Variant

Genome Chromosome Position VCF ID Ref Alt mRNA Change mRNA Info
GRCh37 chrX 133609388 . C A CCDS14641.1:NM_000194.2:c.312agC>agA_NP_000185.1:p.104S>R Homo sapiens hypoxanthine phosphoribosyltransferase 1 (HPRT1), mRNA.
pdb_id
label_asym_id
label_seq_id
label_comp_id
auth_asym_id
auth_seq_id
alphafold_id
label_asym_id
label_seq_id
label_comp_id
auth_asym_id
auth_seq_id

PDB

Entity Residue Monomer BioUnit Ligand View
PDB Entity Uniprot Identity Evalue ExpMethod Date Name Label Auth ASA rASA SS φ ψ ASA rASA ΔASA Interaction Name Distance Atom(p) Atom(l)
1bzy 1 P00492 100.0 3e-161 X-RAY
1999-06-22 SER A:103 A:103 12.0 0.104 E -158.0 -6.6 12.0 0.104 0.0 MG
MG
IMU
POP
HOH
6.690
6.917
4.520
2.724
2.675
N
N
OG
N
OG
MG
MG
O2P
O6
O
SER B:103 B:103 7.0 0.061 E -165.1 -5.9 7.0 0.061 0.0 MG
MG
IMU
POP
HOH
6.656
7.006
4.827
2.856
2.701
OG
N
OG
N
OG
MG
MG
O2P
O6
O
SER C:103 C:103 4.0 0.035 E -167.6 -17.5 4.0 0.035 0.0 MG
MG
IMU
POP
HOH
6.954
7.015
4.995
2.805
2.583
OG
N
OG
N
OG
MG
MG
O2P
O6
O
SER D:103 D:103 7.0 0.061 E -164.0 -12.0 7.0 0.061 0.0 MG
MG
IMU
POP
HOH
6.727
7.087
4.792
2.905
2.583
N
N
OG
N
OG
MG
MG
O3P
O6
O
1hmp 1 P00492 100.0 3e-161 X-RAY
1995-06-03 SER A:103 A:103 61.0 0.53 -76.4 -136.7 61.0 0.53 0.0 5GP
HOH
9.999
8.441
N
N
O3P
O
SER B:103 B:103 58.0 NA 104.6 40.5 58.0 NA NA 5GP
HOH
6.552
5.974
CB
CB
O1P
O
1z7g 1 P00492 100.0 3e-161 X-RAY
2005-08-02 SER A:103 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
SER B:103 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
SER C:103 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
SER D:103 D:103 134.0 1.0 -75.4 360.0 NA NA NA
3gep 1 P00492 100.0 3e-161 X-RAY
2009-08-18 SER A:103 A:103 147.0 1.0 -45.4 360.0 147.0 1.0 0.0 24H
HOH
8.645
2.759
CA
O
OAD
O
SER B:103 B:103 60.0 0.522 E -109.3 145.8 60.0 0.522 0.0 24H
HOH
4.553
2.418
OG
OG
OAD
O
3ggc 1 P00492 100.0 3e-161 X-RAY
2009-08-18 SER A:103 A:103 112.0 0.974 -103.5 145.4 112.0 0.974 0.0 H26
HOH
8.059
2.951
CB
O
CAG
O
SER B:103 B:103 57.0 0.496 E -118.9 152.5 57.0 0.496 0.0 H26
HOH
5.555
2.872
OG
N
OAE
O
3ggj 1 P00492 100.0 3e-161 X-RAY
2009-08-18 SER A:103 A:103 100.0 0.87 -87.8 138.0 100.0 0.87 0.0 25H
HOH
8.129
3.109
CB
O
CAI
O
SER B:103 B:103 58.0 0.504 E -114.0 150.3 58.0 0.504 0.0 25H
HOH
5.586
2.907
OG
N
OAE
O
4rab 1 P00492 100.0 3e-161 X-RAY
2015-01-07 SER A:103 A:103 158.0 NA -95.5 360.0 158.0 NA NA 3L3
PO4
HOH
7.874
8.757
4.723
N
N
CB
OAD
O3
O
SER B:103 B:103 155.0 NA -99.0 360.0 155.0 NA NA 3L3
PO4
HOH
5.548
9.050
7.859
CB
CB
N
OAG
O2
O
SER C:103 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
SER D:103 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
4rac 1 P00492 100.0 3e-161 X-RAY
2015-01-07 SER A:103 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
SER B:103 B:103 120.0 1.0 -97.7 360.0 120.0 1.0 0.0 3L4
MG
MG
HOH
5.888
7.501
9.959
3.204
N
OG
N
OG
OAT
MG
MG
O
SER C:103 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
SER D:103 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
4rad 1 P00492 100.0 3e-161 X-RAY
2015-01-07 SER A:103 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
SER B:103 B:103 163.0 1.0 -68.9 360.0 158.0 1.0 0.0 D:P00492:0.043
3L5
MG
HOH
2.950
8.558
6.242
HA
HA
OG
OAC
MG
O
SER C:103 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
SER D:103 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
SER E:103 E:103 112.0 0.974 E -83.9 147.4 NA NA NA
SER F:103 F:103 133.0 NA -75.3 360.0 NA NA NA
SER G:103 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
SER H:103 H:103 82.0 0.713 E -94.5 147.9 NA NA NA
4ran 1 P00492 100.0 3e-161 X-RAY
2015-01-07 SER A:103 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
SER B:103 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
SER C:103 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
SER D:103 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
4rao 1 P00492 100.0 3e-161 X-RAY
2015-01-07 SER A:103 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
SER B:103 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
SER C:103 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
SER D:103 D:103 100.0 0.87 E -96.3 131.4 100.0 0.87 0.0 3L7
HOH
6.614
6.074
CB
OG
OAU
O
4raq 1 P00492 100.0 3e-161 X-RAY
2015-01-07 SER A:103 A:103 152.0 NA -134.2 360.0 152.0 NA NA 3L8
MG
HOH
7.717
9.796
6.427
CB
CB
CB
CAK
MG
O
SER B:103 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
SER C:103 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
SER D:103 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
4ijq 1 P00492 100.0 4e-161 X-RAY
2013-03-27 SER A:109 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
SER B:109 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
SER C:109 C:103 102.0 0.887 -72.9 146.5 102.0 0.887 0.0 SV2
HOH
8.849
3.808
OG
CA
OAF
O
SER D:109 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
4kn6 1 P00492 100.0 1e-160 X-RAY
2013-08-14 SER A:102 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
6bnj 1 P00492 99.08 6e-160 X-RAY
2017-12-06 SER A:104 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
SER B:104 B:103 110.0 NA -78.8 360.0 110.0 NA NA WPG
HOH
8.590
7.318
N
N
CAL
O
SER C:104 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
SER D:104 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
5hia 1 P00492 99.08 8e-160 X-RAY
2017-01-18 SER A:110 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
SER B:110 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
SER C:110 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
SER D:110 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
5brn 1 P00492 98.62 3e-159 X-RAY
2015-10-14 SER A:104 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
SER B:104 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
SER C:104 C:103 93.0 NA -131.1 -143.4 93.0 NA NA HOH
6.467
N
O
SER D:104 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
5bsk 1 P00492 98.62 3e-159 X-RAY
2015-09-23 SER A:104 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
SER B:104 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
SER C:104 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
SER D:104 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
5w8v 1 P00492 100.0 7e-159 X-RAY
2017-08-30 SER A:101 A:103 104.0 NA -81.0 88.8 104.0 NA NA 9YP
HOH
7.105
5.485
CB
CB
CAK
O
SER B:101 B:103 98.0 NA -112.0 -111.9 98.0 NA NA 9YP
HOH
7.347
7.243
N
N
OAF
O
SER C:101 C:103 86.0 NA -90.5 -175.7 86.0 NA NA 9YP
HOH
9.098
4.691
N
C
OAE
O
SER D:101 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
1d6n 1 P00492 99.07 6e-157 X-RAY
1999-12-30 SER A:100 A:103 66.0 0.574 -100.7 -147.2 66.0 0.574 0.0 MG
PPO
PRP
HOH
6.598
7.233
2.164
5.122
CB
CB
OG
N
MG
C9
O2A
O
SER B:100 B:103 49.0 0.426 169.9 144.2 49.0 0.426 0.0 MG
PPO
PRP
HOH
5.571
6.066
2.484
2.976
CB
CB
OG
N
MG
C2
O1A
O
2vfa 1 P20035,P00492 80.48 3e-122 X-RAY
2008-06-17 SER A:112 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA
SER B:112 NA:NA DO NA DO DO DO NA NA NA

AlphaFold DB

Entity Residue Monomer View
ID Entity Uniprot Identity Evalue Name Label Auth ASA rASA SS φ ψ
af-p00492-f1 1 P00492 100.0 2e-162 SER A:104 A:104 86.0 0.748 E -73.6 127.4