Variant

Genome Chromosome Position VCF ID Ref Alt mRNA Change mRNA Info
GRCh37 chr9 130914504 . T A CCDS6892.1:NM_005564.3:c.518aTc>aAc_NP_005555.2:p.173I>N Homo sapiens lipocalin 2 (LCN2), mRNA.
pdb_id
label_asym_id
label_seq_id
label_comp_id
auth_asym_id
auth_seq_id
alphafold_id
label_asym_id
label_seq_id
label_comp_id
auth_asym_id
auth_seq_id

PDB

Entity Residue Monomer BioUnit Ligand View
PDB Entity Uniprot Identity Evalue ExpMethod Date Name Label Auth ASA rASA SS φ ψ ASA rASA ΔASA Interaction Name Distance Atom(p) Atom(l)
3hwe 1 P80188 99.49 4e-148 X-RAY
2010-06-02 ILE A:173 A:153 20.0 0.114 H -56.2 -46.1 20.0 0.114 0.0 HOH
3.647
CD1
O
ILE B:173 B:153 58.0 0.331 H -62.4 -49.5 NA NA NA
ILE C:173 C:153 34.0 0.194 H -64.9 -39.9 NA NA NA
3hwf 1 P80188 99.49 4e-148 X-RAY
2010-06-02 ILE A:173 A:153 44.0 0.251 H -63.0 -39.3 44.0 0.251 0.0
ILE B:173 B:153 51.0 NA H -62.5 -49.9 NA NA NA
ILE C:173 C:153 30.0 0.171 H -63.4 -39.9 NA NA NA
3hwg 1 P80188 99.49 4e-148 X-RAY
2010-06-02 ILE A:173 A:153 34.0 0.194 H -62.5 -46.2 34.0 0.194 0.0 NA
HOH
8.725
4.956
CG2
O
NA
O
ILE B:173 B:153 54.0 0.309 H -65.0 -53.1 NA NA NA
ILE C:173 C:153 25.0 0.143 H -62.8 -46.3 NA NA NA
3u0d 1 P80188 99.49 4e-148 X-RAY
2011-10-12 ILE A:173 A:153 34.0 0.194 H -68.5 -42.9 34.0 0.194 0.0 HOH
4.234
CB
O
ILE B:173 B:153 39.0 0.223 H -59.6 -56.8 NA NA NA
ILE C:173 C:153 21.0 0.12 H -58.2 -58.7 NA NA NA
ILE D:173 D:153 39.0 0.223 H -62.2 -46.9 NA NA NA
3cbc 1 P80188 98.99 1e-147 X-RAY
2008-09-09 ILE A:173 A:153 12.0 0.069 H -61.9 -47.3 NA NA NA
ILE B:173 B:153 54.0 0.309 H -61.7 -43.9 54.0 0.309 0.0 HOH
9.362
N
O
ILE C:173 C:153 30.0 0.171 H -60.6 -45.1 NA NA NA
3cmp 1 P80188 98.99 3e-147 X-RAY
2009-05-12 ILE A:173 A:153 50.0 0.286 H -64.3 -42.3 50.0 0.286 0.0 HOH
5.238
O
O
ILE B:173 B:153 87.0 0.497 H -66.0 -31.1 NA NA NA
ILE C:173 C:153 17.0 0.097 H -65.7 -39.1 NA NA NA
3i0a 1 P80188 98.99 3e-147 X-RAY
2010-06-09 ILE A:173 A:153 42.0 0.24 H -59.9 -45.4 42.0 0.24 0.0 HOH
3.792
CG2
O
ILE B:173 B:153 45.0 NA H -68.3 -29.3 NA NA NA
ILE C:173 C:153 49.0 0.28 H -67.2 -50.3 NA NA NA
3hwd 1 P80188 98.48 1e-146 X-RAY
2010-06-02 ILE A:173 A:153 50.0 0.286 H -63.5 -40.3 50.0 0.286 0.0 HOH
5.399
O
O
ILE B:173 B:153 41.0 NA H -65.0 -33.2 NA NA NA
ILE C:173 C:153 40.0 0.229 H -62.5 -41.6 NA NA NA
3by0 1 P80188 98.48 9e-146 X-RAY
2008-09-09 ILE A:173 A:153 18.0 0.103 H -63.6 -43.9 18.0 0.103 0.0 HOH
4.259
CD1
O
ILE B:173 B:153 48.0 0.274 H -65.5 -38.8 NA NA NA
ILE C:173 C:153 22.0 0.126 H -65.4 -45.2 NA NA NA
1dfv 1 P80188 100.0 2e-132 X-RAY
2000-03-06 ILE A:153 A:153 27.0 0.154 H -63.5 -40.9 27.0 0.154 0.0 HOH
4.434
CD1
O
ILE B:153 B:153 31.0 0.177 H -68.6 -42.6 NA NA NA
1l6m 1 P80188 98.88 3e-132 X-RAY
2003-03-11 ILE A:155 A:153 24.0 0.137 H -66.9 -42.5 24.0 0.137 0.0
ILE B:155 B:153 15.0 0.086 H -56.3 -58.5 NA NA NA
ILE C:155 C:153 27.0 0.154 H -62.3 -40.9 NA NA NA
4k19 1 P80188 98.88 3e-132 X-RAY
2013-07-31 ILE A:155 A:153 30.0 0.171 H -58.1 -49.3 30.0 0.171 0.0 HOH
5.472
O
O
ILE B:155 B:153 88.0 0.503 H -61.5 -44.0 NA NA NA
ILE C:155 C:153 31.0 0.177 H -58.3 -46.6 NA NA NA
4zfx 1 P80188 98.88 3e-132 X-RAY
2015-08-05 ILE A:155 A:153 33.0 0.189 H -62.9 -47.3 33.0 0.189 0.0
ILE B:155 B:153 33.0 0.189 H -64.3 -47.8 33.0 0.189 0.0
ILE C:155 C:153 51.0 0.291 H -63.9 -46.5 51.0 0.291 0.0 HOH
7.997
CG2
O
4zhc 1 P80188 98.88 3e-132 X-RAY
2015-08-05 ILE A:155 A:153 22.0 0.126 H -61.7 -48.6 22.0 0.126 0.0 HOH
7.917
CG2
O
ILE B:155 B:153 54.0 0.309 H -62.6 -48.6 NA NA NA
ILE C:155 C:153 28.0 0.16 H -62.6 -48.8 NA NA NA
4zhd 1 P80188 98.88 3e-132 X-RAY
2015-08-05 ILE A:155 A:153 34.0 0.194 H -61.3 -45.1 34.0 0.194 0.0 HOH
4.992
O
O
ILE B:155 B:153 30.0 0.171 H -61.8 -46.3 NA NA NA
ILE C:155 C:153 40.0 0.229 H -62.3 -45.8 NA NA NA
4zhf 1 P80188 98.88 3e-132 X-RAY
2015-08-05 ILE A:155 A:153 11.0 0.063 H -62.9 -44.3 11.0 0.063 0.0 HOH
3.810
CB
O
ILE B:155 B:153 35.0 0.2 H -63.3 -43.9 NA NA NA
ILE C:155 C:153 30.0 0.171 H -63.5 -44.0 NA NA NA
ILE D:155 D:153 15.0 0.086 H -64.6 -43.9 NA NA NA
ILE E:155 E:153 11.0 0.063 H -63.6 -43.4 NA NA NA
ILE F:155 F:153 12.0 0.069 H -62.8 -44.0 NA NA NA
4zhg 1 P80188 98.88 3e-132 X-RAY
2015-08-05 ILE A:155 A:153 12.0 0.069 H -62.7 -45.4 12.0 0.069 0.0 HOH
3.782
CG2
O
ILE B:155 B:153 33.0 0.189 H -60.0 -46.5 NA NA NA
ILE C:155 C:153 32.0 0.183 H -62.3 -45.7 NA NA NA
ILE D:155 D:153 18.0 0.103 H -62.8 -45.7 NA NA NA
ILE E:155 E:153 13.0 0.074 H -61.0 -44.7 NA NA NA
ILE F:155 F:153 13.0 0.074 H -59.7 -46.4 NA NA NA
4zhh 1 P80188 98.88 3e-132 X-RAY
2015-08-05 ILE A:155 A:153 15.0 0.086 H -64.4 -45.3 15.0 0.086 0.0 HOH
5.113
O
O
ILE B:155 B:153 31.0 0.177 H -61.3 -47.6 NA NA NA
ILE C:155 C:153 22.0 0.126 H -63.1 -46.5 NA NA NA
ILE D:155 D:153 11.0 0.063 H -64.4 -44.7 NA NA NA
ILE E:155 E:153 13.0 0.074 H -62.6 -46.3 NA NA NA
ILE F:155 F:153 12.0 0.069 H -65.4 -44.8 NA NA NA
5khp 1 P80188 98.88 3e-132 X-RAY
2017-04-26 ILE A:155 A:153 38.0 0.217 H -63.9 -47.7 38.0 0.217 0.0 HOH
8.280
CG2
O
ILE B:155 B:153 39.0 0.223 H -63.9 -46.0 NA NA NA
ILE C:155 C:153 41.0 0.234 H -61.2 -44.9 NA NA NA
5kic 1 P80188 98.88 3e-132 X-RAY
2017-04-26 ILE A:155 A:153 8.0 0.046 H -64.4 -42.9 8.0 0.046 0.0
ILE B:155 B:153 11.0 0.063 H -63.5 -43.9 NA NA NA
ILE C:155 C:153 50.0 0.286 H -64.0 -42.9 NA NA NA
5kid 1 P80188 98.88 3e-132 X-RAY
2017-04-26 ILE A:155 A:153 41.0 0.234 H -66.3 -48.7 41.0 0.234 0.0 HOH
4.480
CD1
O
ILE B:155 B:153 32.0 0.183 H -67.0 -47.4 NA NA NA
ILE C:155 C:153 34.0 0.194 H -67.9 -47.4 NA NA NA
3tzs 1 P80188 98.88 4e-132 X-RAY
2011-10-12 ILE A:154 A:153 53.0 0.303 H -57.7 -47.8 53.0 0.303 0.0 HOH
4.316
CD1
O
ILE B:154 B:153 38.0 0.217 H -60.6 -47.8 NA NA NA
ILE C:154 C:153 48.0 0.274 H -59.6 -48.0 NA NA NA
1x71 1 P80188 99.44 5e-132 X-RAY
2005-01-18 ILE A:153 A:153 18.0 0.103 H -69.0 -42.0 18.0 0.103 0.0 HOH
8.675
CD1
O
ILE B:153 B:153 34.0 0.194 H -59.3 -47.7 NA NA NA
ILE C:153 C:153 37.0 0.211 H -62.6 -44.3 NA NA NA
1x89 1 P80188 99.44 5e-132 X-RAY
2005-01-25 ILE A:153 A:153 25.0 0.143 H -62.5 -40.7 25.0 0.143 0.0 HOH
5.431
O
O
ILE B:153 B:153 48.0 0.274 H -72.3 -43.2 NA NA NA
ILE C:153 C:153 52.0 0.297 H -59.6 -44.8 NA NA NA
1x8u 1 P80188 99.44 5e-132 X-RAY
2005-01-25 ILE A:153 A:153 37.0 0.211 H -62.1 -42.0 37.0 0.211 0.0 HOH
5.653
O
O
ILE B:153 B:153 44.0 0.251 H -71.5 -40.5 NA NA NA
ILE C:153 C:153 49.0 0.28 H -63.8 -44.1 NA NA NA
3fw4 1 P80188 99.44 5e-132 X-RAY
2010-05-05 ILE A:153 A:153 48.0 0.274 H -63.4 -40.5 48.0 0.274 0.0 HOH
4.082
CG2
O
ILE B:153 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
ILE C:153 C:153 27.0 0.154 H -61.7 -46.6 NA NA NA
3fw5 1 P80188 99.44 5e-132 X-RAY
2010-05-05 ILE A:153 A:153 29.0 0.166 H -61.1 -45.4 29.0 0.166 0.0 HOH
4.109
CD1
O
ILE B:153 B:153 60.0 0.343 H -67.4 -38.7 NA NA NA
ILE C:153 C:153 27.0 0.154 H -62.5 -49.9 NA NA NA
3k3l 1 P80188 99.44 5e-132 X-RAY
2010-08-18 ILE A:153 A:153 30.0 0.171 H -63.0 -43.6 30.0 0.171 0.0 HOH
4.015
CG2
O
ILE B:153 B:153 114.0 0.651 H -59.5 -39.6 NA NA NA
ILE C:153 C:153 24.0 0.137 H -60.5 -41.5 NA NA NA
3pec 1 P80188 99.44 5e-132 X-RAY
2011-10-05 ILE A:153 A:153 32.0 0.183 H -60.0 -47.0 32.0 0.183 0.0 SO4
HOH
3.180
3.720
CD1
CG2
O3
O
ILE B:153 B:153 59.0 0.337 H -65.1 -46.0 NA NA NA
ILE C:153 C:153 33.0 0.189 H -60.3 -46.6 NA NA NA
3ped 1 P80188 99.44 5e-132 X-RAY
2011-10-05 ILE A:153 A:153 39.0 0.223 H -62.0 -46.0 39.0 0.223 0.0 HOH
8.790
CD1
O
ILE B:153 B:153 43.0 0.246 H -55.1 -49.7 NA NA NA
ILE C:153 C:153 57.0 0.326 H -56.7 -50.4 NA NA NA
3tf6 1 P80188 98.88 5e-132 X-RAY
2011-09-07 ILE A:154 A:153 52.0 0.297 H -62.2 -47.5 52.0 0.297 0.0 HOH
5.259
O
O
ILE B:154 B:153 43.0 0.246 H -62.3 -47.0 NA NA NA
ILE C:154 C:153 51.0 0.291 H -61.8 -47.1 NA NA NA
6o5d 1 P80188 99.43 7e-129 X-RAY
2019-09-11 ILE A:149 A:153 12.0 0.069 H -58.2 -52.0 12.0 0.069 0.0
ILE B:149 B:153 72.0 0.411 H -59.5 -51.3 NA NA NA
ILE C:149 C:153 35.0 0.2 H -59.0 -51.4 NA NA NA
5mhh 1 P80188 96.63 1e-127 X-RAY
2017-10-11 ILE A:153 A:153 34.0 0.194 H -61.3 -50.9 34.0 0.194 0.0 HOH
6.278
CG1
O
6qmu 1 P80188 96.63 1e-127 X-RAY
2019-08-28 ILE A:153 A:153 19.0 0.109 H -59.4 -46.9 19.0 0.109 0.0 HOH
3.671
CD1
O
ILE B:153 B:153 30.0 0.171 H -60.5 -46.4 NA NA NA
3t1d 1 P80188 97.78 1e-120 X-RAY
2011-08-17 ILE A:173 A:153 21.0 0.12 H -62.6 -47.8 21.0 0.12 0.0 CL
HOH
7.790
3.610
CG2
CD1
CL
O
ILE B:173 B:153 13.0 0.074 H -62.9 -49.4 NA NA NA
ILE C:173 C:153 33.0 0.189 H -65.8 -48.5 NA NA NA
3dsz 1 ? 91.57 4e-120 X-RAY
2009-05-19 ILE A:153 A:153 12.0 0.069 H -64.4 -45.5 12.0 0.069 0.0 HOH
3.929
CD1
O
ILE B:153 B:153 15.0 0.086 H -63.1 -45.0 NA NA NA
3dtq 1 P80188 91.57 4e-120 X-RAY
2009-05-12 ILE A:153 A:153 18.0 0.103 H -60.6 -44.5 18.0 0.103 0.0 HOH
4.376
CG2
O
ILE B:153 B:153 34.0 0.194 H -63.4 -55.5 NA NA NA
ILE C:153 C:153 36.0 0.206 H -63.9 -45.8 NA NA NA
5n47 1 P80188 90.45 6e-118 X-RAY
2018-02-14 ILE A:153 A:153 20.0 0.114 H -60.9 -46.3 20.0 0.114 0.0
ILE C:153 C:153 25.0 0.143 H -55.5 -48.4 NA NA NA
ILE E:153 E:153 21.0 0.12 H -64.1 -51.2 NA NA NA
1qqs 1 P80188 97.7 4e-116 X-RAY
2000-04-21 ILE A:150 A:153 19.0 0.109 H -52.7 -37.3 19.0 0.109 0.0 HOH
3.601
CD1
O
5jr8 1 P80188 94.38 3e-115 X-RAY
2016-09-28 ILE A:153 A:153 16.0 0.091 H -61.4 -44.7 16.0 0.091 0.0 HOH
5.665
O
O
ILE B:153 B:153 42.0 0.24 H -62.6 -45.8 NA NA NA
4mvl 1 P80188 89.33 1e-114 X-RAY
2015-08-12 ILE A:153 A:153 22.0 0.126 H -56.5 -49.4 22.0 0.126 0.0 HOH
3.878
CD1
O
ILE B:153 B:153 30.0 0.171 H -56.8 -50.5 NA NA NA
ILE C:153 C:153 27.0 0.154 H -58.3 -54.5 NA NA NA
ILE D:153 D:153 26.0 0.149 H -68.9 -42.3 NA NA NA
4mvi 1 P80188 89.33 9e-114 X-RAY
2015-08-12 ILE A:153 A:153 40.0 0.229 H -63.3 -44.9 40.0 0.229 0.0 HOH
3.851
CB
O
4mvk 1 P80188 89.33 9e-114 X-RAY
2015-08-12 ILE A:153 A:153 40.0 0.229 H -61.1 -45.8 40.0 0.229 0.0 HOH
3.781
CD1
O
5n48 1 P80188 88.2 1e-113 X-RAY
2018-02-14 ILE A:153 A:153 44.0 0.251 H -51.2 -51.1 44.0 0.251 0.0 HOH
4.574
CD1
O
ILE C:153 C:153 37.0 0.211 H -56.3 -48.5 NA NA NA
4gh7 1 P80188 88.2 1e-113 X-RAY
2012-12-26 ILE A:153 A:153 32.0 0.183 H -58.2 -52.4 32.0 0.183 0.0 HOH
4.064
CD1
O
ILE C:153 C:153 26.0 0.149 H -60.8 -49.5 NA NA NA
6s8v 1 P80188 88.2 9e-113 X-RAY
2020-03-04 ILE A:153 A:153 16.0 0.091 H -61.6 -44.1 16.0 0.091 0.0 EDO
HOH
7.343
3.477
N
CD1
C1
O
ILE C:153 C:153 26.0 0.149 H -63.6 -46.7 NA NA NA
6sua 1 P80188 88.76 2e-112 X-RAY
2020-06-17 ILE A:153 A:153 35.0 0.2 H -64.1 -51.2 35.0 0.2 0.0
ILE C:153 C:153 43.0 0.246 H -64.0 -51.2 NA NA NA
4iaw 1 P80188 87.08 3e-112 X-RAY
2013-06-19 ILE A:153 A:153 41.0 0.234 H -57.7 -49.2 41.0 0.234 0.0 HOH
3.984
CG2
O
ILE B:153 B:153 26.0 0.149 H -57.5 -45.1 NA NA NA
ILE C:153 C:153 32.0 0.183 H -62.6 -37.9 NA NA NA
6z2c 1 P80188 88.2 4e-111 X-RAY
2021-05-26 ILE A:153 A:153 34.0 0.194 H -59.7 -46.7 34.0 0.194 0.0 HOH
5.164
O
O
ILE B:153 B:153 51.0 0.291 H -59.7 -47.4 NA NA NA
ILE C:153 C:153 34.0 0.194 H -59.1 -46.3 NA NA NA
6z6z 1 P80188 86.52 3e-110 X-RAY
2021-06-09 ILE A:154 A:153 50.0 0.286 H -63.8 -42.5 50.0 0.286 0.0 HOH
9.924
N
O
4qae 2 P80188 85.39 3e-109 X-RAY
2015-05-06 ILE G:153 A:153 45.0 0.257 H -58.0 -47.2 45.0 0.257 0.0 HOH
6.313
N
O
ILE H:153 B:153 46.0 0.263 H -60.9 -50.2 NA NA NA
ILE I:153 C:153 51.0 0.291 H -60.6 -49.5 NA NA NA
ILE J:153 D:153 33.0 0.189 H -60.3 -48.5 NA NA NA
ILE K:153 E:153 38.0 0.217 H -61.3 -50.9 NA NA NA
ILE L:153 F:153 46.0 0.263 H -59.8 -47.4 NA NA NA
3bx7 2 ? 83.15 4e-108 X-RAY
2009-01-20 ILE B:153 A:153 16.0 0.091 H -63.8 -45.5 16.0 0.091 0.0 HOH
6.231
N
O
3bx8 1 ? 83.15 4e-108 X-RAY
2009-01-20 ILE A:153 A:153 27.0 0.154 H -66.0 -39.7 27.0 0.154 0.0 HOH
3.533
CD1
O
ILE B:153 B:153 13.0 0.074 H -66.0 -47.4 NA NA NA
ILE C:153 C:153 27.0 0.154 H -67.6 -43.5 NA NA NA
ILE D:153 D:153 17.0 0.097 H -64.0 -48.4 NA NA NA
ILE E:153 E:153 32.0 0.183 H -62.9 -40.7 NA NA NA
ILE F:153 F:153 33.0 0.189 H -56.1 -42.8 NA NA NA
ILE G:153 G:153 32.0 0.183 H -65.4 -39.1 NA NA NA
ILE H:153 H:153 31.0 0.177 H -68.0 -42.9 NA NA NA
5nkn 1 P80188 86.21 2e-106 X-RAY
2018-04-04 ILE A:149 A:153 21.0 0.12 H -60.4 -43.9 21.0 0.12 0.0 HOH
5.096
O
O
6gqz 1 P80188 85.63 7e-106 X-RAY
2018-08-15 ILE A:149 A:153 30.0 0.171 H -58.1 -49.7 30.0 0.171 0.0 HOH
4.021
CG2
O
ILE B:149 B:153 26.0 0.149 H -58.2 -48.4 NA NA NA
6gr0 1 P80188 85.63 7e-106 X-RAY
2018-08-15 ILE A:149 A:153 21.0 0.12 H -60.4 -46.4 21.0 0.12 0.0 HOH
8.883
CD1
O
ILE B:149 B:153 32.0 0.183 H -60.5 -46.3 NA NA NA
ILE C:149 C:153 18.0 0.103 H -61.0 -45.5 NA NA NA
4iax 1 P80188 81.46 3e-103 X-RAY
2013-06-19 ILE A:153 A:153 33.0 0.189 H -58.9 -49.7 33.0 0.189 0.0 HOH
5.136
O
O

AlphaFold DB

Entity Residue Monomer View
ID Entity Uniprot Identity Evalue Name Label Auth ASA rASA SS φ ψ
af-p80188-f1 1 P80188 100.0 1e-149 ILE A:173 A:173 36.0 0.206 H -61.6 -48.9