Variant
| Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chr9 | 90343265 | . | C | A | CCDS6675.1:NM_001257971.1:c.350tCt>tAt_NP_001244900.1:p.117S>Y | Homo sapiens cathepsin L (CTSL), transcript variant 1, mRNA. |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
|
|
|
PDB
| Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
| 1cs8 | 1 | P07711 | 99.37 | 0.0 |
X-RAY |
1999-08-23 | SER | A:100 | A:4 | 60.0 | 0.522 | -146.2 | 152.8 | 60.0 | 0.522 | 0.0 |
HOH |
1.884 |
O |
H1 |
|||
| 6jd8 | 1 | P07711 | 98.42 | 0.0 |
X-RAY |
2020-02-05 | SER | A:144 | A:100 | 72.0 | 0.626 | -143.6 | 147.3 | 72.0 | 0.626 | 0.0 |
HOH |
2.583 |
O |
O |
|||
| 6jd0 | 1 | P07711 | 97.47 | 0.0 |
X-RAY |
2020-02-05 | SER | A:144 | A:100 | 62.0 | 0.539 | -143.3 | 142.1 | 62.0 | 0.539 | 0.0 |
GOL GOL GOL GOL CL EDO HOH |
9.542 4.030 2.219 8.430 9.125 2.081 2.644 |
O O H HB3 HB3 HB3 O |
HO2 H31 H2 HO1 CL H12 O |
|||
| 1cjl | 1 | P07711 | 98.4 | 0.0 |
X-RAY |
1997-08-12 | SER | A:96 | A:4 | 67.0 | 0.583 | -153.6 | 150.5 | 67.0 | 0.583 | 0.0 |
HOH |
2.319 |
HG |
H1 |
|||
| 3hwn | 1 | P07711 | 99.61 | 0.0 |
X-RAY |
2009-09-15 | SER | A:42 | A:4 | 65.0 | 0.565 | -152.6 | 147.1 | 65.0 | 0.565 | 0.0 |
HOH |
3.837 |
N |
O |
|||
| SER | B:42 | B:4 | 76.0 | 0.661 | -140.6 | 146.6 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| SER | C:42 | C:4 | 76.0 | 0.661 | -155.4 | 142.2 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| SER | D:42 | D:4 | 76.0 | 0.661 | -130.7 | 135.3 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| 3of8 | 1 | P07711 | 100.0 | 7e-167 |
X-RAY |
2010-12-08 | SER | A:5 | A:5 | 72.0 | 0.626 | -141.5 | 139.7 | 72.0 | 0.626 | 0.0 |
HOH |
2.737 |
OG |
O |
|||
| 3of9 | 1 | P07711 | 100.0 | 7e-167 |
X-RAY |
2010-12-08 | SER | A:5 | A:5 | 67.0 | 0.583 | -146.3 | 142.3 | 67.0 | 0.583 | 0.0 | |||||||
| 2xu3 | 1 | P07711 | 100.0 | 3e-166 |
X-RAY |
2011-01-12 | SER | A:4 | A:4 | 62.0 | 0.539 | -139.2 | 147.9 | 62.0 | 0.539 | 0.0 |
HOH |
2.697 |
HB3 |
O |
|||
| 2xu4 | 1 | P07711 | 100.0 | 3e-166 |
X-RAY |
2011-01-12 | SER | A:4 | A:4 | 73.0 | 0.635 | -148.8 | 145.4 | 73.0 | 0.635 | 0.0 |
HOH |
2.586 |
HB2 |
O |
|||
| 2xu5 | 1 | P07711 | 100.0 | 3e-166 |
X-RAY |
2011-01-12 | SER | A:4 | A:4 | 76.0 | 0.661 | -152.5 | 148.8 | 76.0 | 0.661 | 0.0 |
HOH |
2.972 |
O |
O |
|||
| 2yj2 | 1 | P07711 | 100.0 | 3e-166 |
X-RAY |
2011-11-23 | SER | A:4 | A:4 | 71.0 | 0.617 | -143.9 | 153.1 | 71.0 | 0.617 | 0.0 |
HOH |
2.588 |
HB2 |
O |
|||
| 2yj8 | 1 | P07711 | 100.0 | 3e-166 |
X-RAY |
2011-11-23 | SER | A:4 | A:4 | 76.0 | 0.661 | -142.4 | 144.8 | 76.0 | 0.661 | 0.0 |
HOH |
2.830 |
OG |
O |
|||
| 2yj9 | 1 | P07711 | 100.0 | 3e-166 |
X-RAY |
2011-11-23 | SER | A:4 | A:4 | 73.0 | 0.635 | -147.2 | 150.0 | 73.0 | 0.635 | 0.0 |
HOH |
2.668 |
HB2 |
O |
|||
| 2yjb | 1 | P07711 | 100.0 | 3e-166 |
X-RAY |
2011-11-23 | SER | A:4 | A:4 | 69.0 | 0.6 | -154.2 | 154.9 | 69.0 | 0.6 | 0.0 |
HOH |
2.676 |
HB3 |
O |
|||
| 2yjc | 1 | P07711 | 100.0 | 3e-166 |
X-RAY |
2011-11-23 | SER | A:4 | A:4 | 72.0 | 0.626 | -141.4 | 146.9 | 72.0 | 0.626 | 0.0 |
HOH |
2.714 |
HB2 |
O |
|||
| 3bc3 | 1 | P07711 | 100.0 | 3e-166 |
X-RAY |
2008-03-18 | SER | A:4 | A:4 | 60.0 | 0.522 | -145.6 | 150.4 | 60.0 | 0.522 | 0.0 |
HOH |
4.841 |
N |
O |
|||
| SER | B:4 | B:4 | 62.0 | 0.539 | -142.8 | 149.8 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| 3h89 | 1 | P07711 | 100.0 | 3e-166 |
X-RAY |
2009-10-20 | SER | A:4 | A:4 | 63.0 | 0.548 | -141.2 | 148.9 | 63.0 | 0.548 | 0.0 |
HOH |
2.795 |
OG |
O |
|||
| SER | B:4 | B:4 | 62.0 | 0.539 | -140.3 | 148.8 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| SER | C:4 | C:4 | 68.0 | 0.591 | -122.7 | 148.1 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| SER | D:4 | D:4 | 59.0 | 0.513 | -157.8 | 150.2 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| SER | E:4 | E:4 | 71.0 | 0.617 | -148.5 | 144.0 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| SER | F:4 | F:4 | 67.0 | 0.583 | -157.6 | 146.8 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| 3h8b | 1 | P07711 | 100.0 | 3e-166 |
X-RAY |
2009-10-20 | SER | A:4 | A:4 | 61.0 | 0.53 | -139.9 | 143.9 | 61.0 | 0.53 | 0.0 |
HOH |
2.655 |
OG |
O |
|||
| SER | B:4 | B:4 | 62.0 | 0.539 | -140.6 | 143.2 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| SER | C:4 | C:4 | 56.0 | 0.487 | -142.5 | 150.0 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| SER | D:4 | D:4 | 62.0 | 0.539 | -136.3 | 144.5 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| SER | E:4 | E:4 | 67.0 | 0.583 | -146.8 | 140.7 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| SER | F:4 | F:4 | 66.0 | 0.574 | -145.4 | 144.7 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| 3h8c | 1 | P07711 | 100.0 | 3e-166 |
X-RAY |
2009-10-20 | SER | A:4 | A:4 | 60.0 | 0.522 | -129.2 | 156.2 | 60.0 | 0.522 | 0.0 |
HOH |
3.076 |
OG |
O |
|||
| SER | B:4 | B:4 | 65.0 | 0.565 | -138.2 | 160.3 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| 4axl | 1 | P07711 | 100.0 | 3e-166 |
X-RAY |
2013-05-08 | SER | A:4 | A:4 | 76.0 | 0.661 | -150.5 | 137.3 | 76.0 | 0.661 | 0.0 |
HOH |
4.709 |
O |
O |
|||
| 4axm | 1 | P07711 | 100.0 | 3e-166 |
X-RAY |
2013-05-08 | SER | A:4 | A:4 | 67.0 | 0.583 | -128.0 | 147.0 | 67.0 | 0.583 | 0.0 |
HOH |
2.801 |
OG |
O |
|||
| SER | B:4 | B:4 | 67.0 | 0.583 | -132.9 | 156.0 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| SER | C:4 | F:4 | 71.0 | 0.617 | -129.1 | 145.8 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| SER | D:4 | I:4 | 71.0 | 0.617 | -112.4 | 155.6 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| SER | E:4 | L:4 | 67.0 | 0.583 | -147.9 | 135.9 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| SER | F:4 | O:4 | 70.0 | 0.609 | -132.7 | 134.7 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| 5f02 | 1 | P07711 | 100.0 | 3e-166 |
X-RAY |
2016-02-24 | SER | A:4 | A:4 | 73.0 | 0.635 | -146.0 | 145.5 | 73.0 | 0.635 | 0.0 |
HOH |
2.613 |
H |
O |
|||
| 5mae | 1 | P07711 | 100.0 | 3e-166 |
X-RAY |
2017-01-11 | SER | A:4 | A:4 | 69.0 | 0.6 | -152.4 | 163.1 | 69.0 | 0.6 | 0.0 |
HOH |
4.778 |
N |
O |
|||
| 5maj | 1 | P07711 | 100.0 | 3e-166 |
X-RAY |
2017-01-11 | SER | A:4 | A:4 | 68.0 | 0.591 | -151.3 | 161.2 | 68.0 | 0.591 | 0.0 |
HOH |
3.082 |
OG |
O |
|||
| 5mqy | 1 | P07711 | 100.0 | 3e-166 |
X-RAY |
2017-03-22 | SER | A:4 | A:4 | 67.0 | 0.583 | -148.6 | 160.9 | 67.0 | 0.583 | 0.0 |
HOH |
3.191 |
OG |
O |
|||
| 6ezp | 1 | P07711 | 100.0 | 3e-166 |
X-RAY |
2018-04-11 | SER | A:4 | A:4 | 70.0 | 0.609 | -154.9 | 151.0 | 70.0 | 0.609 | 0.0 |
HOH |
2.641 |
O |
O |
|||
| 6ezx | 1 | P07711 | 100.0 | 3e-166 |
X-RAY |
2018-04-11 | SER | A:4 | A:4 | 72.0 | 0.626 | S | -160.3 | 110.8 | 72.0 | 0.626 | 0.0 |
HOH |
3.612 |
N |
O |
||
| SER | B:4 | B:4 | 55.0 | 0.478 | S | -155.8 | 158.8 | 55.0 | 0.478 | 0.0 | |||||||||||||
| 6f06 | 1 | P07711 | 100.0 | 3e-166 |
X-RAY |
2018-04-11 | SER | A:4 | A:4 | 69.0 | 0.6 | -138.3 | 141.4 | 69.0 | 0.6 | 0.0 |
HOH |
9.842 |
OG |
O |
|||
| SER | B:4 | B:4 | 62.0 | 0.539 | -144.5 | 138.4 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| 2nqd | 2 | P07711 | 99.55 | 1e-165 |
X-RAY |
2007-07-24 | SER | B:5 | B:4 | 71.0 | 0.617 | -149.0 | 149.6 | 71.0 | 0.617 | 0.0 |
HOH |
2.728 |
O |
O |
|||
| 2xu1 | 1 | P07711 | 99.55 | 2e-165 |
X-RAY |
2011-01-12 | SER | A:4 | A:4 | 64.0 | 0.557 | -145.8 | 151.5 | 64.0 | 0.557 | 0.0 |
HOH |
2.705 |
O |
O |
|||
| SER | B:4 | B:4 | 63.0 | 0.548 | -145.2 | 151.8 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| SER | C:4 | C:4 | 66.0 | 0.574 | -142.0 | 127.1 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| SER | D:4 | D:4 | 73.0 | 0.635 | -145.9 | 145.4 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| 3hha | 1 | P07711 | 99.55 | 2e-165 |
X-RAY |
2009-06-23 | SER | A:4 | A:4 | 64.0 | 0.557 | -148.1 | 148.9 | 64.0 | 0.557 | 0.0 |
HOH |
2.608 |
OG |
O |
|||
| SER | B:4 | B:4 | 66.0 | 0.574 | -146.6 | 155.2 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| SER | C:4 | C:4 | 71.0 | 0.617 | -143.6 | 154.3 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| SER | D:4 | D:4 | 65.0 | 0.565 | -144.1 | 142.5 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| 3iv2 | 1 | P07711 | 99.55 | 5e-165 |
X-RAY |
2010-03-23 | SER | A:4 | A:4 | 73.0 | 0.635 | -115.7 | 138.9 | 73.0 | 0.635 | 0.0 |
GOL HOH |
9.866 4.659 |
OG O |
O1 O |
|||
| SER | B:4 | B:4 | 71.0 | 0.617 | -133.1 | 155.2 | 71.0 | 0.617 | 0.0 |
HOH |
3.228 |
OG |
O |
||||||||||
| 3k24 | 1 | P07711 | 99.55 | 5e-165 |
X-RAY |
2010-03-23 | SER | A:4 | A:4 | 66.0 | 0.574 | -143.9 | 142.1 | 66.0 | 0.574 | 0.0 | |||||||
| SER | B:4 | B:4 | 68.0 | 0.591 | -139.7 | 143.2 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| 3kse | 1 | P07711 | 99.09 | 8e-165 |
X-RAY |
2010-12-01 | SER | A:4 | A:4 | 66.0 | 0.574 | -128.4 | 148.6 | 66.0 | 0.574 | 0.0 |
HOH |
2.836 |
O |
O |
|||
| SER | B:4 | B:4 | 61.0 | 0.53 | -128.5 | 144.4 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| SER | C:4 | C:4 | 63.0 | 0.548 | -131.4 | 143.6 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| 2vhs | 1 | P07711 | 91.82 | 1e-145 |
X-RAY |
2008-03-11 | SER | A:4 | A:4 | 70.0 | 0.609 | -132.8 | 137.5 | 70.0 | 0.609 | 0.0 |
HOH |
2.641 |
OG |
O |
|||
| SER | B:4 | B:4 | 72.0 | 0.626 | -133.2 | 135.3 | 72.0 | 0.626 | 0.0 |
HOH |
2.628 |
OG |
O |
||||||||||
| SER | C:4 | C:4 | 73.0 | 0.635 | -130.3 | 135.5 | 73.0 | 0.635 | 0.0 |
HOH |
2.674 |
OG |
O |
||||||||||
| SER | D:4 | D:4 | 71.0 | 0.617 | -134.4 | 136.3 | 71.0 | 0.617 | 0.0 |
HOH |
2.662 |
OG |
O |
||||||||||
| 1icf | 1 | P07711 | 100.0 | 1e-129 |
X-RAY |
2000-01-12 | SER | A:4 | A:4 | 72.0 | 0.626 | -145.1 | 138.2 | 67.0 | 0.583 | 0.043 |
B:P07711:0.043 |
HOH |
2.635 |
OG |
O |
||
| SER | C:4 | C:4 | 65.0 | 0.565 | -140.2 | 136.4 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| 1mhw | 1 | P07711 | 100.0 | 1e-129 |
X-RAY |
2002-12-11 | SER | A:4 | A:4 | 66.0 | 0.574 | -139.0 | 144.9 | 66.0 | 0.574 | 0.0 |
HOH |
2.560 |
O |
O |
|||
| SER | C:4 | B:4 | 66.0 | 0.574 | -138.2 | 145.3 | NA | NA | NA | ||||||||||||||
| 5i4h | 1 | P07711 | 99.06 | 5e-73 |
X-RAY |
2016-04-13 | SER | A:5 | A:4 | 108.0 | 0.939 | -145.6 | 140.2 | 64.0 | 0.557 | 0.382 |
B:P07711:0.383 |
SO4 HOH |
2.052 2.014 |
H OG |
O1 H2 |
||
AlphaFold DB
| Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
| af-p07711-f1 | 1 | P07711 | 100.0 | 0.0 | SER | A:117 | A:117 | 73.0 | 0.635 | -145.5 | 148.8 | ||