Variant
| Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr8 | 55014361 | . | G | A | CCDS6157.1:NM_006330.3:c.23aCc>aTc_NP_006321.1:p.8T>I | Homo sapiens lysophospholipase I (LYPLA1), transcript variant 1, mRNA. |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
|
|
|
PDB
| Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
| 5sym | 1 | O75608 | 100.0 | 9e-174 |
X-RAY |
2016-10-26 | THR | A:8 | A:8 | 142.0 | NA | 360.0 | 152.1 | 142.0 | NA | NA |
HOH |
4.549 |
HA |
O |
|||
| THR | B:8 | B:8 | 175.0 | 1.0 | 360.0 | 159.9 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| 6qgs | 1 | O75608 | 100.0 | 9e-174 |
X-RAY |
2020-02-05 | THR | A:11 | B:8 | 131.0 | 0.936 | -85.7 | 111.1 | 131.0 | 0.936 | 0.0 |
HOH |
3.963 |
CG2 |
O |
|||
| THR | B:11 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | C:11 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | D:11 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | E:11 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | F:11 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 6qgo | 1 | O75608 | 99.57 | 3e-173 |
X-RAY |
2020-02-05 | THR | A:11 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| THR | B:11 | C:8 | 56.0 | 0.4 | -82.3 | 141.5 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| 6qgq | 2 | O75608 | 99.57 | 1e-172 |
X-RAY |
2020-02-05 | THR | B:11 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| 6qgn | 1 | O75608 | 99.57 | 1e-172 |
X-RAY |
2020-02-05 | THR | A:11 | A:8 | 165.0 | 1.0 | 360.0 | 91.9 | 165.0 | 1.0 | 0.0 |
HOH |
4.466 |
CG2 |
O |
|||
| THR | B:11 | B:8 | 164.0 | 1.0 | 360.0 | 115.8 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| THR | C:11 | C:8 | 190.0 | 1.0 | 360.0 | 62.2 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| THR | D:11 | D:8 | 178.0 | 1.0 | 360.0 | 82.1 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| 6qgq | 1 | O75608 | 99.57 | 1e-172 |
X-RAY |
2020-02-05 | THR | A:11 | A:8 | 188.0 | 1.0 | 360.0 | 73.4 | 188.0 | 1.0 | 0.0 |
HOH |
4.349 |
C |
O |
|||
| THR | C:11 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| THR | D:11 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 1fj2 | 1 | O75608 | 100.0 | 9e-169 |
X-RAY |
2000-11-29 | THR | A:10 | A:3 | 33.0 | 0.236 | S | -86.3 | 164.9 | 33.0 | 0.236 | 0.0 |
BR BR BR HOH |
4.866 6.160 6.958 3.298 |
OG1 O CB OG1 |
BR BR BR O |
||
| THR | B:10 | B:3 | 37.0 | 0.264 | S | -104.2 | 159.2 | NA | NA | NA | |||||||||||||
AlphaFold DB
| Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
| af-o75608-f1 | 1 | O75608 | 100.0 | 4e-174 | THR | A:8 | A:8 | 88.0 | 0.629 | -51.9 | 131.4 | ||