Variant

Genome Chromosome Position VCF ID Ref Alt mRNA Change mRNA Info
GRCh37 chr9 130914562 . C A CCDS6892.1:NM_005564.3:c.576atC>atA_NP_005555.2:p.192I>I Homo sapiens lipocalin 2 (LCN2), mRNA.
pdb_id
label_asym_id
label_seq_id
label_comp_id
auth_asym_id
auth_seq_id
alphafold_id
label_asym_id
label_seq_id
label_comp_id
auth_asym_id
auth_seq_id

PDB

Entity Residue Monomer BioUnit Ligand View
PDB Entity Uniprot Identity Evalue ExpMethod Date Name Label Auth ASA rASA SS φ ψ ASA rASA ΔASA Interaction Name Distance Atom(p) Atom(l)
3hwe 1 P80188 99.49 4e-148 X-RAY
2010-06-02 ILE A:192 A:172 21.0 0.12 -135.4 173.8 21.0 0.12 0.0 RKS
HOH
9.469
7.463
CD1
O
C21
O
ILE B:192 B:172 19.0 0.109 -143.2 162.6 NA NA NA
ILE C:192 C:172 28.0 0.16 -141.2 168.3 NA NA NA
3hwf 1 P80188 99.49 4e-148 X-RAY
2010-06-02 ILE A:192 A:172 16.0 0.091 -135.1 165.2 16.0 0.091 0.0 HOH
8.912
O
O
ILE B:192 B:172 28.0 0.16 -134.5 177.4 NA NA NA
ILE C:192 C:172 20.0 0.114 -142.8 173.6 NA NA NA
3hwg 1 P80188 99.49 4e-148 X-RAY
2010-06-02 ILE A:192 A:172 21.0 0.12 -132.7 170.3 21.0 0.12 0.0 GOL
HOH
8.755
3.521
O
CA
O2
O
ILE B:192 B:172 24.0 0.137 -139.5 169.2 NA NA NA
ILE C:192 C:172 16.0 0.091 -135.6 168.2 NA NA NA
3u0d 1 P80188 99.49 4e-148 X-RAY
2011-10-12 ILE A:192 A:172 19.0 0.109 -132.5 164.9 19.0 0.109 0.0 HOH
3.342
CG2
O
ILE B:192 B:172 18.0 0.103 -139.3 169.1 NA NA NA
ILE C:192 C:172 17.0 0.097 -134.5 166.8 NA NA NA
ILE D:192 D:172 22.0 0.126 -139.2 164.5 NA NA NA
3cbc 1 P80188 98.99 1e-147 X-RAY
2008-09-09 ILE A:192 A:172 19.0 0.109 -131.8 166.8 NA NA NA
ILE B:192 B:172 23.0 0.131 -140.4 167.2 23.0 0.131 0.0 HOH
3.414
CD1
O
ILE C:192 C:172 18.0 0.103 -133.2 168.4 NA NA NA
3cmp 1 P80188 98.99 3e-147 X-RAY
2009-05-12 ILE A:192 A:172 21.0 0.12 -136.1 166.9 21.0 0.12 0.0 HOH
3.430
C
O
ILE B:192 B:172 29.0 0.166 -140.1 172.7 NA NA NA
ILE C:192 C:172 18.0 0.103 -133.0 166.2 NA NA NA
3i0a 1 P80188 98.99 3e-147 X-RAY
2010-06-09 ILE A:192 A:172 18.0 0.103 -130.8 168.5 18.0 0.103 0.0 3ET
HOH
9.132
3.390
CD1
CA
O39
O
ILE B:192 B:172 38.0 NA -154.1 -173.8 NA NA NA
ILE C:192 C:172 18.0 0.103 -132.6 170.7 NA NA NA
3hwd 1 P80188 98.48 1e-146 X-RAY
2010-06-02 ILE A:192 A:172 21.0 0.12 -140.4 165.7 21.0 0.12 0.0 HOH
7.856
CD1
O
ILE B:192 B:172 20.0 NA -151.8 168.7 NA NA NA
ILE C:192 C:172 33.0 0.189 -141.8 164.2 NA NA NA
3by0 1 P80188 98.48 9e-146 X-RAY
2008-09-09 ILE A:192 A:172 20.0 0.114 -136.7 170.5 20.0 0.114 0.0 HOH
3.612
CA
O
ILE B:192 B:172 24.0 0.137 -141.4 -179.5 NA NA NA
ILE C:192 C:172 27.0 0.154 -133.6 166.9 NA NA NA
1dfv 1 P80188 100.0 2e-132 X-RAY
2000-03-06 ILE A:172 A:172 16.0 0.091 -138.7 169.7 16.0 0.091 0.0 HOH
8.253
N
O
ILE B:172 B:172 16.0 0.091 -137.8 179.2 NA NA NA
1l6m 1 P80188 98.88 3e-132 X-RAY
2003-03-11 ILE A:174 A:172 19.0 0.109 -134.7 173.7 19.0 0.109 0.0 HOH
3.837
CD1
O
ILE B:174 B:172 21.0 0.12 -141.4 177.7 NA NA NA
ILE C:174 C:172 27.0 0.154 -139.1 173.7 NA NA NA
4k19 1 P80188 98.88 3e-132 X-RAY
2013-07-31 ILE A:174 A:172 17.0 0.097 -134.4 167.9 17.0 0.097 0.0 HOH
8.142
N
O
ILE B:174 B:172 32.0 NA -147.8 -178.8 NA NA NA
ILE C:174 C:172 26.0 0.149 -136.2 166.3 NA NA NA
4zfx 1 P80188 98.88 3e-132 X-RAY
2015-08-05 ILE A:174 A:172 23.0 0.131 -141.4 171.3 23.0 0.131 0.0
ILE B:174 B:172 23.0 0.131 -140.2 171.1 23.0 0.131 0.0
ILE C:174 C:172 23.0 0.131 -139.4 171.0 23.0 0.131 0.0 HOH
4.120
CD1
O
4zhc 1 P80188 98.88 3e-132 X-RAY
2015-08-05 ILE A:174 A:172 21.0 0.12 -132.9 171.3 21.0 0.12 0.0 ACT
HOH
7.395
3.357
O
C
CH3
O
ILE B:174 B:172 28.0 0.16 -134.4 171.7 NA NA NA
ILE C:174 C:172 20.0 0.114 -133.8 172.1 NA NA NA
4zhd 1 P80188 98.88 3e-132 X-RAY
2015-08-05 ILE A:174 A:172 22.0 0.126 -134.8 172.2 22.0 0.126 0.0 HOH
3.570
CA
O
ILE B:174 B:172 20.0 0.114 -137.8 172.7 NA NA NA
ILE C:174 C:172 20.0 0.114 -136.6 172.2 NA NA NA
4zhf 1 P80188 98.88 3e-132 X-RAY
2015-08-05 ILE A:174 A:172 22.0 0.126 -137.9 169.6 22.0 0.126 0.0 HOH
3.769
CD1
O
ILE B:174 B:172 22.0 0.126 -139.0 170.2 NA NA NA
ILE C:174 C:172 21.0 0.12 -139.0 170.0 NA NA NA
ILE D:174 D:172 22.0 0.126 -138.2 171.4 NA NA NA
ILE E:174 E:172 21.0 0.12 -139.5 171.7 NA NA NA
ILE F:174 F:172 21.0 0.12 -139.8 169.6 NA NA NA
4zhg 1 P80188 98.88 3e-132 X-RAY
2015-08-05 ILE A:174 A:172 20.0 0.114 -134.3 169.4 20.0 0.114 0.0 HOH
3.358
CG2
O
ILE B:174 B:172 22.0 0.126 -135.0 168.4 NA NA NA
ILE C:174 C:172 20.0 0.114 -136.3 169.5 NA NA NA
ILE D:174 D:172 21.0 0.12 -134.0 171.3 NA NA NA
ILE E:174 E:172 20.0 0.114 -136.9 170.3 NA NA NA
ILE F:174 F:172 20.0 0.114 -137.1 169.3 NA NA NA
4zhh 1 P80188 98.88 3e-132 X-RAY
2015-08-05 ILE A:174 A:172 20.0 0.114 -131.8 168.0 20.0 0.114 0.0 HOH
3.307
C
O
ILE B:174 B:172 20.0 0.114 -134.9 168.3 NA NA NA
ILE C:174 C:172 20.0 0.114 -133.9 169.4 NA NA NA
ILE D:174 D:172 21.0 0.12 -134.1 168.3 NA NA NA
ILE E:174 E:172 21.0 0.12 -134.8 170.4 NA NA NA
ILE F:174 F:172 20.0 0.114 -136.1 169.7 NA NA NA
5khp 1 P80188 98.88 3e-132 X-RAY
2017-04-26 ILE A:174 A:172 25.0 0.143 -139.7 173.4 25.0 0.143 0.0 HOH
3.917
CA
O
ILE B:174 B:172 38.0 0.217 -142.1 171.8 NA NA NA
ILE C:174 C:172 24.0 0.137 -140.4 171.7 NA NA NA
5kic 1 P80188 98.88 3e-132 X-RAY
2017-04-26 ILE A:174 A:172 19.0 0.109 -131.0 161.1 19.0 0.109 0.0 HOH
9.844
CD1
O
ILE B:174 B:172 19.0 0.109 -132.6 161.3 NA NA NA
ILE C:174 C:172 20.0 0.114 -133.5 161.1 NA NA NA
5kid 1 P80188 98.88 3e-132 X-RAY
2017-04-26 ILE A:174 A:172 23.0 0.131 -131.1 171.1 23.0 0.131 0.0 HOH
3.619
C
O
ILE B:174 B:172 22.0 0.126 -130.6 171.9 NA NA NA
ILE C:174 C:172 22.0 0.126 -132.7 170.0 NA NA NA
3tzs 1 P80188 98.88 4e-132 X-RAY
2011-10-12 ILE A:173 A:172 21.0 0.12 -131.8 175.0 21.0 0.12 0.0 HOH
3.617
O
O
ILE B:173 B:172 21.0 0.12 -136.1 177.1 NA NA NA
ILE C:173 C:172 23.0 0.131 -132.0 173.5 NA NA NA
1x71 1 P80188 99.44 5e-132 X-RAY
2005-01-18 ILE A:172 A:172 23.0 0.131 -139.1 171.3 23.0 0.131 0.0 HOH
3.560
CA
O
ILE B:172 B:172 22.0 0.126 -155.3 166.6 NA NA NA
ILE C:172 C:172 28.0 0.16 -135.4 175.8 NA NA NA
1x89 1 P80188 99.44 5e-132 X-RAY
2005-01-25 ILE A:172 A:172 21.0 0.12 -140.7 172.7 21.0 0.12 0.0 HOH
3.315
CG2
O
ILE B:172 B:172 21.0 0.12 -137.0 179.1 NA NA NA
ILE C:172 C:172 22.0 0.126 -141.3 169.7 NA NA NA
1x8u 1 P80188 99.44 5e-132 X-RAY
2005-01-25 ILE A:172 A:172 18.0 0.103 -135.1 174.6 18.0 0.103 0.0 HOH
3.419
CA
O
ILE B:172 B:172 22.0 0.126 -144.9 176.8 NA NA NA
ILE C:172 C:172 24.0 0.137 -141.5 168.8 NA NA NA
3fw4 1 P80188 99.44 5e-132 X-RAY
2010-05-05 ILE A:172 A:172 21.0 0.12 -131.5 170.3 21.0 0.12 0.0 NA
GOL
HOH
9.972
5.311
3.581
CD1
O
CG2
NA
O2
O
ILE B:172 B:172 56.0 0.32 -141.7 148.6 NA NA NA
ILE C:172 C:172 18.0 0.103 -131.5 170.0 NA NA NA
3fw5 1 P80188 99.44 5e-132 X-RAY
2010-05-05 ILE A:172 A:172 21.0 0.12 -132.6 171.5 21.0 0.12 0.0 NA
HOH
8.756
3.415
O
CG2
NA
O
ILE B:172 B:172 22.0 NA -148.1 164.8 NA NA NA
ILE C:172 C:172 27.0 0.154 -134.8 169.9 NA NA NA
3k3l 1 P80188 99.44 5e-132 X-RAY
2010-08-18 ILE A:172 A:172 20.0 0.114 -135.2 169.4 20.0 0.114 0.0 GOL
HOH
8.583
3.334
O
CA
C3
O
ILE B:172 B:172 45.0 NA -151.3 167.0 NA NA NA
ILE C:172 C:172 27.0 0.154 -135.5 165.5 NA NA NA
3pec 1 P80188 99.44 5e-132 X-RAY
2011-10-05 ILE A:172 A:172 21.0 0.12 -135.4 167.4 21.0 0.12 0.0 HOH
3.268
CA
O
ILE B:172 B:172 26.0 NA -140.9 149.5 NA NA NA
ILE C:172 C:172 27.0 0.154 -135.7 165.1 NA NA NA
3ped 1 P80188 99.44 5e-132 X-RAY
2011-10-05 ILE A:172 A:172 19.0 0.109 -135.9 171.8 19.0 0.109 0.0 HOH
3.423
CG2
O
ILE B:172 B:172 21.0 0.12 -136.1 171.4 NA NA NA
ILE C:172 C:172 22.0 0.126 -140.4 168.3 NA NA NA
3tf6 1 P80188 98.88 5e-132 X-RAY
2011-09-07 ILE A:173 A:172 23.0 0.131 -136.5 169.6 23.0 0.131 0.0 HOH
3.491
C
O
ILE B:173 B:172 20.0 0.114 -136.9 170.0 NA NA NA
ILE C:173 C:172 22.0 0.126 -136.8 170.2 NA NA NA
6o5d 1 P80188 99.43 7e-129 X-RAY
2019-09-11 ILE A:168 A:172 22.0 0.126 -132.6 168.8 22.0 0.126 0.0 HOH
6.475
CD1
O
ILE B:168 B:172 30.0 0.171 -135.8 167.0 NA NA NA
ILE C:168 C:172 30.0 0.171 -133.4 168.1 NA NA NA
5mhh 1 P80188 96.63 1e-127 X-RAY
2017-10-11 ILE A:172 A:172 24.0 0.137 -140.6 169.2 24.0 0.137 0.0 HOH
3.672
CA
O
6qmu 1 P80188 96.63 1e-127 X-RAY
2019-08-28 ILE A:172 A:172 21.0 0.12 -143.0 168.5 21.0 0.12 0.0 HOH
3.656
CA
O
ILE B:172 B:172 22.0 0.126 -135.3 171.8 NA NA NA
3t1d 1 P80188 97.78 1e-120 X-RAY
2011-08-17 ILE A:192 A:172 22.0 0.126 -140.5 168.2 22.0 0.126 0.0 CL
HOH
9.409
3.637
CD1
CG2
CL
O
ILE B:192 B:172 21.0 0.12 -134.5 169.8 NA NA NA
ILE C:192 C:172 22.0 0.126 -136.5 174.8 NA NA NA
3dsz 1 ? 91.57 4e-120 X-RAY
2009-05-19 ILE A:172 A:172 19.0 0.109 -132.0 170.9 19.0 0.109 0.0 HOH
3.404
CA
O
ILE B:172 B:172 20.0 0.114 -138.3 169.1 NA NA NA
3dtq 1 P80188 91.57 4e-120 X-RAY
2009-05-12 ILE A:172 A:172 20.0 0.114 -134.5 173.7 20.0 0.114 0.0 HOH
3.583
CA
O
ILE B:172 B:172 18.0 0.103 -121.2 -174.5 NA NA NA
ILE C:172 C:172 28.0 0.16 -143.8 169.7 NA NA NA
5n47 1 P80188 90.45 6e-118 X-RAY
2018-02-14 ILE A:172 A:172 20.0 0.114 -137.8 152.7 20.0 0.114 0.0
ILE C:172 C:172 18.0 0.103 -137.8 155.5 NA NA NA
ILE E:172 E:172 17.0 0.097 -139.5 157.7 NA NA NA
1qqs 1 P80188 97.7 4e-116 X-RAY
2000-04-21 ILE A:169 A:172 45.0 0.257 -113.1 -50.4 45.0 0.257 0.0 HOH
3.723
CD1
O
5jr8 1 P80188 94.38 3e-115 X-RAY
2016-09-28 ILE A:172 A:172 19.0 0.109 -136.2 168.2 19.0 0.109 0.0 HOH
3.362
CG2
O
ILE B:172 B:172 21.0 0.12 -135.7 167.5 NA NA NA
4mvl 1 P80188 89.33 1e-114 X-RAY
2015-08-12 ILE A:172 A:172 21.0 0.12 -130.0 154.7 21.0 0.12 0.0 HOH
3.525
CD1
O
ILE B:172 B:172 19.0 0.109 -127.7 147.7 NA NA NA
ILE C:172 C:172 28.0 0.16 -128.7 166.5 NA NA NA
ILE D:172 D:172 26.0 0.149 -146.0 132.3 NA NA NA
4mvi 1 P80188 89.33 9e-114 X-RAY
2015-08-12 ILE A:172 A:172 19.0 0.109 -135.9 168.4 19.0 0.109 0.0 HOH
3.723
CA
O
4mvk 1 P80188 89.33 9e-114 X-RAY
2015-08-12 ILE A:172 A:172 20.0 0.114 -137.7 163.1 20.0 0.114 0.0 HOH
3.641
C
O
5n48 1 P80188 88.2 1e-113 X-RAY
2018-02-14 ILE A:172 A:172 15.0 0.086 -85.7 167.4 15.0 0.086 0.0 HOH
2.815
O
O
ILE C:172 C:172 33.0 0.189 -120.8 147.8 NA NA NA
4gh7 1 P80188 88.2 1e-113 X-RAY
2012-12-26 ILE A:172 A:172 20.0 0.114 -133.7 169.3 20.0 0.114 0.0
ILE C:172 C:172 21.0 0.12 -133.1 172.5 NA NA NA
6s8v 1 P80188 88.2 9e-113 X-RAY
2020-03-04 ILE A:172 A:172 22.0 0.126 -138.5 166.2 22.0 0.126 0.0 HOH
3.263
C
O
ILE C:172 C:172 21.0 0.12 -135.1 169.8 NA NA NA
6sua 1 P80188 88.76 2e-112 X-RAY
2020-06-17 ILE A:172 A:172 22.0 0.126 -125.5 -171.8 22.0 0.126 0.0 HOH
3.873
CD1
O
ILE C:172 C:172 25.0 0.143 -126.5 -174.0 NA NA NA
4iaw 1 P80188 87.08 3e-112 X-RAY
2013-06-19 ILE A:172 A:172 21.0 0.12 -149.0 168.1 21.0 0.12 0.0 HOH
3.424
CG2
O
ILE B:172 B:172 19.0 0.109 -135.0 175.2 NA NA NA
ILE C:172 C:172 25.0 0.143 -121.8 -174.7 NA NA NA
6z2c 1 P80188 88.2 4e-111 X-RAY
2021-05-26 ILE A:172 A:172 24.0 0.137 -134.6 165.0 24.0 0.137 0.0 HOH
3.281
N
O
ILE B:172 B:172 22.0 0.126 -133.8 167.2 NA NA NA
ILE C:172 C:172 29.0 0.166 -134.6 166.7 NA NA NA
6z6z 1 P80188 86.52 3e-110 X-RAY
2021-06-09 ILE A:173 A:172 108.0 0.617 -153.7 -178.5 108.0 0.617 0.0 HOH
2.911
O
O
4qae 2 P80188 85.39 3e-109 X-RAY
2015-05-06 ILE G:172 A:172 38.0 0.217 -140.0 171.5 38.0 0.217 0.0 MPD
HOH
4.090
5.045
CD1
N
C5
O
ILE H:172 B:172 39.0 0.223 -140.9 171.9 NA NA NA
ILE I:172 C:172 36.0 0.206 -135.8 170.1 NA NA NA
ILE J:172 D:172 35.0 0.2 -132.9 173.7 NA NA NA
ILE K:172 E:172 37.0 0.211 -135.1 168.2 NA NA NA
ILE L:172 F:172 38.0 0.217 -146.9 173.2 NA NA NA
3bx7 2 ? 83.15 4e-108 X-RAY
2009-01-20 ILE B:172 A:172 27.0 0.154 -138.5 163.1 27.0 0.154 0.0 HOH
3.875
CD1
O
3bx8 1 ? 83.15 4e-108 X-RAY
2009-01-20 ILE A:172 A:172 28.0 0.16 -125.7 166.2 28.0 0.16 0.0 HOH
3.514
CA
O
ILE B:172 B:172 27.0 0.154 -123.4 157.2 NA NA NA
ILE C:172 C:172 27.0 0.154 -126.7 168.6 NA NA NA
ILE D:172 D:172 26.0 0.149 -123.4 156.1 NA NA NA
ILE E:172 E:172 26.0 0.149 -122.9 156.8 NA NA NA
ILE F:172 F:172 24.0 0.137 -125.5 164.6 NA NA NA
ILE G:172 G:172 26.0 0.149 -125.6 165.9 NA NA NA
ILE H:172 H:172 25.0 0.143 -123.1 155.0 NA NA NA
5nkn 1 P80188 86.21 2e-106 X-RAY
2018-04-04 ILE A:168 A:172 28.0 0.16 E -133.6 162.9 28.0 0.16 0.0 HOH
4.023
N
O
6gqz 1 P80188 85.63 7e-106 X-RAY
2018-08-15 ILE A:168 A:172 19.0 0.109 -132.6 162.0 19.0 0.109 0.0 HOH
3.635
CA
O
ILE B:168 B:172 13.0 0.074 -118.9 162.0 NA NA NA
6gr0 1 P80188 85.63 7e-106 X-RAY
2018-08-15 ILE A:168 A:172 30.0 0.171 -133.0 170.0 30.0 0.171 0.0 HOH
3.159
O
O
ILE B:168 B:172 29.0 0.166 -132.6 170.7 NA NA NA
ILE C:168 C:172 30.0 0.171 -134.2 171.2 NA NA NA
4iax 1 P80188 81.46 3e-103 X-RAY
2013-06-19 ILE A:172 A:172 20.0 0.114 -133.1 163.3 20.0 0.114 0.0 HOH
3.523
O
O

AlphaFold DB

Entity Residue Monomer View
ID Entity Uniprot Identity Evalue Name Label Auth ASA rASA SS φ ψ
af-p80188-f1 1 P80188 100.0 1e-149 ILE A:192 A:192 17.0 0.097 -137.9 161.0