Variant

Genome Chromosome Position VCF ID Ref Alt mRNA Change mRNA Info
GRCh37 chr9 130912591 . G A CCDS6892.1:NM_005564.3:c.213atG>atA_NP_005555.2:p.71M>I Homo sapiens lipocalin 2 (LCN2), mRNA.
pdb_id: 
label_asym_id: 
label_seq_id: 
label_comp_id: 
auth_asym_id: 
auth_seq_id: 
alphafold_id: 
label_asym_id: 
label_seq_id: 
label_comp_id: 
auth_asym_id: 
auth_seq_id: 

PDB

Entity Residue Monomer BioUnit Ligand View
PDB Entity Uniprot Identity Evalue ExpMethod Date Name Label Auth ASA rASA SS φ ψ ASA rASA ΔASA Interaction Name Distance Atom(p) Atom(l)
3hwe 1 P80188 99.49 4e-148 X-RAY
 2010-06-02 MET A:71 A:51 3.0 0.016 -65.6 149.7 3.0 0.016 0.0 RKS
HOH
 8.436
3.643
 O
CE
 C21
O
MET B:71 B:51 3.0 0.016 -71.2 137.3 NA NA NA
MET C:71 C:51 3.0 0.016 -67.7 146.1 NA NA NA
3hwf 1 P80188 99.49 4e-148 X-RAY
 2010-06-02 MET A:71 A:51 2.0 0.011 -60.4 142.9 2.0 0.011 0.0 SO4
TC2
 9.458
9.582
 C
C
 O1
C5
MET B:71 B:51 3.0 0.016 -68.3 150.2 NA NA NA
MET C:71 C:51 3.0 0.016 -65.4 143.8 NA NA NA
3hwg 1 P80188 99.49 4e-148 X-RAY
 2010-06-02 MET A:71 A:51 2.0 0.011 -58.8 139.6 2.0 0.011 0.0 QED
SO4
SO4
SO4
HOH
 9.052
9.960
8.528
9.462
2.935
 C
O
C
C
O
 C37
O1
O2
O4
O
MET B:71 B:51 4.0 0.022 -67.7 141.6 NA NA NA
MET C:71 C:51 2.0 0.011 -60.4 140.0 NA NA NA
3u0d 1 P80188 99.49 4e-148 X-RAY
 2011-10-12 MET A:71 A:51 3.0 0.016 -56.5 140.5 3.0 0.016 0.0 DBH
HOH
 9.775
2.961
 C
O
 C12
O
MET B:71 B:51 3.0 0.016 -58.8 140.1 NA NA NA
MET C:71 C:51 3.0 0.016 -42.5 143.8 NA NA NA
MET D:71 D:51 3.0 0.016 -51.7 134.2 NA NA NA
3cbc 1 P80188 98.99 1e-147 X-RAY
 2008-09-09 MET A:71 A:51 2.0 0.011 -63.1 139.1 NA NA NA
MET B:71 B:51 4.0 0.022 -71.8 133.8 4.0 0.022 0.0 HOH
 2.724
 O
 O
MET C:71 C:51 2.0 0.011 -63.3 139.3 NA NA NA
3cmp 1 P80188 98.99 3e-147 X-RAY
 2009-05-12 MET A:71 A:51 2.0 0.011 -62.9 143.5 2.0 0.011 0.0 SO4
EB4
HOH
 9.124
9.425
6.646
 C
C
CE
 O1
C12
O
MET B:71 B:51 5.0 0.027 -72.2 141.3 NA NA NA
MET C:71 C:51 3.0 0.016 -63.7 139.3 NA NA NA
3i0a 1 P80188 98.99 3e-147 X-RAY
 2010-06-09 MET A:71 A:51 3.0 0.016 -64.7 144.6 3.0 0.016 0.0 3ET
2DS
HOH
 7.268
9.500
2.800
 C
C
O
 O39
C12
O
MET B:71 B:51 13.0 NA -69.6 148.1 NA NA NA
MET C:71 C:51 2.0 0.011 -62.2 137.3 NA NA NA
3hwd 1 P80188 98.48 1e-146 X-RAY
 2010-06-02 MET A:71 A:51 2.0 0.011 -69.2 136.5 2.0 0.011 0.0 HOH
 7.040
 N
 O
MET B:71 B:51 5.0 0.027 -75.3 142.5 NA NA NA
MET C:71 C:51 4.0 0.022 -68.8 136.0 NA NA NA
3by0 1 P80188 98.48 9e-146 X-RAY
 2008-09-09 MET A:71 A:51 2.0 0.011 -65.2 138.3 2.0 0.011 0.0 DBH
HOH
 9.425
3.736
 C
CE
 C12
O
MET B:71 B:51 1.0 0.005 -66.5 133.3 NA NA NA
MET C:71 C:51 3.0 0.016 -64.8 137.0 NA NA NA
1dfv 1 P80188 100.0 2e-132 X-RAY
 2000-03-06 MET A:51 A:51 2.0 0.011 -75.2 138.2 2.0 0.011 0.0 HOH
 3.770
 CE
 O
MET B:51 B:51 2.0 0.011 -72.5 128.9 NA NA NA
1l6m 1 P80188 98.88 3e-132 X-RAY
 2003-03-11 MET A:53 A:51 3.0 0.016 -55.2 142.4 3.0 0.016 0.0 DBH
HOH
 9.395
2.837
 C
O
 C12
O
MET B:53 B:51 3.0 0.016 -59.9 139.6 NA NA NA
MET C:53 C:51 3.0 0.016 -55.6 141.9 NA NA NA
4k19 1 P80188 98.88 3e-132 X-RAY
 2013-07-31 MET A:53 A:51 2.0 0.011 -59.4 154.4 2.0 0.011 0.0 SO4
1OD
HOH
 8.981
9.272
3.636
 C
C
CE
 O1
C3
O
MET B:53 B:51 11.0 0.059 -69.3 137.9 NA NA NA
MET C:53 C:51 2.0 0.011 -65.0 137.3 NA NA NA
4zfx 1 P80188 98.88 3e-132 X-RAY
 2015-08-05 MET A:53 A:51 2.0 0.011 -63.3 144.0 2.0 0.011 0.0
MET B:53 B:51 2.0 0.011 -64.4 143.4 2.0 0.011 0.0
MET C:53 C:51 3.0 0.016 -63.1 143.0 3.0 0.016 0.0 HOH
 2.743
 O
 O
4zhc 1 P80188 98.88 3e-132 X-RAY
 2015-08-05 MET A:53 A:51 2.0 0.011 -57.2 140.2 2.0 0.011 0.0 TC2
ACT
HOH
 8.409
9.518
2.752
 C
SD
O
 C36
CH3
O
MET B:53 B:51 3.0 0.016 -58.8 139.7 NA NA NA
MET C:53 C:51 3.0 0.016 -57.6 139.9 NA NA NA
4zhd 1 P80188 98.88 3e-132 X-RAY
 2015-08-05 MET A:53 A:51 2.0 0.011 -57.4 141.0 2.0 0.011 0.0 HOH
 2.764
 O
 O
MET B:53 B:51 3.0 0.016 -58.3 140.9 NA NA NA
MET C:53 C:51 3.0 0.016 -58.6 140.4 NA NA NA
4zhf 1 P80188 98.88 3e-132 X-RAY
 2015-08-05 MET A:53 A:51 4.0 0.022 -56.2 140.0 4.0 0.022 0.0 4OL
SO4
HOH
 8.419
9.480
2.674
 C
C
O
 O55
O2
O
MET B:53 B:51 3.0 0.016 -57.1 140.8 NA NA NA
MET C:53 C:51 3.0 0.016 -57.7 140.1 NA NA NA
MET D:53 D:51 3.0 0.016 -57.1 140.1 NA NA NA
MET E:53 E:51 3.0 0.016 -56.6 140.1 NA NA NA
MET F:53 F:51 2.0 0.011 -56.2 140.2 NA NA NA
4zhg 1 P80188 98.88 3e-132 X-RAY
 2015-08-05 MET A:53 A:51 3.0 0.016 -60.9 142.5 3.0 0.016 0.0 4OL
CL
HOH
 8.404
9.770
2.814
 C
C
O
 O55
CL
O
MET B:53 B:51 3.0 0.016 -61.0 143.8 NA NA NA
MET C:53 C:51 3.0 0.016 -61.9 142.6 NA NA NA
MET D:53 D:51 3.0 0.016 -60.8 142.7 NA NA NA
MET E:53 E:51 3.0 0.016 -60.8 143.3 NA NA NA
MET F:53 F:51 3.0 0.016 -61.1 143.1 NA NA NA
4zhh 1 P80188 98.88 3e-132 X-RAY
 2015-08-05 MET A:53 A:51 3.0 0.016 -58.6 142.7 3.0 0.016 0.0 4OL
CL
HOH
 8.458
9.788
2.912
 C
C
O
 O55
CL
O
MET B:53 B:51 3.0 0.016 -61.5 141.5 NA NA NA
MET C:53 C:51 4.0 0.022 -62.2 143.1 NA NA NA
MET D:53 D:51 3.0 0.016 -62.5 143.4 NA NA NA
MET E:53 E:51 2.0 0.011 -60.9 142.9 NA NA NA
MET F:53 F:51 2.0 0.011 -61.0 144.1 NA NA NA
5khp 1 P80188 98.88 3e-132 X-RAY
 2017-04-26 MET A:53 A:51 2.0 0.011 -63.9 137.8 2.0 0.011 0.0 HOH
 9.319
 O
 O
MET B:53 B:51 6.0 0.032 -65.1 137.1 NA NA NA
MET C:53 C:51 2.0 0.011 -66.4 134.8 NA NA NA
5kic 1 P80188 98.88 3e-132 X-RAY
 2017-04-26 MET A:53 A:51 3.0 0.016 -65.0 141.3 3.0 0.016 0.0 4OL
 8.256
 C
 O55
MET B:53 B:51 3.0 0.016 -64.4 141.9 NA NA NA
MET C:53 C:51 3.0 0.016 -64.3 142.0 NA NA NA
5kid 1 P80188 98.88 3e-132 X-RAY
 2017-04-26 MET A:53 A:51 3.0 0.016 -57.9 141.5 3.0 0.016 0.0 CL
HOH
 9.960
2.673
 C
O
 CL
O
MET B:53 B:51 3.0 0.016 -58.4 141.2 NA NA NA
MET C:53 C:51 3.0 0.016 -57.8 141.9 NA NA NA
3tzs 1 P80188 98.88 4e-132 X-RAY
 2011-10-12 MET A:52 A:51 3.0 0.016 -58.4 140.1 3.0 0.016 0.0 HOH
 2.774
 O
 O
MET B:52 B:51 2.0 0.011 -66.4 139.0 NA NA NA
MET C:52 C:51 3.0 0.016 -58.0 139.7 NA NA NA
1x71 1 P80188 99.44 5e-132 X-RAY
 2005-01-18 MET A:51 A:51 3.0 0.016 -54.0 142.3 3.0 0.016 0.0 DB1
HOH
 9.563
3.734
 C
CE
 C10
O
MET B:51 B:51 3.0 0.016 -65.5 145.4 NA NA NA
MET C:51 C:51 2.0 0.011 -64.8 141.5 NA NA NA
1x89 1 P80188 99.44 5e-132 X-RAY
 2005-01-25 MET A:51 A:51 1.0 0.005 -61.9 144.3 1.0 0.005 0.0 CM1
HOH
 9.243
2.719
 C
O
 C34
O
MET B:51 B:51 2.0 0.011 -73.3 151.9 NA NA NA
MET C:51 C:51 2.0 0.011 -67.9 143.8 NA NA NA
1x8u 1 P80188 99.44 5e-132 X-RAY
 2005-01-25 MET A:51 A:51 2.0 0.011 -56.2 144.0 2.0 0.011 0.0 CM2
HOH
 9.208
2.766
 C
O
 C34
O
MET B:51 B:51 2.0 0.011 -66.5 139.8 NA NA NA
MET C:51 C:51 3.0 0.016 -66.7 140.1 NA NA NA
3fw4 1 P80188 99.44 5e-132 X-RAY
 2010-05-05 MET A:51 A:51 2.0 0.011 -59.1 139.1 2.0 0.011 0.0 GOL
HOH
 7.199
3.736
 SD
CE
 O1
O
MET B:51 B:51 6.0 0.032 -121.5 133.3 NA NA NA
MET C:51 C:51 2.0 0.011 -64.2 134.2 NA NA NA
3fw5 1 P80188 99.44 5e-132 X-RAY
 2010-05-05 MET A:51 A:51 1.0 0.005 -59.2 138.6 1.0 0.005 0.0 NA
HOH
 9.950
2.721
 SD
O
 NA
O
MET B:51 B:51 2.0 0.011 -70.4 147.5 NA NA NA
MET C:51 C:51 3.0 0.016 -64.6 134.0 NA NA NA
3k3l 1 P80188 99.44 5e-132 X-RAY
 2010-08-18 MET A:51 A:51 2.0 0.011 -65.1 140.2 2.0 0.011 0.0 DBH
HOH
 9.151
3.801
 C
CE
 O9
O
MET B:51 B:51 70.0 NA 360.0 -159.3 NA NA NA
MET C:51 C:51 2.0 0.011 -65.6 130.2 NA NA NA
3pec 1 P80188 99.44 5e-132 X-RAY
 2011-10-05 MET A:51 A:51 2.0 0.011 -58.2 136.1 2.0 0.011 0.0 HOH
 3.721
 CE
 O
MET B:51 B:51 5.0 0.027 -71.0 142.8 NA NA NA
MET C:51 C:51 2.0 0.011 -62.1 134.7 NA NA NA
3ped 1 P80188 99.44 5e-132 X-RAY
 2011-10-05 MET A:51 A:51 2.0 0.011 -61.0 143.3 2.0 0.011 0.0 ZYF
HOH
 9.194
2.621
 C
O
 C34
O
MET B:51 B:51 2.0 0.011 -66.1 137.6 NA NA NA
MET C:51 C:51 2.0 0.011 -61.8 135.9 NA NA NA
3tf6 1 P80188 98.88 5e-132 X-RAY
 2011-09-07 MET A:52 A:51 2.0 0.011 -55.2 142.2 2.0 0.011 0.0 SO4
HOH
 9.477
2.682
 C
O
 O1
O
MET B:52 B:51 2.0 0.011 -57.3 140.5 NA NA NA
MET C:52 C:51 2.0 0.011 -56.4 141.2 NA NA NA
6o5d 1 P80188 99.43 7e-129 X-RAY
 2019-09-11 MET A:47 A:51 2.0 0.011 -50.4 136.2 2.0 0.011 0.0 HOH
 3.980
 CE
 O
MET B:47 B:51 6.0 0.032 -51.8 136.5 NA NA NA
MET C:47 C:51 2.0 0.011 -52.5 135.5 NA NA NA
5mhh 1 P80188 96.63 1e-127 X-RAY
 2017-10-11 MET A:51 A:51 3.0 0.016 -62.3 141.6 3.0 0.016 0.0 HOH
 3.831
 CE
 O
6qmu 1 P80188 96.63 1e-127 X-RAY
 2019-08-28 MET A:51 A:51 3.0 0.016 -61.4 143.0 3.0 0.016 0.0 ZCQ
HOH
 9.485
2.801
 C
O
 O3
O
MET B:51 B:51 4.0 0.022 -61.5 143.9 NA NA NA
3t1d 1 P80188 97.78 1e-120 X-RAY
 2011-08-17 MET A:71 A:51 3.0 0.016 -56.7 139.6 3.0 0.016 0.0 HOH
 2.574
 O
 O
MET B:71 B:51 2.0 0.011 -57.3 141.6 NA NA NA
MET C:71 C:51 3.0 0.016 -59.7 140.1 NA NA NA
3dsz 1 ? 91.57 4e-120 X-RAY
 2009-05-19 MET A:51 A:51 2.0 0.011 -68.6 148.1 2.0 0.011 0.0 LIZ
HOH
 6.646
2.868
 C
O
 O4
O
MET B:51 B:51 3.0 0.016 -60.7 141.7 NA NA NA
3dtq 1 P80188 91.57 4e-120 X-RAY
 2009-05-12 MET A:51 A:51 2.0 0.011 -59.9 143.8 2.0 0.011 0.0 HOH
 2.459
 O
 O
MET B:51 B:51 2.0 0.011 -60.5 156.8 NA NA NA
MET C:51 C:51 3.0 0.016 -61.2 141.9 NA NA NA
5n47 1 P80188 90.45 6e-118 X-RAY
 2018-02-14 MET A:51 A:51 3.0 0.016 -70.1 149.2 3.0 0.016 0.0
MET C:51 C:51 4.0 0.022 -68.7 140.8 NA NA NA
MET E:51 E:51 3.0 0.016 -80.0 143.5 NA NA NA
1qqs 1 P80188 97.7 4e-116 X-RAY
 2000-04-21 MET A:48 A:51 2.0 0.011 -64.7 148.2 2.0 0.011 0.0 DKA
HOH
 9.947
2.563
 C
O
 O1
O
5jr8 1 P80188 94.38 3e-115 X-RAY
 2016-09-28 MET A:51 A:51 2.0 0.011 -63.6 140.5 2.0 0.011 0.0 HOH
 2.615
 O
 O
MET B:51 B:51 2.0 0.011 -63.9 139.5 NA NA NA
4mvl 1 P80188 89.33 1e-114 X-RAY
 2015-08-12 MET A:51 A:51 2.0 0.011 -78.6 143.4 2.0 0.011 0.0 HOH
 2.902
 O
 O
MET B:51 B:51 2.0 0.011 -67.8 144.5 NA NA NA
MET C:51 C:51 2.0 0.011 -62.1 150.5 NA NA NA
MET D:51 D:51 3.0 0.016 -69.2 135.4 NA NA NA
4mvi 1 P80188 89.33 9e-114 X-RAY
 2015-08-12 MET A:51 A:51 4.0 0.022 -57.7 142.5 4.0 0.022 0.0 HOH
 2.878
 O
 O
4mvk 1 P80188 89.33 9e-114 X-RAY
 2015-08-12 MET A:51 A:51 4.0 0.022 -49.0 141.9 4.0 0.022 0.0 HOH
 2.799
 O
 O
5n48 1 P80188 88.2 1e-113 X-RAY
 2018-02-14 MET A:51 A:51 36.0 0.195 E -97.8 109.2 29.0 0.157 0.038 B:P02751:0.038
 HOH
 2.586
 O
 O
MET C:51 C:51 43.0 0.232 E -98.2 120.4 NA NA NA
4gh7 1 P80188 88.2 1e-113 X-RAY
 2012-12-26 MET A:51 A:51 3.0 0.016 -66.0 145.3 3.0 0.016 0.0
MET C:51 C:51 2.0 0.011 -69.1 139.8 NA NA NA
6s8v 1 P80188 88.2 9e-113 X-RAY
 2020-03-04 MET A:51 A:51 3.0 0.016 -63.8 138.6 3.0 0.016 0.0 HOH
 2.885
 O
 O
MET C:51 C:51 4.0 0.022 -63.4 134.2 NA NA NA
6sua 1 P80188 88.76 2e-112 X-RAY
 2020-06-17 MET A:51 A:51 4.0 0.022 -51.3 141.6 4.0 0.022 0.0 HOH
 2.600
 O
 O
MET C:51 C:51 5.0 0.027 -51.3 141.7 NA NA NA
4iaw 1 P80188 87.08 3e-112 X-RAY
 2013-06-19 MET A:51 A:51 2.0 0.011 -59.6 142.8 2.0 0.011 0.0 LIZ
HOH
 6.884
2.713
 C
O
 O3
O
MET B:51 B:51 3.0 0.016 -59.0 148.8 NA NA NA
MET C:51 C:51 5.0 0.027 -55.3 149.9 NA NA NA
6z2c 1 P80188 88.2 4e-111 X-RAY
 2021-05-26 MET A:51 A:51 10.0 0.054 E -78.4 114.1 10.0 0.054 0.0 Q5E
HOH
 3.589
2.600
 CB
O
 CL3
O
MET B:51 B:51 11.0 0.059 E -78.9 115.0 NA NA NA
MET C:51 C:51 12.0 0.065 E -78.6 114.6 NA NA NA
6z6z 1 P80188 86.52 3e-110 X-RAY
 2021-06-09 MET A:52 A:51 8.0 0.043 -74.1 133.7 8.0 0.043 0.0 HOH
 2.859
 N
 O
4qae 2 P80188 85.39 3e-109 X-RAY
 2015-05-06 MET G:51 A:51 2.0 0.011 -56.1 138.4 2.0 0.011 0.0 MPD
HOH
 7.126
3.710
 O
CE
 C5
O
MET H:51 B:51 1.0 0.005 -62.0 140.0 NA NA NA
MET I:51 C:51 1.0 0.005 -61.1 140.1 NA NA NA
MET J:51 D:51 2.0 0.011 -60.1 140.4 NA NA NA
MET K:51 E:51 1.0 0.005 -64.1 137.5 NA NA NA
MET L:51 F:51 2.0 0.011 -60.1 137.6 NA NA NA
3bx7 2 ? 83.15 4e-108 X-RAY
 2009-01-20 MET B:51 A:51 3.0 0.016 -71.6 148.5 3.0 0.016 0.0 HOH
 2.890
 O
 O
3bx8 1 ? 83.15 4e-108 X-RAY
 2009-01-20 MET A:51 A:51 2.0 0.011 -69.0 146.3 2.0 0.011 0.0 HOH
 2.926
 O
 O
MET B:51 B:51 2.0 0.011 -69.9 146.1 NA NA NA
MET C:51 C:51 3.0 0.016 -68.7 146.0 NA NA NA
MET D:51 D:51 2.0 0.011 -68.9 146.2 NA NA NA
MET E:51 E:51 2.0 0.011 -69.7 145.6 NA NA NA
MET F:51 F:51 2.0 0.011 -68.7 145.8 NA NA NA
MET G:51 G:51 2.0 0.011 -69.1 146.0 NA NA NA
MET H:51 H:51 2.0 0.011 -69.5 146.4 NA NA NA
5nkn 1 P80188 86.21 2e-106 X-RAY
 2018-04-04 MET A:47 A:51 13.0 0.07 E -138.5 131.8 13.0 0.07 0.0 LOC
HOH
 4.521
2.663
 CE
O
 C2
O
6gqz 1 P80188 85.63 7e-106 X-RAY
 2018-08-15 MET A:47 A:51 2.0 0.011 -63.9 142.3 2.0 0.011 0.0 HOH
 2.793
 O
 O
MET B:47 B:51 2.0 0.011 -60.2 144.8 NA NA NA
6gr0 1 P80188 85.63 7e-106 X-RAY
 2018-08-15 MET A:47 A:51 2.0 0.011 -61.8 143.8 2.0 0.011 0.0 F8W
HOH
 6.945
2.605
 C
O
 CAL
O
MET B:47 B:51 3.0 0.016 -61.6 143.8 NA NA NA
MET C:47 C:51 3.0 0.016 -60.9 143.8 NA NA NA
4iax 1 P80188 81.46 3e-103 X-RAY
 2013-06-19 LEU A:51 A:51 0.0 0.0 -64.2 139.1 0.0 0.0 0.0 LIZ
HOH
 6.881
2.841
 C
O
 O3
O

AlphaFold DB

Entity Residue Monomer View
ID Entity Uniprot Identity Evalue Name Label Auth ASA rASA SS φ ψ
af-p80188-f1 1 P80188 100.0 1e-149 MET A:71 A:71 2.0 0.011 -58.1 144.5