Variant
| Genome | Chromosome | Position | VCF ID | Ref | Alt | mRNA Change | mRNA Info | GRCh37 | chrX | 135741330 | . | G | A | CCDS14659.1:NM_000074.2:c.542cGg>cAg_NP_000065.1:p.181R>Q | Homo sapiens CD40 ligand (CD40LG), mRNA. |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
|
|
|
PDB
| Entity | Residue | Monomer | BioUnit | Ligand | View | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| PDB | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | ExpMethod | Date | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | ASA | rASA | ΔASA | Interaction | Name | Distance | Atom(p) | Atom(l) | |
| 1aly | 1 | P29965 | 100.0 | 9e-107 |
X-RAY |
1997-09-17 | ARG | A:66 | A:181 | 38.0 | 0.169 | T | -49.2 | -69.0 | 7.0 | 0.031 | 0.138 |
A:P29965:0.138 |
HOH |
3.523 |
HE |
O |
|
| 1i9r | 1 | P29965 | 100.0 | 9e-107 |
X-RAY |
2002-03-20 | ARG | A:66 | A:181 | 132.0 | 0.587 | T | -62.7 | -74.0 | 132.0 | 0.587 | 0.0 | ||||||
| ARG | B:66 | B:181 | 130.0 | 0.578 | T | -66.4 | -73.8 | 130.0 | 0.578 | 0.0 | |||||||||||||
| ARG | C:66 | C:181 | 130.0 | 0.578 | T | -62.7 | -76.1 | 130.0 | 0.578 | 0.0 | |||||||||||||
| 6w9g | 1 | P29965 | 100.0 | 9e-107 |
X-RAY |
2020-12-23 | ARG | A:66 | A:181 | 92.0 | NA | -88.0 | 360.0 | 92.0 | NA | NA |
TRS HOH |
6.460 4.790 |
CB N |
O1 O |
|||
| ARG | B:66 | B:181 | 207.0 | 0.92 | 138.7 | 360.0 | 207.0 | 0.92 | 0.0 |
TRS HOH |
7.633 4.387 |
O NH1 |
O3 O |
||||||||||
| ARG | C:66 | C:181 | 60.0 | NA | -159.4 | 360.0 | 60.0 | NA | NA |
TRS HOH |
7.709 4.028 |
O CB |
O2 O |
||||||||||
| 7sgm | 1 | P29965 | 100.0 | 9e-107 |
X-RAY |
2022-02-02 | ARG | A:66 | A:181 | 56.0 | NA | -73.3 | 74.5 | 56.0 | NA | NA |
HOH |
5.076 |
N |
O |
|||
| ARG | B:66 | B:181 | 49.0 | NA | S | -49.2 | -61.8 | 49.0 | NA | NA |
HOH |
5.574 |
N |
O |
|||||||||
| ARG | C:66 | C:181 | 91.0 | NA | -49.8 | 360.0 | 91.0 | NA | NA |
HOH |
4.661 |
C |
O |
||||||||||
| 3qd6 | 1 | P29965 | 100.0 | 1e-106 |
X-RAY |
2011-02-02 | ARG | A:69 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| ARG | B:69 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | C:69 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | D:69 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | E:69 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | F:69 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| 6brb | 1 | P29965 | 100.0 | 5e-103 |
X-RAY |
2018-12-05 | ARG | A:62 | A:181 | 125.0 | 0.556 | T | -69.9 | -36.3 | 66.0 | 0.293 | 0.263 |
A:P29965:0.262 |
HOH |
2.706 |
O |
O |
|
| 3lkj | 1 | P29965 | 100.0 | 6e-102 |
X-RAY |
2011-02-02 | ARG | A:61 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | ||||||
| ARG | B:61 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
| ARG | C:61 | NA:NA | DO | NA | DO | DO | DO | NA | NA | NA | |||||||||||||
AlphaFold DB
| Entity | Residue | Monomer | View | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ID | Entity | Uniprot | Identity | Evalue | Name | Label | Auth | ASA | rASA | SS | φ | ψ | |
| af-p29965-f1 | 1 | P29965 | 100.0 | 0.0 | ARG | A:181 | A:181 | 165.0 | 0.733 | T | -67.2 | -27.1 | |