SER | B:41 | B:51 | 3.0 | 0.026 | -110.4 | 85.7 | 3.0 | 0.026 | 0.0 |
FPS HOH |
4.901 4.332 |
OG O |
O2A O |
||||||||||
| SER | C:41 | C:51 | 10.0 | 0.087 | -168.0 | 94.1 | 10.0 | 0.087 | 0.0 |
FPS HOH |
4.735 3.637 |
CA CB |
O1B O |
||||||||||
| SER | D:41 | D:51 | 1.0 | 0.009 | -140.9 | 52.0 | 1.0 | 0.009 | 0.0 |
FPS FPS HOH |
4.664 4.665 8.919 |
CA OG C |
O1B C14 O |
||||||||||
| SER | E:41 | E:51 | 5.0 | 0.043 | -86.2 | 53.9 | 5.0 | 0.043 | 0.0 |
FPS HOH |
4.734 5.407 |
CA OG |
O2A O |
||||||||||
| SER | F:41 | F:51 | 10.0 | 0.087 | S | -88.7 | 60.6 | 10.0 | 0.087 | 0.0 |
FPS HOH |
4.948 2.882 |
CA CA |
O2A O |
|||||||||
| 3wcd | 1 | P37268 | 98.82 | 0.0 |
X-RAY |
2014-06-18 | SER | A:41 | A:51 | 8.0 | 0.07 | -71.6 | -155.2 | 8.0 | 0.07 | 0.0 |
RWY HOH |
8.054 3.811 |
CA O |
NAA O |
|||
| SER | B:41 | B:51 | 11.0 | 0.096 | -103.0 | 49.3 | 11.0 | 0.096 | 0.0 |
RWY HOH |
5.069 4.369 |
OG CA |
NAA O |
||||||||||
| SER | C:41 | C:51 | 9.0 | 0.078 | -165.6 | 37.2 | 9.0 | 0.078 | 0.0 |
HOH |
2.913 |
CB |
O |
||||||||||
| SER | D:41 | D:51 | 13.0 | 0.113 | -118.9 | 105.4 | 13.0 | 0.113 | 0.0 |
RWY HOH |
7.533 3.810 |
CB CB |
NAA O |
||||||||||
| SER | E:41 | E:51 | 3.0 | 0.026 | -87.0 | 134.6 | 3.0 | 0.026 | 0.0 |
RWY HOH |
4.611 8.401 |
OG CA |
NAA O |
||||||||||
| SER | F:41 | F:51 | 2.0 | 0.017 | -89.6 | 99.9 | 2.0 | 0.017 | 0.0 |
HOH |
7.023 |
OG |
O |
||||||||||
| 3wcf | 1 | P37268 | 98.82 | 0.0 |
X-RAY |
2014-06-18 | SER | A:41 | A:51 | 3.0 | 0.026 | -128.4 | 98.0 | 3.0 | 0.026 | 0.0 |
BH8 HOH |
7.026 4.018 |
CA CA |
OAB O |
|||
| SER | B:41 | B:51 | 5.0 | 0.043 | -126.5 | 101.3 | 5.0 | 0.043 | 0.0 |
BH8 HOH |
2.923 3.482 |
OG O |
OAG O |
||||||||||
| SER | C:41 | C:51 | 3.0 | 0.026 | -127.1 | 88.6 | 3.0 | 0.026 | 0.0 |
BH8 HOH |
4.023 3.235 |
C OG |
OAC O |
||||||||||
| SER | D:41 | D:51 | 7.0 | 0.061 | -134.6 | 112.2 | 7.0 | 0.061 | 0.0 |
BH8 HOH |
2.960 4.445 |
OG O |
OAF O |
||||||||||
| SER | E:41 | E:51 | 5.0 | 0.043 | -127.4 | 99.7 | 5.0 | 0.043 | 0.0 |
BH8 HOH |
3.160 6.200 |
OG OG |
OAG O |
||||||||||
| SER | F:41 | F:51 | 3.0 | 0.026 | -111.2 | 105.5 | 3.0 | 0.026 | 0.0 |
BH8 HOH |
3.035 5.012 |
OG O |
OAG O |
||||||||||
| 3wch | 1 | P37268 | 98.82 | 0.0 |
X-RAY |
2014-06-18 | SER | A:41 | A:51 | 5.0 | 0.043 | -140.2 | 69.9 | 5.0 | 0.043 | 0.0 |
8PH 8PH 8PH HOH |
9.302 6.205 3.532 7.538 |
N OG CA N |
OAG CAR OAG O |
|||
| SER | B:41 | B:51 | 5.0 | 0.043 | -125.0 | 49.9 | 5.0 | 0.043 | 0.0 |
8PH 8PH HOH |
9.266 5.652 3.284 |
CA OG OG |
OAD CAS O |
||||||||||
| SER | C:41 | C:51 | 2.0 | 0.017 | -117.0 | 92.3 | 2.0 | 0.017 | 0.0 |
8PH HOH |
8.830 3.593 |
CA OG |
OAG O |
||||||||||
| SER | D:41 | D:51 | 7.0 | 0.061 | -121.1 | 84.0 | 7.0 | 0.061 | 0.0 |
8PH HOH |
9.660 3.714 |
OG OG |
CAT O |
||||||||||
| SER | E:41 | E:51 | 5.0 | 0.043 | -123.3 | 88.4 | 5.0 | 0.043 | 0.0 |
8PH HOH |
4.200 3.045 |
OG OG |
OAG O |
||||||||||
| SER | F:41 | F:51 | 6.0 | 0.052 | -121.6 | 72.8 | 6.0 | 0.052 | 0.0 |
8PH 8PH HOH |
8.760 4.288 5.289 |
N C N |
OAG OAF O |
||||||||||
| 3wci | 1 | P37268 | 98.82 | 0.0 |
X-RAY |
2014-06-18 | SER | A:41 | A:51 | 4.0 | 0.035 | -132.4 | 74.8 | 4.0 | 0.035 | 0.0 |
BH5 HOH |
3.412 3.571 |
CA N |
OAB O |
|||
| SER | B:41 | B:51 | 6.0 | 0.052 | -125.0 | 83.0 | 6.0 | 0.052 | 0.0 |
BH5 HOH |
3.244 3.220 |
C O |
OAE O |
||||||||||
| SER | C:41 | C:51 | 4.0 | 0.035 | -123.3 | 126.8 | 4.0 | 0.035 | 0.0 |
BH5 HOH |
3.763 5.070 |
C O |
OAB O |
||||||||||
| SER | D:41 | D:51 | 5.0 | 0.043 | -129.5 | 82.9 | 5.0 | 0.043 | 0.0 |
BH5 HOH |
2.932 3.020 |
CA O |
OAB O |
||||||||||
| SER | E:41 | E:51 | 12.0 | 0.104 | -157.4 | 78.9 | 12.0 | 0.104 | 0.0 |
BH5 HOH |
2.937 4.108 |
C O |
OAE O |
||||||||||
| SER | F:41 | F:51 | 4.0 | 0.035 | -124.5 | 96.4 | 4.0 | 0.035 | 0.0 |
BH5 HOH |
3.474 4.525 |
CA C |
OAB O |
||||||||||
| 3wcj | 1 | P37268 | 98.82 | 0.0 |
X-RAY |
2014-06-18 | SER | A:41 | A:51 | 6.0 | 0.052 | -113.4 | 110.0 | 6.0 | 0.052 | 0.0 |
E5S HOH |
6.667 6.259 |
OG O |
CAI O |
|||
| SER | B:41 | B:51 | 10.0 | 0.087 | -99.5 | 120.4 | 10.0 | 0.087 | 0.0 |
E5S HOH |
6.970 3.130 |
OG O |
CAI O |
||||||||||
| SER | C:41 | C:51 | 5.0 | 0.043 | -129.9 | 100.3 | 5.0 | 0.043 | 0.0 |
E5S HOH |
6.715 3.641 |
OG OG |
CAI O |
||||||||||
| SER | D:41 | D:51 | 5.0 | 0.043 | -105.3 | 101.3 | 5.0 | 0.043 | 0.0 |
E5S HOH |
6.493 3.278 |
OG OG |
CAI O |
||||||||||
| SER | E:41 | E:51 | 11.0 | 0.096 | -108.1 | 128.6 | 11.0 | 0.096 | 0.0 |
E5S HOH |
6.856 3.444 |
OG OG |
CAI O |
||||||||||
| SER | F:41 | F:51 | 7.0 | 0.061 | -101.1 | 126.5 | 7.0 | 0.061 | 0.0 |
E5S HOH |
6.922 3.295 |
OG OG |
CAI O |
||||||||||
| 3wcl | 1 | P37268 | 98.82 | 0.0 |
X-RAY |
2014-06-18 | SER | A:41 | A:51 | 3.0 | 0.026 | -106.7 | 80.6 | 3.0 | 0.026 | 0.0 |
BH3 HOH |
3.266 4.406 |
C O |
OAB O |
|||
| SER | B:41 | B:51 | 9.0 | 0.078 | -102.4 | 115.1 | 6.0 | 0.052 | 0.026 |
A:P37268:0.026 |
HOH |
2.414 |
O |
O |
|||||||||
| SER | C:41 | C:51 | 1.0 | 0.009 | -128.1 | 80.0 | 1.0 | 0.009 | 0.0 |
HOH |
4.029 |
O |
O |
||||||||||
| SER | D:41 | D:51 | 1.0 | 0.009 | -123.4 | 93.4 | 1.0 | 0.009 | 0.0 |
HOH |
3.181 |
OG |
O |
||||||||||
| SER | E:41 | E:51 | 4.0 | 0.035 | -134.4 | 89.0 | 4.0 | 0.035 | 0.0 |
HOH |
3.489 |
OG |
O |
||||||||||
| SER | F:41 | F:51 | 11.0 | 0.096 | -112.4 | 114.7 | 11.0 | 0.096 | 0.0 |
HOH |
3.428 |
OG |
O |
||||||||||
| 3wcm | 1 | P37268 | 98.82 | 0.0 |
X-RAY |
2014-06-18 | SER | A:41 | A:51 | 8.0 | 0.07 | -143.6 | 120.4 | 8.0 | 0.07 | 0.0 |
ER4 HOH |
6.378 2.704 |
OG O |
CAO O |
|||
| SER | B:41 | B:51 | 7.0 | 0.061 | -115.0 | 114.9 | 7.0 | 0.061 | 0.0 |
ER4 HOH |
6.003 2.580 |
OG O |
CAO O |
||||||||||
| SER | C:41 | C:51 | 4.0 | 0.035 | -107.2 | 106.3 | 4.0 | 0.035 | 0.0 |
ER4 HOH |
6.150 3.218 |
OG OG |
CAO O |
||||||||||
| SER | D:41 | D:51 | 6.0 | 0.052 | -113.7 | 113.9 | 6.0 | 0.052 | 0.0 |
ER4 HOH |
5.975 2.895 |
OG OG |
CAO O |
||||||||||
| SER | E:41 | E:51 | 5.0 | 0.043 | -105.3 | 122.5 | 5.0 | 0.043 | 0.0 |
ER4 HOH |
6.180 2.542 |
OG O |
CAO O |
||||||||||
| SER | F:41 | F:51 | 6.0 | 0.052 | -135.8 | 129.1 | 6.0 | 0.052 | 0.0 |
ER4 HOH |
6.390 3.816 |
OG OG |
CAO O |
||||||||||
| 3wsa | 1 | P37268 | 98.82 | 0.0 |
X-RAY |
2015-04-01 | SER | A:41 | A:51 | 3.0 | 0.026 | -106.9 | 92.4 | 3.0 | 0.026 | 0.0 |
RWZ HOH |
7.280 7.190 |
CA OG |
CAM O |
|||
| SER | B:41 | B:51 | 1.0 | 0.009 | -113.9 | 92.6 | 1.0 | 0.009 | 0.0 |
RWZ HOH |
6.452 6.625 |
OG OG |
CAL O |
||||||||||
| SER | C:41 | C:51 | 4.0 | 0.035 | -126.6 | 105.6 | 4.0 | 0.035 | 0.0 |
RWZ HOH |
7.129 6.896 |
OG OG |
CAL O |
||||||||||
| SER | D:41 | D:51 | 13.0 | 0.113 | -101.3 | 176.1 | 13.0 | 0.113 | 0.0 |
HOH |
7.029 |
OG |
O |
||||||||||
| SER | E:41 | E:51 | 6.0 | 0.052 | -157.3 | 95.8 | 6.0 | 0.052 | 0.0 |
RWZ HOH |
6.290 9.057 |
OG CA |
CAL O |
||||||||||
| SER | F:41 | F:51 | 8.0 | 0.07 | -150.5 | 154.5 | 8.0 | 0.07 | 0.0 |
HOH |
7.775 |
OG |
O |
||||||||||
AlphaFold DB
| Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
| af-p37268-f1 | 1 | P37268 | 100.0 | 0.0 | SER | A:51 | A:51 | 17.0 | 0.148 | -154.9 | 126.8 | ||